如何获得Anndata的特异性RNA序列？

Question

我有个问题，我不知道怎么开始。我们做了一个scRNA测序实验，现在我有了一个AnnData数据集。我已经对这个数据集有了很多了解，主要是通过使用scanpy库，我想通过提取3'UTR中具有特定RNA序列的基因来“完成”分析。不幸的是，我不知道如何处理这一点，因为我不是生物信息学家，也找不到一个教程来做这件事。有人能帮我解决这个问题吗？

这是什么样子。

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提前感谢！

Answer 1

我刚在R.找到了一条路，在BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10的基地上。你可以找到答案，here。只需将python中的结果作为一个列表来阅读，我们就可以看到函数sc.tl.score_genes，以查看它们在哪里得到了丰富。