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我一直使用模块use Bio::DB::Fasta来访问fasta文件(文档位置：)。我发现这比使用Samtools从fasta文件中提取位置要快得多。但是，我想知道如果查询包含的位置超过了fasta的最大长度，会发生什么。
今天，在一个查询中，我尝试访问fasta中的一个位置，它超出了fasta中的最大位置。但是，在这种情况下，该方法没有给出错误。我的fasta文件包含0/1个基数，返回的输出是"1“。我想知道这是不是一个错误，或者实际上它给出了一
浏览 6提问于2014-02-05得票数 0
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我一直在尝试阅读fasta序列，但不知怎么的，它总是跳过最后一个序列。fasta = []with open("tests.fasta") as file_one: active_sequence_name = line[1:]
if active_sequence
浏览 2修改于2018-05-01得票数 2
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我正在尝试将fasta文件(.fasta)转换为计数文件(.cf)，以便能够将其上传到IQTREE，以便用于系统发育分析。fasta文件是对齐的合并文件，是将个体排序成5个种群中的一个的映射。
浏览 6提问于2022-11-01得票数 -1
我正在尝试获得人类特有的snp，并下载hg38 fasta和ensembl灵长类共同祖先fasta (homo_sapiens_ancestor_GRCh38.tar.gz)。
浏览 13提问于2022-09-07得票数 0
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我正在尝试将成百上千个.fasta文件连接成一个包含所有序列的大型fasta文件。我还没有在论坛中找到一个具体的方法来实现这一点。我确实遇到了来自的这段代码，我对它进行了一些调整。Fasta.py包含以下代码： def __init__(self, name, sequence): return itemsimport sys
import gl
浏览 2提问于2012-07-31得票数 2
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我正试图从FASTA序列中创建一本字典。但是，我一直收到同样的错误，即变量是没有定义的，即使它是定义的。有人能帮我理解一下这段代码是否正确吗？# Build a dictionary containing all sequences from a FASTA file from typing import Listtry:except IOError:
print(&
浏览 5修改于2022-03-18得票数 0
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我想提取文件中具有特定fasta ID的连续fasta序列的块，并将序列写在单独的文件中。文件内容是异构的(在某些地方，fasta is后面没有序列)。CTCTGACCCTCCCCACCAGGTTCAGGG >ENS00000006504_species4
……加上许多其他序列和不同的ID，但物种和fasta例如，如果我想用ENS00000006504提取序列，我想要它们的整个fasta描述以及它后面的序列，但是当它识别出一个新的fas
浏览 1修改于2013-11-21得票数 0
我发现，如果我的fasta文件以单行序列结尾，那么Bioperl返回的序列将有一个核苷酸缺失。如果fasta文件以新行结尾，则返回完整序列。不明白为什么？这是fasta文件以空的新行结尾的要求吗？or 35 nucleotides depending if last new line exists fasta
浏览 1提问于2012-07-06得票数 1
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我有一个FASTA文件test.fasta，它包含以下信息：
>QWE2J2_DEFR00000200123 DEFR00000560077.11 DEFR00000100333.7 3:444563-acccaaagggagggagagagggctattatcatggaaaactaatttttcccagagaatttcctttcaaacctcccagtatctatgatcactcccaacgggaggtttaagtgcaacaccaggctgtgtctttctatcacggatttccacccggacacgtggaacccggcctggtctgtct
浏览 0提问于2020-03-13得票数 0
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我想要将文件的以下行转换为JSON，并将其保存到mongoose模式中。GAA…..GAATG{“>HWI-ST700660_96:2:1101:1455:2154#5@0/1”: “GAA…..GAATG”}const parser = require("csv-parse/lib/sync");//import parser
const fs = require("fs");//impo
浏览 17修改于2020-03-06得票数 1
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我创建了一个解析Fasta文件的函数，因为我需要删除一些奇怪的字符。现在我有了一本字典，想把它转换成fasta格式。我对Fasta文件并不熟悉，所以我不知道该如何处理。
浏览 4提问于2022-07-20得票数 0
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cotton) <- attr(cotton, "species")
write.dna(cotton, "C:/Users/Comp12/Desktop/cotton.fas", format = "fasta
浏览 6修改于2014-11-08得票数 0
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我有一个fasta文件，它是由我创建的一个ruby脚本创建的；然而，它有许多重复的序列在不同的序列ID下，我想将文件扁平化，这样我就可以从这个.输入fasta文件(example.fa)中的数据ITLKPCGVPFSCCIPDQASGVANTQCGYGVRSPEQQNTFHTKIYTTGCADMFTMWINRYLYYIAGIAGVIVLVELFGFCFAHSLINDIKRQKARWAHR由于这需要嵌入到生成html网页的大型ruby脚本中，所以如果您只使用ruby (或为了澄清，我想扁平fa
浏览 2修改于2013-08-26得票数 2
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我有一个脚本，通过csv文件和fasta文件搜索，在这两个文件中的任何ID都将用于从fasta文件中提取fasta序列。', help='FASTA file (RAST). all_fprau.fasta', required=True) '-c', '--csv', help_open
OSError: error when opening file `all_fprau.fa
浏览 6修改于2018-06-27得票数 1
我有一个包含多个序列的fasta文件。有些序列跟在“-”后面，我想从最后的序列中剪短它们。有没有一种干净的方法来修剪它们并使用Biopython编写一个没有破折号的新fasta文件？：
records = SeqIO.parse(file_in, 'fasta= '-' for ch in rec.seq))
SeqIO.write(filtered, file_out,
浏览 1提问于2018-08-01得票数 1
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我编写了一个脚本，该脚本以多序列.fasta文件作为输入，并以.tsv格式输出每个氨基酸/序列的数量。以下是.fasta文件的外观： outFile.write( '\n' )
# filter for .f
浏览 0修改于2020-10-13得票数 11
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我有10个fasta文件(每个文件包含来自10个样本的20个基因序列)。我想创建20个文件，特定于10个样本中的每个基因。我按照以下步骤在标题中使用file_name提取基因：我成功地为每个样本中的每个基因创建了多个基因fasta</em
浏览 20修改于2017-08-22得票数 2
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我试图在一个多fasta文件中得到RNA的反向补码>cel-mir-39 MI0010 C elegans miR-39my $file_name = <>;
open (FASTA;
浏览 3修改于2016-05-13得票数 2
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