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我希望在sbatch中运行这些外壳命令中的每一个，并且希望它们在不同的slurm节点中运行。现在，当我在Snakemake规则的外壳命令中包含sbatch时，我没有得到所需的输出文件，因为它需要一段时间才能运行，并且当sbatch返回时，命令仍在运行。如何使用Snakemake文件中的sbatch命令在一个slurm节点中提交每个规则
浏览 31提问于2021-01-24得票数 1
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我正在尝试发送一个sbatch文件，以便在系统的200个内核中运行一段代码。我的代码是 #!/bin/sh
#SBATCH --mail-type=ALL # Mail events (NONE, BEGIN, END, FAIL, ALL)#SBATCH --mem-per-cpu=3gb
浏览 257提问于2019-12-17得票数 2
我想问您是否可以将全局系统变量传递给#SBATCH标记。SBATCH文件ARG=64.datTASK_PER_NODE=8#SBATCH -N $NODES
#SBATCH --ntasks-per-nod
浏览 1修改于2018-06-07得票数 3
我创建了一些slurm脚本，然后尝试使用sbatch执行它们。但是输出文件更新不频繁(可能每分钟更新一次)。
有没有办法改变sbatch中的输出缓冲延迟？我知道在这种情况下可以使用stdbuf，但我不能让它与sbatch一起工作。
浏览 3提问于2015-05-21得票数 6
我必须为集群运行多个sbatch slurm脚本。假设我有50个sbatch文件，我在终端中按顺序运行它们(我使用Ubundu)，如下所示：sbatch file2.sbatch. 我想简化这50个不同的命令，使其在单个命令中运行。由于我是新接触终端和集群的人，我真的不知道如何处理这个问题。$ ~/Marabou% sbatch</
浏览 2修改于2019-08-21得票数 1
/bin/bash#SBATCH --ntasks=1#SBATCH --mem-per-cpu=3gb#SBATCH --account=***#SBATCH --output=%x.out#SBATCH<
浏览 13提问于2022-05-05得票数 0
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但是，当我尝试使用相同的测试文件运行sbatch时，它将只运行一个批处理作业，并且只在同时也是控制器的计算节点上运行。其他失败，sacct摘要中的ExitCode为1:0。下面是我使用的sbatch .job文件： #!/bin/bash#SBATCH --output=/storage/test.out
#SBATCH --error=/storage/test.err#SBAT
浏览 79提问于2019-02-14得票数 0
/usr/bin/env bash#SBATCH --partition=gpu#SBATCH --ntasks=16do
srun echo $(hostname) $CUDA_VISIBLE_DEVICES
浏览 0修改于2019-07-11得票数 2
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根据的说法，srun是用来提交作业的，sbatch是用来提交作业供以后执行的，但是实际的差别对我来说并不清楚，他们的行为似乎是一样的。例如，我有一个有两个节点的集群，每个节点都有两个CPU。如果我连续执行srun testjob.sh & 5x，它将很好地排队等待第五个作业，直到CPU可用为止，执行sbatch testjob.sh也是如此。它们之间有什么关系，对于srun sbatch**?**和sbatch**？**，它们又有什么区别？一个特别的区别是，如果srun没有可执行权限，即chmod +x testj
浏览 21修改于2017-05-03得票数 148
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例如，如果我运行：program.sh看起来是这样的：sbatch -n 1 -t 12:00:00 --mem=16g cpt_restore_config2.sh
sbatch -n 1 -t 12:00:00 --mem=16
浏览 13提问于2022-06-24得票数 0
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我有一些工作开始与sbatch，例如。b=$(sbatch ...)现在，在a或b完成后，第三个作业被排队：如何将任务a和b的退出状态传递给c的脚本？
浏览 0修改于2017-07-03得票数 2
在一个多星期的时间里，我尝试使用sbatch和srun为科学实验提交数千个单线程作业。#!/usr/bin/bash#SBATCH --tasks-per-node=12
for i in {1.
浏览 4修改于2020-01-24得票数 3
我有下面的slurm脚本(script.sh)，它将与#SBATCH --array=0-24并行运行在HPC 25作业上。每个作业将从file.txt中获取一个变量，并将其用作$VAR变量。#SBATCH --job-name test#SBATCH --time 00-05:00#SBATCH--error err
#SBATCH --a
浏览 3修改于2022-01-21得票数 1
/bin/bash#SBATCH -n 4#SBATCH --array=1-
我正在尝试启动一个阵列，对于阵列中的每个任务
浏览 56提问于2021-06-10得票数 0
ExCommand -f input1d -b input2d -c input3d -o outputd## Job Name## Allocation Definition#SBATCH --nodes=1#S
浏览 30提问于2019-05-17得票数 1
Slurm sbatch将stdout和stderr定向到由-o和-e标志指定的文件，但如果文件路径包含不存在的目录，则无法这样做。是否有办法自动生成我的日志文件的目录？我找到这样做的唯一方法是将对sbatch的调用封装在bash脚本中，这些脚本的长度比如此小的脚本所需的时间长很多倍。我在下面列出了一个简短的例子。#SBATCH -n 1#SBATCH -p short
#SBATCH</
浏览 0提问于2019-01-25得票数 9
我想向sbatch命令行传递一个参数。 RHO_COR.sh #!/bin/bash#SBATCH --job-name=paral_cor#SBATCH--time=1-00:00:00#SBATCH --cpus-per-task=16
浏览 237修改于2020-06-20得票数 1
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是否有可能以较大的数字(如#SBATCH ––array=1-5 )启动SBATCH作业数组(即#SBATCH ––array=12-25 )？
浏览 2提问于2021-10-12得票数 0
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