R:如何计算大矩阵中所有列中空行的分数？

Question

我正在研究单核rna测序，我做了一个由所有特征的基因子集组成的矩阵，显示每个基因的数量。我想要计算在每个特性中表达的基因的比例，但是不能得到我的代码来返回正确的结果。这与我已经用colSums计算的每个特性的计数数是分开的。

没有表达的基因有一个“。值，所以我想计算每一列中有多少个，将其计算为基因总数的一小部分，并使用(1-分数)来找出每个特征所表达的基因的比例。

我该用什么来计算？

我尝试过的代码不太有效(其中counts.fc2是我的矩阵)：

marker <- c('.')
Matrix::colSums(counts.fc2@assays$RNA@counts[markers, ])

和

na.counts <- counts.fc2[grep(".", counts.fc2), ]

如有任何建议，将不胜感激！

编辑:根据要求，这是矩阵外观的一个例子(列标题是特性no，例如: CATACTTAGAGTACCG-1：

ppn     . 0.8982865 . . .      
ocn     . . . . .         
CheB53a 3.2424953 . . . .        
CG5762  . . . . 0.8982865 
srp     . 2.698674 . . . .

fraction 0.2 0.4 0 0 0.2

Answer 1

set.seed(1)
m <- replicate(15, sample(c(letters, "."), 20, replace = T))

colMeans(m != ".")
[1] 0.95 1.00 0.95 1.00 0.95 0.95 1.00 1.00 1.00 0.90 1.00 1.00 0.95 0.95 0.95

可以使用比较运算符.测试矩阵中哪些元素不是!=。否则，m != "."将为.和TRUE元素输出一个布尔矩阵，即FALSE。colMeans将返回每个列的比例，即TRUE。