问差异表达基因分析:如何对不同临床基质的表达基质进行t.test？
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提问于 2019-03-29 00:53:23

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我开始我的PhD在转录组(亲和试验)分析。

我有一个表达矩阵(trans_data : 32000个基因x620个样本)和一个临床矩阵(clin_data : 620个样本x42个临床特征)。样品属于A-B-C-D 4个群体中的1个。我想要比较A和B群体之间的基因表达，而不是试图将这两个矩阵联系在一起。

我想选择一个矩阵，每个基因在两个群体中的平均表达，然后是pvalue，然后是调整p值。

然后我只能选择差异表达的基因(padj <0.05)。

谢谢你的帮助。阿兰

发布于 2019-03-29 01:13:15

没有clear reproducible example我不能直接回答你的问题，但是你可能想看看相当优秀的tableone package

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