蛋白质折叠的开源GPGPU项目

Question

我正在寻找一个开源的蛋白质折叠GPGPU项目(CUDA/OpenCL)。你能给我一些建议吗？

谢谢

Answer 1

Folding@home可能是迄今为止最大的基于GPU的蛋白质折叠项目。所以你最好使用他们使用的任何东西：Folding@home open source FAQ。这似乎是Gromacs和OpenMM的自定义版本。

像这样的软件的完整列表在这里：Molecular modeling on GPUs。除了GROMACS/OpenMM之外，值得注意的软件包还包括NAMD (自1995年以来一直存在)和ACEMD。

这些可以分为分子动力学(使用经验势场)，ab-initio (使用量子力学)和混合。这些都不是蛋白质折叠特有的，但大多数分子动力学软件包都可以处理蛋白质折叠大小的问题。ab-initio包还没有出现，但已经很接近了。