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我已经得到了一个数据(超过9000行)，它保存了每个细胞集群(列)特定基因(行)的平均基因表达，现在我需要将基因名(行名)更改为同义词。0.30[Slc39a9] 52.13 18.42 4.12FYI:表达式dat
浏览 3修改于2020-06-04得票数 0
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我有几个m矩阵的基因表达数据，我想存储在MySQL。N是大约3,000个样本(大部分是唯一可识别的)从那时起，我就被告知“联合桌”可能是一种更好的方法。不过，在看了几段YouTube视频之后，我一点也不聪明。我还搜索过谷歌，似乎没有关于使用连接表在MySQL中存储基因表达数据的教程。那么，有没有人对如何最好
浏览 1提问于2016-05-03得票数 3
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我是R的新手，我有1200个基因表达文件，只有两列基因名称和基因表达值。我希望过滤出63个这些基因，并生成一个仅包含这些基因的基因表达值的基因文件，这样最终就可以在单个数据库中为每个1200个样本生成63个值row .基因表达式文件只有两列，包含基因Id和基因表达<
浏览 18修改于2019-10-24得票数 1
我想下载由微阵列实验产生的基因表达数据。我对这个主题了解不多，但据我所知，行通常对应于基因，列通常对应于样本。理想情况下，我希望得到一个基因表达数据矩阵。我一直在互联网上搜索，虽然看起来有很多地方可以下载这样的数据，但当我真正下载数据时，我并不了解基因表达的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载基因表达数据？
浏览 0修改于2013-11-24得票数 7
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我有一个含有基因名称和样本编号的矩阵。每一行都是一个逻辑向量，指示检测到基因的样本。基因必须至少出现在8个样本中的4个样本中才能做到这一点(仍在矩阵中)。编辑:这个问题源于尝试重新创建这个：
假设样本集包含不到50%的离
浏览 6修改于2015-01-18得票数 2
我正在处理一个大的数据集，对某个基因进行多个观察，在不同的日期和不同的表达水平上。我想把所有的“表达式”列值之和到
我试着做了一个for循环，但是我对R相对来说
浏览 1提问于2022-05-12得票数 0
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它代表了生物样品中基因表达的测量。问题是，有时测量直接在基因上(“探针”然后为空)，有时测量是通过基因的“探针”进行的(“基因”仍然是设置的)。一个基因可以有多个探针。没有其他表格包含基因-探针关系。"probe" INTEGER REFERENCES "probes" ON DELETE CASCADE,);
常见的查询包括获取给定样本中所有基因</e
浏览 2修改于2020-05-10得票数 0
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我认为剧本太慢的部分是这样的：
[2314,2395,10672,8683,5075in the scriptunderexpr_output_file.close()
这将产生两个输出文件(一个用于over，另一个用于欠表达)，如下所示；这些列是GeneName、#过表达/#欠<
浏览 3修改于2017-01-11得票数 1
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我有两个矩阵，包含来自40个样本和50000个基因的信息。Matrix Expr包含每个基因和样本的基因表达；Matrix Methyl包含每个样本的这些基因的甲基化状态。是否有可能同时基于表达和甲基化信息对基因和/或样本进行聚类？我知道如何在R即hclust(dist(M))中执行基本的层次聚类，但它只在一个矩阵上。有什么想法/建议吗？
浏览 3修改于2016-05-27得票数 0
是否有可能创造一个小提琴图，在X轴上有基因，Y轴上有归一化表达，而不是X轴上的簇或细胞类型，Y轴上有基因，而选择分析的细胞是用户定义的？例如，假设我有500个细胞型"A“，它们表达的遗传特征大致相似，但有几个基因是可变表达的。我能把基因表达想象成这500个细胞的小提琴图吗?基因位于X轴上，而不是每个基因的小提琴作图，因为我只看一种细胞类型？
谢谢你在这个问题上的任何想法！
浏览 11修改于2022-10-01得票数 0
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我有一个表达矩阵，也就是一个包含一些基因在不同人类样本中表达水平的矩阵，还有一些样本是重复的，所以我需要将这些重复中的表达组合起来，并计算出中位数。我将样本的名称作为行，在每一列中我有一个基因的表达。(我有大约200,000个基因，所以大约有200,000列)。Epithelial Cells, donor2Amniotic Epithelial Cells, donor3
其余的列对应于数字(不同<
浏览 0提问于2015-12-13得票数 0
我有一个表达矩阵(trans_data : 32000个基因x620个样本)和一个临床矩阵(clin_data : 620个样本x42个临床特征)。样品属于A-B-C-D 4个群体中的1个。我想要比较A和B群体之间的基因表达，而不是试图将这两个矩阵联系在一起。 我想选择一个矩阵，每个基因在两个群体中的平均表达，然后是pvalue，然后是调整p值。然后我只能选择差异表达的基因(padj <0.05)。 谢谢你的帮助。阿兰
浏览 12提问于2019-03-29得票数 0
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问题是：
微阵列使生物学家能够测量基因在人类或其他物种中的表达水平。在一些研究中，对一些个体的基因表达水平进行了测量，其中一些人患有某种疾病，另一些人没有(对照组)，以确定哪些基因是差异表达的。目的是了解基因在所考虑的疾病发展中的作用。尽可能多地阅读下面的论文，并足够理解基本知识：相应的数据集(经过一些处理)可以在这里获得：识别差异表达基因的简单(有点过时)方法是对两组比较的每个基因进行(双侧)学生t检验。编写执行此
浏览 1提问于2016-05-17得票数 1
我有一组来自3个不同亚型的乳腺癌样本的1500个基因的基因表达值及其临床参数。我需要根据乳腺癌亚型对基因表达进行聚类，以找到每个乳腺癌亚型的独特基因。
浏览 15提问于2020-10-26得票数 0
我有五个不同样本集的基因表达数据的data.frames。我在每个data.set中有不同的行数，因此只有部分重叠的row.names (基因)。现在，我希望a)过滤这五个data.frames，使其只包含所有data.frames中存在的基因，以及b)将这些基因的基因表达数据组合到一个data.frame中。
浏览 2提问于2013-05-29得票数 1
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例如，如何根据基因表达水平将基因表达水平分为三组(低、中、高)？数据集中的列具有 基因 作为一列， 表达式 作为另一列。我正在考虑使用这个函数： 排序(数据集名称$表达式) 因此，这将从最高到最低对表达式级别进行排序。但是，我不确定如何标记哪些是低、中或高，以及如何为每一个创建新的子集？ 提前感谢！
浏览 88修改于2021-02-28得票数 0
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我必须绘制一些基因表达值的热图。换句话说，热图的每一行代表10个基因的平均值，这样：
row3 -> gene_expression以此
浏览 5修改于2014-03-21得票数 0
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如果你以前没听说过，这是一个强大的线性模型包，用来测试>20k基因的差异基因表达。你可以提取斜率，从模型中截取每一个基因。*
我的表(称为"slopeInt")的截距为第1列，斜率为第2列，并有与基因名称相对应的行名。，其中包含了一些关于我的样本的详细信息(我有24个具有不同in和时间/治疗组合的样本)和基因表达值。它是长格式的，基因名称(如上面所示)每24行重复一次(同一基因的不
浏览 7修改于2015-02-25得票数 2
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我有一些基因表达数据在不同部位的植物根(见图)，我想显示基因表达水平在不同部位的根。例如，如果基因在顶端分生组织中高表达，我想在示意图中标记顶端分生组织部分红色。
浏览 5提问于2016-06-08得票数 1
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