如何在R中获取热图的每个簇中的基因列表

Question

我使用下面的代码为我的大型数据集制作了这个热图。现在我想要获取第二个集群的行名(基因的名称)(红色在左边，绿色在右边)。首先，我试图按照this page上的说明来划分集群，但由于y轴上树状图的复杂性，解决方案对我来说并不实用。然后，我尝试在制作热图之前进行聚类，希望得到相同的结果。this page上的代码没有生成相同的热图。

有没有可能获得热图中所需区域的基因列表？

library(RColorBrewer)
my_palette <- colorRampPalette(c("red", "black", "green"))(n = 100)

heatmap.2(as.matrix(sd_pol),
          col=my_palette, 
          density.info="none",
          trace="none",
          symm=F,symkey=F,symbreaks=F, scale="none",
          labRow=NA,
          main="test_heatmap",
          margins = c(8, 8))

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Answer 1

正如docs中详细介绍的那样，heatmap.2使用函数hclust进行集群，因此您想要实现的一种方法是创建集群对象，然后应用cutree，如here所述。

但是，您必须调整参数h或k才能获得所需的结果：

require(graphics)
hc <- hclust(dist(USArrests))
cutree(hc,k = 2)

输出：

  Alabama         Alaska        Arizona       Arkansas     California       Colorado    Connecticut 
         1              1              1              2              1              2              2 
  Delaware        Florida        Georgia         Hawaii          Idaho       Illinois        Indiana 
         1              1              2              2              2              1              2 
      Iowa         Kansas       Kentucky      Louisiana          Maine       Maryland  Massachusetts 
         2              2              2              1              2              1              2 
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