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我想要找到大约10KB序列的新颖和已知的RNA和转录本。如果序列在ensembl和UCSC浏览器中没有很好的注释，那么使用生物信息学工具最简单的方法是什么？拼接EST和RNA测序数据是一种选择吗？
浏览 5提问于2012-09-04得票数 0
我很难找到教我如何从GEO NCBI数据库中分析R上的单细胞RNA测序数据的材料。如果您对教程有任何指导或建议，我将非常感谢。
谢谢!
浏览 12提问于2020-04-14得票数 0
我有一个单细胞RNA测序矩阵'dta‘与一些细胞命名为KK00 (KK00.xx)。我想取消所有这些细胞。所以我写了dta.s <-subset(dta, !
浏览 4提问于2022-01-18得票数 0
生物:智人类型:按数组表达谱；阵列平台非编码RNA分析: GPL20115 6样例下载: GEO (TXT) 系列加入: GSE160804 ID: 200160804
溃疡性结肠炎患者的诱导器官重述结肠反应性(Submitter供应)我们报告了单核RNA-seq的应用。生物:智人类型:通过高通量测序平台进行表达谱分析: GPL24676 11样例下载: GEO (MTX，TSV) SRA Run Selector：系列加入: GSE152999 ID: 200152999
浏览 4修改于2021-03-22得票数 0
我正在使用Pagesus软件包分析我的单细胞RNA测序数据。我遇到了以下错误，使用飞马软件包进行单细胞分析。
浏览 7修改于2022-04-19得票数 -2
我们做了一个scRNA测序实验，现在我有了一个AnnData数据集。我已经对这个数据集有了很多了解，主要是通过使用scanpy库，我想通过提取3'UTR中具有特定RNA序列的基因来“完成”分析。
浏览 21修改于2022-07-08得票数 0
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我正在研究单核rna测序，我做了一个由所有特征的基因子集组成的矩阵，显示每个基因的数量。我想要计算在每个特性中表达的基因的比例，但是不能得到我的代码来返回正确的结果。Matrix::colSums(counts.fc2@assays$RNA@counts[markers, ])na.counts <- counts.fc2[grep(".
浏览 9修改于2022-05-13得票数 0
这与单细胞RNA测序数据分析有关.
是否有可能创造一个小提琴图，在X轴上有基因，Y轴上有归一化表达，而不是X轴上的簇或细胞类型，Y轴上有基因，而选择分析的细胞是用户定义的？
浏览 11修改于2022-10-01得票数 0
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当到达insert语句时，下面的代码会给出一个segfault： strand1.getStrand().insert(eit, sit2, eit2); rnareturn NULL;rna包含一个向量，它由getS
浏览 0修改于2011-01-30得票数 1
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我有以下SQL构造： WHERE exp = "X-ray" AND 但我得到的是：
_mysql_exceptions.ProgrammingError: (1146, "Table 'MYD
浏览 3修改于2014-06-23得票数 0
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目标：读取原始测序文件(*.ab1)并使用sequence.seq.translate(11)进行处理，但是，我得到了这个错误-- "Bio.Data.CodonTable.TranslationError, 'ATT', 'ATC', 'ATA', 'ATG', 'GTG'])for n in ambiguous_generic_by_id:
assert ambiguous_rna_by_id[n].forward_tab
浏览 1修改于2014-06-08得票数 0
3回答
我有一个特定于链的RNA-seq文库要组装(Illumina)。我想用礼帽/袖扣。从TopHat的手册上，它说，这是否意味着TopHat只支持特定于链的协议？或者，有没有可能一个基因是片段化的，然后独立测序，所以偶然的是左边部分产生反向阅读，而右边部分产生正向阅读？根据我的理解，链的特异性是通过3'/5‘连接来保持的，所以应该以基因为单位。
浏览 0提问于2012-06-19得票数 0
我编写了一个分析蛋白质-RNA相互作用的算法，我发现以下功能是导致性能问题的瓶颈：#len(protein_sequence)~500, len(rna_sequence)~1500
python_matrix = [[] for _ in range(len(protein_sequence))]
for i, AA in enumerate(protein_sequenc
浏览 1修改于2019-11-27得票数 0
1回答
我正在学习蟒蛇，我们学习指南中的一个问题要求评估RNA序列。我没有得到问题所建议的预期输出，我得到了17。以下是代码：def rna_length(mrna);end_rna2 = 'UAA';
if (mrna[0:3]==start_rna</
浏览 4提问于2021-08-24得票数 0
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我的数据结构是这样的:我的%REV_ALIGN；任何dna密钥都可以有多个RNA子密钥。相同的RNA子密钥可以与多个不同的dna密钥一起出现。其目的是基于共享的dna序列元素对rna (转录本)进行分组。例如，如果dnaA有RNA1、RNA8、RNA9和RNA4，而dnaB有RNA11、RNA4和RNA99，那么我们将所有这些转录本( <e
浏览 3提问于2015-10-07得票数 0
，90%) rna = 'AUG' while rna[-3))+('C'+'G')*(gc_content))
rna2_list = []
浏览 2提问于2017-11-06得票数 0
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using namespace std; { if (rna[i] == 'a' || rna[i] == 'A') else if (rna[i] == '
浏览 1修改于2021-08-13得票数 0
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我正在研究一个关于elixir RNA转录的基本问题。] _to_rna(dna) def _to_rna([head | tail]), do: [_rna(head) | _to_rna(tail)]
def _rna(x) when x == 'A', do: 'U
浏览 5提问于2019-09-20得票数 0
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