向SBATCH插入系统变量

Question

我想问您是否可以将全局系统变量传递给#SBATCH标记。

我想做点这样的事

SBATCH文件

#!/bin/bash -l
ARG=64.dat
NODES=4
TASK_PER_NODE=8
NP=$((NODES*TASK_PER_NODE))

#SBATCH -J 'MPI'+'_'+$NODES+'_'+$TASK_PER_NODE
#SBATCH -N $NODES
#SBATCH --ntasks-per-node=$TASK_PER_NODE

这不是工作所以我才问你。

Answer 1

请记住，SBATCH参数行被Bash视为注释，因此它根本不会试图解释它们。

此外，对于Slurm来说，#SBATCH指令必须在任何其他Bash命令之前为。

其他方法包括在命令行中设置参数：

NODES=4 sbatch --nodes=$NODES ... submitscript.sh

或通过stdin传递提交脚本

#!/bin/bash -l
ARG=64.dat
NODES=4
TASK_PER_NODE=8
NP=$((NODES*TASK_PER_NODE))

sbatch <<EOT
#SBATCH -J "MPI_$NODES_$TASK_PER_NODE"
#SBATCH -N $NODES
#SBATCH --ntasks-per-node=$TASK_PER_NODE

srun ...

EOT

在后一种情况下，您需要运行提交脚本，而不是将其交给sbatch，因为它将自己运行sbatch。还请注意，Bash中的字符串连接不是用+符号实现的。