计算具有固定gc含量的随机RNA序列的平均转录长度

Question

尝试计算具有固定gc含量( 10%，20%，30%，…)的随机RNA序列的平均转录长度。，90%)

def bias_rna(gc_content):
    rna = 'AUG'
    stop_codon = ['UAG','UAA','UGA']
    while rna[-3:] not in stop_codon:
        for _ in range(3):
            rna += random.choice(('A'+'U')*(100-(gc_content))+('C'+'G')*(gc_content))
    return rna


for numb in [range(10,91,10)]:
    rna2_list = []
    for _ in range(1001):
        rna2_list.append(bias_rna(numb))
    rna2_len = []
    for s in rna2_list:
        rna2_len.append(len(s))
    print ('Average random rna length with  cg: %.2f' % (sum(rna_len)/(len(rna_len))))

然而，程序不起作用..。建议？

Answer 1

我做了一些小小的修改，虽然我对DNA一无所知，但它似乎奏效了：

import random

def bias_rna(gc_content):
    rna = 'AUG'
    stop_codon = ['UAG','UAA','UGA']
    while rna[-3:] not in stop_codon:
        for _ in range(3):
            rna += random.choice(('A'+'U')*(100-(gc_content))+('C'+'G')*(gc_content))
    return rna


for numb in range(10,91,10):
    rna2_list = []
    for _ in range(1001):
        rna2_list.append(bias_rna(numb))
    rna2_len = []
    for s in rna2_list:
        rna2_len.append(len(s))
    print ('Average random rna length with  cg: %.2f' % (sum(rna2_len)/(len(rna2_len))))

基本上，你需要

• 导入random
• 删除range(10,91,10)周围的括号(这导致您循环遍历包含单个range对象的列表，而不是范围本身的内容)
• 将最后一行中的变量rna_len重命名为rna2_len，

在行动中看到它这里。