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我正在研究植物的基因组拓扑结构，以便了解核基因组的组织/比较时间。我想知道一种快速的方法来计算感兴趣的特定基因组区域的基因密度，以便从区域的开始和结束绘制每个bin +/- 50Kb的每个comp的基因频率。
有没有人有办法解决这个问题？提前感谢
浏览 1提问于2020-05-04得票数 0
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我想要检索一系列区域内的基因。17106911 MIR1221 23436575 25436656 MIR488
我想得到属于这些区域的基因我尝试过使用biomaRt和bedtools相交，但是我得到的输出是一个对应于所有区域的基因列表，而不是一个一个的，因为我想要得到的输出是每一行中的基因，而是在单独的行中，如果我一次做一个查询区域。基本上
浏览 2修改于2018-05-03得票数 2
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我试图在一个用mysqli数据生成的表上添加到每个基因的基因组区域的直接链接，但是找不出方法。这个想法是每个基因的名字都有一个超链接到它的区域在一个基因组浏览器上。当我必须根据用户选择的基因动态生成每个基因的链接时，问题就出现了。$row['name2'])'>'$row['name2']'</a></td>';
$geno
浏览 3修改于2016-12-19得票数 0
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现在我想要获取第二个集群的行名(基因的名称)(红色在左边，绿色在右边)。首先，我试图按照this page上的说明来划分集群，但由于y轴上树状图的复杂性，解决方案对我来说并不实用。有没有可能获得热图中所需区域的基因列表？
浏览 57修改于2020-09-03得票数 1
我有一个数据框，里面有列基因，它们所属的染色体区域，测量基因表达的细胞系，以及基因在该细胞系中的表达水平--它看起来基本上是这样的： gene region cell_line expressionClaire 3E Z Claire 1 我想要做的是，对于每个细胞系，计算所有不在给定区域的基因的染色体区域的平均值例如，对于Joe的<
浏览 19修改于2020-09-02得票数 3
我想要阅读基因组中特定区域的所有呼叫。与基因型无关(等于参考基因组或交替、编码或非编码区)。假设所有的基因组都被测序了。我应该看下面哪个表？我正在使用谷歌BigQuery基因组学数据，需要解释以下文件扩展名之间的差异：*.genome_calls *.variants *.multisample_variants *.single_sample_genome_calls
浏览 4提问于2017-12-07得票数 0
我想沿着不同的样本绘制基因组学区域每个碱基的平均覆盖率:我想绘制每个基因组在x轴上的位置，以及它在y轴上的平均覆盖率。
我有这个文件:其中第一列表示基因组区域，第二列表示不同样本的平均覆盖率。
浏览 0提问于2020-03-23得票数 0
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特别是，这些直方图是沿着人类基因组片段的基本呼叫。X轴上的每个点都是组成DNA的四个含氮碱基(A，C，T，G)之一，y轴代表碱基能够被“调用”(或被测序仪识别，以便对基因组进行排序，这只是确定基因组中每个碱基的同一性)的次数。其中许多直方图显示了大致线性的衰减(当机器无法获得足够的读取深度时)，从平台型区域下降到0或(几乎为-0)。当分数降到零时，这意味着定序器无法确定碱基的身份。基因组的某些区域比其他区域更难描述。在>=100级别上，具有大量基本呼叫的基本(或x
浏览 1修改于2016-01-20得票数 2
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我试图沿着基因组对齐找到起始和结束位置，因为启动区域是不连续的，所以本质上有两个区域。我需要找到这个启动区在基因组上的起始和结束位置。primer.split('N')end = genome.find(regions[-1]) + len(regions[-1]) 这样做的问题是，在大的基因组比对中，经常会有较短区域的重复，所以我最终得到了错误的位置。
浏览 34提问于2020-12-08得票数 0
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肌营养不良(DM)与蛋白激酶编码基因DMPK的( CTG )n三核苷酸重复扩增有关，该基因位于19q13染色体上。3.这种基因在病人组织中表达的特征，迄今产生了关于DMPK mRNA稳态水平的变化和在存在扩张时的最终DMPK蛋白水平的相互矛盾的数据。19号染色体的DM区基因丰富，重复扩增可能导致附近多个转录单元功能障碍，可能是染色质断裂的结果。我们已经在DMPK的3端寻找与CpG岛相关的基因。该区域的序列显示，该岛屿延伸超过3个。在人类和小鼠的基因组序列下游(着丝粒)的
浏览 0修改于2013-11-07得票数 0
我有一个n x m DataFrame来量化n基因在m区域的表达。我想计算所有区域之间差异表达的基因数目。A c C
在上面的草图中，x表示A和B区域在B区富集的共同基因的数目。
浏览 3修改于2017-05-23得票数 0
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我用对两种细菌进行了基因组比较。现在，我的问题的答案应该很容易完成，因为我只需要使用CDS本身的范围来找出每个rango_vacio范围中存在哪些CDS
我可以通过使用一组非常复杂的for循环来完成这一任务，但
浏览 0提问于2015-03-26得票数 2
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我在我们的队列中找到了一张大桌子，上面有CNV的基因组坐标：chr1:146458850-148003653国际人类细胞遗传学命名系统，cnv大小，基因组区域基因的/amount名称，OMIM基因的数量和OMIM描述：chr1:146458850
浏览 23提问于2018-08-19得票数 0
在那里，我将从一个目标序列位点提取一段DNA序列，用它来攻击一个基因组。然后从blast结果输出中，我想知道除了匹配目标站点之外，是否还有来自其他区域的匹配序列。如何从BLAST输出中知道？基因组站点有什么指标吗？谢谢
浏览 0提问于2014-06-02得票数 0
我有一份来自一系列患者的基因组区域范围的列表。9 3 MD当我绘制基因组像差图时autoplot(dotoo, aes(fill=as.factor(Id), color=as.factor(Id)))
如何找出至少3名患者之间的哪些区域重叠，并共享CN
基本上，如果你看这张图，我如何找到“堆叠
浏览 2修改于2019-03-05得票数 2
我有一个定制的参考基因组，gene.fa和18个床文件。我想要生成一个床文件，其中包含一个感兴趣的区域，5100-5600 bp，作为一个单一的条目，我可以使用我的18个床文件上的床工具相交，用于交叉口。我正在考虑从参考基因组中复制/粘贴感兴趣序列的区域，并将其对齐以生成我的床文件。问题是，我的参考基因组是一个三聚体，所以这个序列被重复了三次，在比对中会出现错误。
有更好的方法吗？
浏览 12提问于2022-05-25得票数 0
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我目前正在处理包含染色体起始和结束位置的基因组数据。我想找出与另一个区域重叠的基因组区域，并将它们折叠成新的基因组区域。虽然我可以通过GenomicRanges包识别哪些区域是重叠的，但它会返回到我需要过滤掉的数据。
浏览 16修改于2019-05-21得票数 0
有一个含有基因表的数据库。这些基因需要根据客户的需要进行注释。因此，如果一个基因符合条件x，那么添加一个新的列y和值z到该基因。问题是：
1)这些查询变得如此复杂，以至于它们现在成了自己的语言，只有开发人员才有信心与临床医生进行一些来回的更改。因此，提供客户端可以编辑的配置文件的全部好处现在似乎已经失去了。2)由于查询过于复杂，代码和配置的区别变得模糊。
浏览 0提问于2019-05-13得票数 4
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我有一个大型数据帧(base_cov_norm_compl_taxid3)，每行表示一个基因组区域，每列表示该区域在样本中的覆盖率。每个紫杉科有多个基因组区域(类似于基因组)，我想使用聚合来寻找相同类型的所有基因组区域的均值和sd等。0.0000000000 0 0mrkg类型的<em
浏览 4修改于2012-09-11得票数 1
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