如何在sbatch命令行中传递参数？

Question

我想向sbatch命令行传递一个参数。

RHO_COR.sh

#!/bin/bash
#SBATCH -o job-%A_task.out
#SBATCH --job-name=paral_cor
#SBATCH --partition=normal
#SBATCH --time=1-00:00:00
#SBATCH --mem=200G
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --array=1-10

#Set up whatever package we need to run with

module load gcc/8.1.0 openblas/0.3.3 R

# SET UP DIRECTORIES

OUTPUT="$HOME"/PROJET_M2/data/$(date +"%Y%m%d")_parallel_nodes_test
mkdir -p "$OUTPUT"

export FILENAME="$HOME"/vipailler/PROJET_M2/bin/RHO_COR.R

subset=$((SLURM_ARRAY_TASK_ID))
file="$HOME"/PROJET_M2/raw/truelength2.prok2.uniref2.rares.tsv 

#Run the program

echo "Start job :"`date` >> "$OUTPUT"/"$SLURM_ARRAY_TASK_ID".txt
echo "Start job :"`date`

echo PWD $PWD

Rscript $FILENAME --file $file --subset $subset   > "$OUTPUT"/"$SLURM_ARRAY_TASK_ID"

wait


echo "Stop job : "`date` >> "$OUTPUT"/"$SLURM_ARRAY_TASK_ID".txt
echo "Stop job : "`date`

我使用以下命令执行此代码：

sbatch --partition normal --array 1-10 RHO_COR.sh

我想要得到的是在上面的命令行中使用file参数，它看起来像sbatch --partition normal --array 1-10 --file name_of_my_file RHO_COR.sh

我不想在Slurm代码中指定我的文件名，而是在sbatch命令行中指定，这样就永远不会更改这个Slurm代码。

谢谢

Answer 1

您可以在脚本后面传递一个参数，就像您直接在shell上运行它一样，如下所示：

sbatch --partition normal --array 1-10 RHO_COR.sh name_of_my_file

然后，该参数将作为$1在shell脚本中可用