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我对计算复杂性，特别是蛋白质折叠问题非常感兴趣。我有个问题。哈希函数是指给定一个稍微不同的输入，生成一个非常不同的输出，并且实际上是不可能逆转的函数。蛋白质折叠有平行性吗？我的意思是，稍有不同的氨基酸序列给出了不同的三维结构，蛋白质折叠问题是Np，但仍未解决。是以这种方式实现的哈希函数吗？例如，在模拟分子动力学模拟的环境中，以一种氨基酸序列映射明文。
浏览 0提问于2022-06-25得票数 3
我正在寻找工具/软件，以执行蛋白质折叠存在的RNA伙伴。我的部分蛋白质是无序的，我怀疑它会在与它的RNA伙伴相互作用时占据结构。到目前为止，我还没有找到像MD这样的计算工具被实现来检查这样的折叠的文献。谢谢你，多莉
浏览 0提问于2017-04-05得票数 4
像折叠“家庭”这样的程序是如何工作的？我的电脑
单独在它上执行一个“工作”单元，完全独立于运行折叠@home的其他计算机？然后在回答完成后将其发回？或to折叠@home将连接到它的所有计算机看作一个项目，假设有1000个核心，然后当工作完成时，就相当于说一些类似于
浏览 3提问于2022-09-18得票数 0
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蛋白质 ( Protein，CO)是残基间接触的局部性.CO也与蛋白质的折叠速度有关。较高的接触级数表明折叠时间较长，而低接触序被认为是潜在的下坡折叠或无自由能垒发生的蛋白质折叠的预测因子。
浏览 2提问于2016-06-03得票数 4
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背景:我有七个样本的蛋白质组学数据(pvalue/ log-折叠率变化得分)，我想通过网络(交互组)分析这些数据。问:我喜欢从数据中创建所有蛋白质的相互作用组，并将具有显着p值的蛋白质映射到这个网络(与对照相比)，然后我喜欢创建子网络；也喜欢将路径丰富添加到子网络中。
浏览 16提问于2016-09-07得票数 0
例如，我有一个使用信息框模板()开发的蛋白质盒，它的FASTA字段太大了，无法很好地安装在这个蛋白质箱中。因此，我希望它是一个可折叠的桌子在盒子里。
浏览 1修改于2014-11-03得票数 4
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我正在开发一个函数，用于在线下载蛋白质.pdb文件，作为我正在创建的代码体的一部分，用于停靠由我们的AIBind机器学习模型生成的蛋白质和配体。对于大约60%的这些蛋白质，我可以使用基因库将它们的HGNC I转换为pdb I，然后通过uniprot和RCSB网站查询它们，下载pdb文件。然而，对于其他40%的蛋白质，只有计算生成的α折叠PDB模型，而我一直使用的基因库不承认这些蛋白质具有有效的PDB ID。谢天谢地，在字母折叠网站上有一个搜索功能，通过使用HGNC ID
浏览 11提问于2022-04-20得票数 -1
我感兴趣的是使用Spearman相关系数分析来关联两个变量，如基因表达(基因符号和折叠变化)和蛋白质表达(基因符号和折叠变化)，如图所示。A(内部J. Mol.Sci。B. ( ggplot2 :快速相关矩阵热图-R软件和数据可视化-简易指南-维基- STHDA.我需要一个热图，显示来自1个轴上的基因表达数据(var 1)和其他轴上的蛋白质表达(var 2)的变量。
浏览 76提问于2021-03-31得票数 0
就像这个对问题的回答和讨论谈到折叠的桌子和旋转的桌子。纸张呈现和声音电子呈现的唯一区别是，折叠的桌子结构在后一种情况下更方便，而旋转的桌子结构在后一种情况下更方便。我在Google上找不到这些术语的含义(Google给出了关于蛋白质结构的结果)。
有谁能用例子解释一下这些术语的含义吗？
浏览 0修改于2017-04-13得票数 8
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这不仅仅是让BOINC在我的空闲周期中折叠蛋白质和吞噬SETI数据。
现在有人在做这个吗？有没有我可以参与的项目？
浏览 1修改于2013-01-19得票数 12
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基本上，我有一个基因数据集，其中行是基因，列是蛋白质折叠的连续时间点。我需要一个函数来过滤来自整个数据集的其他人的某个阈值的基因，而不仅仅是某些载体。
浏览 0修改于2015-12-06得票数 1
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我正在使用matlab中的libsvm进行蛋白质结构类预测。使用我的不同维度的特征集，我做了7次折叠交叉验证，得到了很好的结果。
浏览 8修改于2013-03-08得票数 0
我已经为一个蛋白质家族建立了一个系统发育树，它可以被分成不同的组，根据其受体类型或响应类型来分类。树中的节点被标记为受体的类型。在系统发育树中，我可以看到，属于同一组或同一类型受体的蛋白质聚集在同一分支中。因此，我想折叠这些具有共同标签的分支，将它们按给定的关键字列表分组。.：三角形的宽度应表示分支长度，而较高的三角形必须表示分支中的节点数。我一直在玩R中的"ape“软件包，我绘制了一棵系统发育树，但我仍然想不出如何通过标
浏览 5修改于2016-06-01得票数 6
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我有一组看起来像S型的蛋白质展开数据。我想用非线性模型求出焓(H)、中温(Tm)和其他4个变量(ad、bd、an、bn)。我的数据是T表示温度，y表示圆二色信号(表示折叠百分比)。
浏览 0提问于2016-12-04得票数 0
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我有JSON格式和csv格式的蛋白质-蛋白质相互作用数据。我想利用这些数据进行网络可视化。数据属性:蛋白质名称、蛋白质组、蛋白质类型、蛋白质来源节点、蛋白质目标节点
有人能为这样的数据建议良好的网络可视化吗？它是如何处理蜂巢情节的？
浏览 0提问于2014-11-15得票数 2
蛋白质-蛋白质相互作用网络是已知的。它是一个无向图。网络的每一行都是这样的(蛋白质2-蛋白质6)，它代表蛋白质2和蛋白质6之间的相互作用。在这个网络中，一些蛋白质的功能是已知的，功能相似的蛋白质往往是相关的。众所周知，蛋白质的一部分是与癌症相关的蛋白质。但绝大多数蛋白质是癌症相关蛋白还是非癌症相关蛋白尚不清楚。您如何使用已知的癌症相关蛋白来预测该蛋白是否为癌症相关蛋白？
我不知道如何解决这个问题。
浏览 2修改于2016-01-09得票数 1
我在一个数据分析环境中处理蛋白质。任何给定蛋白质的可用数据都是可变的。我希望能够从更简单的父类构建蛋白质类。每个父类将特定于我可用的数据层。
不同的项目可能有不同的可用数据层。我想为蛋白质编写简单的类，这些类包含与特定数据层相关的所有变量和方法。然后，对于任何给定的项目，能够编译一个特定于项目的蛋白质类，该蛋白质类继承自相关的数据层特定蛋白质类。此外，每个特定于数据层的蛋白质类都需要类似的特定于数据层的链类、残基类和原子类。它们都是构建块。原子被用来构
浏览 3提问于2013-01-17得票数 1
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我正在使用随机森林的r包根据蛋白质对的氨基酸序列来预测它们之间的距离，主要关注的是距离较近(距离较小)的蛋白质。我的训练数据集由10k对蛋白质和它们之间的实际距离组成。然而，很少有蛋白质对(小于0.2%)之间的距离很小，问题是经过训练的随机森林在预测距离较大的蛋白质之间的距离时变得非常准确，而对于距离较小的蛋白质来说则非常糟糕。我试图在我的训练数据中对距离很大的蛋白质进行下采样，但结果仍然不好。我更感兴趣的是紧密的蛋白质(那些距离很小的蛋白质<
浏览 0提问于2013-03-21得票数 2
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