将fasta文件(.fasta)转换为计数文件(.cf)

Question

我正在尝试将fasta文件(.fasta)转换为计数文件(.cf)，以便能够将其上传到IQTREE，以便用于系统发育分析。fasta文件是对齐的合并文件，是将个体排序成5个种群中的一个的映射。已附上此文件的示例。

我试过R和python，但没有取得任何成功。

Answer 1

看看PoMo。具体来说，他们发布了一些转换文件的脚本

• CountsToFasta.py：将计数文件转换为fasta文件。
• FastaToCounts.py：将fasta文件转换为计数格式。
• FastaToVCF.py：将fasta文件转换为不同的调用格式。
• FastaVCFToCounts.py：将包含VCF文件的fasta引用转换为计数格式。
• FilterMSA.py：筛选多序列对齐文件(应用标准筛选器；cf )。libPoMo)。
• GPToCounts.py：实验性的。参照计数格式转换基因预测文件。
• MSAToCounts.py：将多个序列对齐与VCF文件转换为计数格式。