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PhosphoSitePlus | 蛋白翻译后修饰综合性预测数据库
之前在 [[翻译后修饰]] 基本内容介绍当中提到了翻译后修饰的几个形式。 当中提供了蛋白磷酸化，乙酰化等翻译后修饰的内容。 PhosphoSitePlus 最后总共包括了 57664 个蛋白的 599017 个翻译后修饰位点。其中包括了包括磷酸化、乙酰化等多个翻译后修饰种类。 检索 PhosphoSitePlus 在检索当中提供了 1）基于蛋白或者序列检索；2）基于蛋白位点检索以及 3）比较位点检索。 比如我们要查看TP53相关的翻译后修饰的话。 图中可以看到关于 P53 的蛋白的线性结构，在线性结构上，线性结构上一个点代表一种类型的翻译后修饰信息。同时如果点越高代表这个修饰参考文献个数。 再往下可以看到关于 P53 蛋白的具体基本信息。
17.4K11编辑于 2022-04-01 - 来自专栏医学数据库百科
翻译后修饰类型介绍
之前在 [[翻译过程介绍]]。其中在一个 mRNA 翻译成一个蛋白之后，会进行翻译后修饰。在上面的视频当中对于翻译后修饰的介绍内容挺少。所以这次就找了另外一个视频来了解一下翻译后修饰的具体类型。 简单的理解翻译后修饰就是在翻译好的氨基酸序列上添加一些不同的化学基团，以此来调控蛋白的功能。 如果有兴趣的话，可以了解一下下面这个视频。 具体时间轴： 00: 07 翻译后修饰前言 01: 18 蛋白修饰的类型 02 :12: 翻译后修饰的作用 02: 12 氨基末端修饰 03: 00 蛋白活性的修饰 04: 18 翻译后修饰的种类 04 : 18 翻译后修饰概述 05: 26 具体翻译后修饰类型介绍 http://mpvideo.qpic.cn/0bc3s4abkaaavmafysa7jjrfbf6dcwlqafia.f10002.mp4
47240编辑于 2022-04-01 - 来自专栏生物信息云
CysModDB：半胱氨酸翻译后修饰分析平台
1.背景知识 半胱氨酸（Cys）上的硫醇基团可以经历多种翻译后修饰（PTM）， 作为分子开关维持氧化还原稳态并调节一系列生物 活性，包括改变酶促反应、蛋白质-蛋白质相互作用和蛋白质 稳定性。 修饰类型根据其特性可分为三类：氧化翻译后修饰（PTM）[1]，脂质PTM [2，3]和代谢物PTM [4]。氧化PTM是指半胱氨酸被活性氧、活性氮、活性硫或谷胱甘肽（GSH）氧化[1]。 代谢物PTM涵盖了由反应性代谢物[6]引起的一系列非酶修饰，例如s-斜锥化，s-琥珀酸和S-羰基化。半胱氨酸残基起多种功能作用，如金属结合、酶活化和结构稳定，半胱氨酸修饰可调节蛋白质结构和功能[7]。 第三，很少提供可视化浏览器来显示蛋白质序列上的CysPTM位点，或者它们不能用于估计修饰位点对蛋白质功能的潜在影响。 浏览器使用图表来表示具有不同CysPTM类型的修饰位点在蛋白质序列上的分布，CysPTM共现以及这些位点与蛋白质结构和功能区域的映射，这有助于探索修饰位点之间的串扰以及这些位点对蛋白质功能的潜在影响。
2.3K30编辑于 2022-11-24 - 来自专栏生命科学
探索翻译后修饰(PTMs) 的新工具 | MedChemExpress
翻译后修饰 (PTMs) 是指蛋白质在翻译后的化学修饰过程，比较常见的有磷酸化、乙酰化、甲基化等等类型，大部分蛋白质只有经过了该过程才可以发挥其生理功能。 2016年，Yang等人通过将光交联剂（二氮嗪）并入天然赖氨酸的侧链，合成了一种名为Photo-lysine的新型光反应性赖氨酸，它可以标记结合赖氨酸翻译后修饰的蛋白质。 该新分子经紫外线照射可诱导蛋白质分子之间的强烈交联，以此固定细胞中的蛋白质-蛋白质相互作用。 作为哺乳动物的必需氨基酸之一，赖氨酸参与合成了绝大部分重要生理活动所需的蛋白质（如酶、激素、信号受体等）选取赖氨酸作为标记物，有助于跟踪这些蛋白质是如何进行翻译后修饰的，从而进一步了解蛋白质的构象及作用方式 >>>>相关产品Photo-lysine一种新的基于赖氨酸光反应性的氨基酸，它捕获结合赖氨酸翻译后修饰的蛋白质。
58120编辑于 2023-01-12 - 来自专栏生信菜鸟团
Peaks 根据组蛋白修饰模式进行分类
这里涉及一个基本知识点： 组蛋白修饰是染色质结构和基因表达调控的重要机制之一。不同的组蛋白修饰在基因组的不同区域具有特定的功能和作用。 以下是一些常见的组蛋白修饰及其功能： H3K4me1（组蛋白 H3 第 4 位赖氨酸单甲基化）： 功能：通常与增强子区域相关联，是活性增强子标志之一。 这些组蛋白修饰通过改变染色质结构、影响转录因子和聚合酶的招募，来调控基因表达。它们在细胞分化、发育、疾病发生等过程中发挥关键作用。不同的修饰组合和定位形成了复杂的染色质状态，精细调控基因组功能。 因此我们在相同的实验条件下，转录因子结合区域有这些修饰，就代表着这些区域是什么功能，除了传统意义上根据参考基因组来分类，根据这些组蛋白修饰位点进行分类不失是一种合理的方式。 我们简单的复刻这张图。 得到每个组蛋白修饰的bed 文件。
40200编辑于 2025-03-27 - 来自专栏生信菜鸟团
图解表观遗传学 | 组蛋白修饰
什么是组蛋白修饰 1 组蛋白结构 在了解组蛋白修饰前，先复习一下幼儿园学过的组蛋白结构。 我们都知道在细胞核中的染色体是高度压缩的，而折叠时DNA缠绕的就是组蛋白。 ? 我们今天的主角，组蛋白修饰就是在这个尾巴上进行的。 2 组蛋白修饰的描述规则 组蛋白修饰是一种以共价方式进行的蛋白质翻译后修饰（PTM），包括：甲基化（M），磷酸化（P），乙酰化（A）等等。 由于组蛋白修饰的类型众多，所以我们需要在称呼组蛋白修饰时，有一个规则： 组蛋白结构 + 氨基酸名称 + 氨基酸位置 + 修饰类型 在实际的应用中，我们一般这样写： H3K4me3：代表H3组蛋白的第4位赖氨酸的三甲基化 这些修饰都会影响基因的转录活性。而组蛋白H3是修饰最多的组蛋白。下面我们来详细看看： 3 组蛋白修饰类型 ? 组蛋白甲基化 甲基化取决于其位置和状态，与抑制或激活有关。 4 怎么检测组蛋白修饰 一般我们使用 ChIPseq 来对样本测序，以此来拿到全基因组上的组蛋白修饰图谱。
2.1K20发布于 2021-01-05 - 来自专栏生信菜鸟团
初探转录因子与组蛋白修饰互作（1）
ChIP-seq鉴定ZBED6的结合位点与组蛋白修饰的富集 通过ChIP-seq 实验鉴定了 ZBED6的 结合位点，并与过滤后的DEGs列表进行比较，结果发现大多数DEGs未被鉴定为ZBED6的直接靶点 这些结果暗示了组蛋白修饰与转录因子ZBED6之间可能存在着高度相关。 图2. C2C12成肌细胞中与ZBED6结合位点相关的组蛋白修饰。 3. 在ZBED6沉默后，组蛋白修饰在编码肌肉蛋白的基因上差异富集 为了研究Zbed6沉默是否会导致组蛋白标记的变化，作者对沉默ZBED6和对照细胞进行了组蛋白标记H3K4me3、H3K36me3、H3K4me2 上述这篇文章，不仅看了组蛋白修饰在转录因子结合位点上是否存在富集，也检测了干扰转录因子后各组蛋白修饰在差异表达基因上的富集情况，将转录因子、组蛋白修饰和靶基因筛选进行了整合分析，具有一定的参考价值。 但是，这篇文章最大缺憾是作者未继续深入地探究在转录因子与特定关键组蛋白修饰的互作，也未能通过大量实验证实转录因子是通过改变特定组蛋白修饰方式而影响下游基因的表达。
98510编辑于 2024-03-06 - 来自专栏DrugOne
DeepSearch能零样本分析翻译后修饰
DeepSearch还能以零样本方式分析可变翻译后修饰。作者表明，DeepSearch的评分方案表现出较少的偏差，不需要任何统计估计。 作者通过各种数据集验证了DeepSearch的准确性和稳健性，包括来自不同蛋白质组成物种的数据集和富集修饰的数据集。DeepSearch为串联质谱中的数据库搜索方法开辟了新途径。 质谱（MS）蛋白质组学中，肽段鉴定是蛋白质组学的一个基本挑战。在一种广泛采用的MS蛋白质组学形式中，蛋白质通过蛋白酶被消化成肽段，然后利用液相色谱串联质谱（MS/MS）分析这些肽段。 然而，大多数现有的从头测序方法在蛋白质组成差异很大的数据集上表现出明显的性能下降。这些方法也缺乏肽段级别的准确性，无法识别可变翻译后修饰（PTM），而这些修饰在蛋白质功能和结构分析中至关重要。 PSM级别的FDR控制是通过分数、搜索引擎报告的期望值或估计的后验错误概率（PEP）进行的。对于MaxQuant，作者将报告的PEP视为期望值。
72510编辑于 2025-02-03 做科研，蛋白磷酸化修饰是研究的重点之一
蛋白修饰是蛋白质功能调控的重要机制，对于生物学研究和药物开发具有重要意义。 以下是一些与蛋白修饰相关的数据库资源：以下是21个与蛋白修饰相关的数据库的详细介绍：灯塔索引（dotaindex）类型：磷酸化、泛素化和乙酰化等蛋白修饰的综合性数据库。 dbPTM类型：全面的蛋白质修饰数据库。特点：收录了多种蛋白质修饰类型，包括磷酸化、糖基化、泛素化等，并提供修饰位点的详细信息。UniProt类型：蛋白质序列和功能数据库。 特点：提供蛋白质修饰残基的详细化学结构和相关的生物学信息。MODbase类型：蛋白质修饰位点数据库。特点：专注于蛋白质修饰位点的收集和分类，包括实验验证的数据。 特点：整合了多种蛋白质修饰类型的数据，提供全面的PTM信息。MIMP类型：人类蛋白质甲基化修饰数据库。特点：专注于人类蛋白质的甲基化修饰，提供位点信息和生物学功能。
48010编辑于 2024-12-15【Windows】 谷歌翻译停服后，chrome无法自动翻译？解决办法来了~
早前蓝点网提到谷歌翻译中国版和谷歌地图中国版同时停服，此次停服也影响到谷歌浏览器翻译功能的使用。 谷歌给出的官方回应是谷歌翻译和谷歌地图的中国版使用率都太低，既然使用率太低那直接停服也情有可原（笑笑）。 只是谷歌浏览器内置的翻译功能也需要调用谷歌翻译，这停服后导致谷歌浏览器无法翻译着实影响正常使用。 既然如此那我们只能使用传统办法：Hosts 理论上只要找到可用的IP地址然后修改服务器后就可以恢复翻译。 如图将代码复制到host文件最后保存即可 203.208.39.226 translate.googleapis.com 203.208.39.226 translate.google.com 最后测试谷歌翻译可以正常使用
2.4K10编辑于 2025-12-15- 来自专栏用户7627119的专栏
NAR | 上交医学院余健秀课题组发表m6A最新研究成果
该修饰发生过程由一系列蛋白复合物参与，研究人员将这些蛋白定义为Writer、Eraser和Reader，分别对应m6A修饰RNA的甲基转移催化酶、去甲基化酶和阅读蛋白。 m6A修饰普遍存在于各种RNA中，尤其在哺乳动物细胞中mRNA和lncRNA上最为丰富。m6A修饰在RNA代谢各方面包括稳定性、定位、剪接和翻译等均起关键的调节作用，进而参与细胞各种生命活动进程。 尤其近年来，在蛋白质修饰调控RNA修饰及代谢作用机制方面取得了一些创新性成果。 该研究立足于YTHDF2的蛋白质翻译后修饰，充分证实YTHDF2能够发生SUMO化修饰并影响其功能，揭示了蛋白质翻译后修饰与RNA化学修饰之间的紧密关联的动态调控网䋞。 RNA的稳定性、定位和翻译功能等的调节。
53310编辑于 2022-09-21 【Windows】谷歌翻译停服后，chrome无法自动翻译？解决办法来了~ (最新)
谷歌翻译停服后，chrome无法自动翻译？ https://amoureux555.lanzoum.com/ihIiS0hlt50d 密码:f3fi 二、点击‘获取最新IP列表/测速’ 获取最新IP，获取成功会展示所有可用IP 点击更改GG翻译 ，软件自动选择一个本机延迟最低的IP，设置HOST，然后本机所有使用Google翻译的功能，将恢复可用。 三、重启chrome浏览器，可以翻译 下班~
1.4K10编辑于 2025-12-15- 来自专栏生命科学
光反应赖氨酸的高难度合成 | MedChemExpress
众所周知，组蛋白的翻译后修饰对于表观遗传调控及多种生物学过程具有重要的生物学意义。 利用光交联技术开发的光反应赖氨酸（Photo-lysine）[1]，是一种基于赖氨酸的新型光反应性氨基酸，它能够捕获结合赖氨酸翻译后修饰的蛋白质 [2-3]。 为研究组蛋白翻译后修饰提供了一种有效的检测工具，对表观遗传学及多种生物学过程的研究具有重要意义。 Marks.J Am ChemSoc. 2017 May 17;139(19):6522-6525.相关产品Photo-lysinePhoto-lysine ，一种新的基于赖氨酸光反应性的氨基酸，它捕获结合赖氨酸翻译后修饰的蛋白质 Photo-lysine_hydrochloridePhoto-lysine hydrochloride，一种新的基于赖氨酸光反应性的氨基酸，它捕获结合赖氨酸翻译后修饰的蛋白质。
45220编辑于 2023-02-09 - 来自专栏DrugOne
Science | 解码免疫的语言
ASCs已经适应了折叠蛋白应激反应（UPR），这是一种应激反应，用以适应其所需的高速的蛋白质合成和分泌率。Giguère等人的研究揭示，编码抗体基因的mRNA富含被修饰的tRNA所识别的密码子。 此外，tRNA的翻译后修饰，包括所谓的“摇摆修饰”，增加了可以翻译的同义密码子的范围，例如肌苷-34（见图）。 作用于RNA的腺苷脱氨酶（ADAR）是催化RNA腺苷到肌苷翻译后修饰的酶，它们与多种人类疾病相关，包括癌症以及神经、代谢和自身免疫疾病。人类表达三种高度保守的脊椎动物ADAR蛋白。 尽管已经发现ADAR介导的肌苷修饰的增加，但tRNA库可用性的变化及其对细胞翻译动态的影响仍然未明。 解码ASCs中控制tRNA重塑的复杂信号通路和调控因子网络至关重要；理解tRNA修饰如何影响翻译的忠实性、效率和蛋白折叠过程中的抗体合成值得进一步研究。
42810编辑于 2024-01-30 犹素化如何调控细胞核与内质网的稳态维持？
研究发现，这一经典通路的关键起始步骤受到一种新型蛋白质翻译后修饰------犹素化的精细调控。具体而言，DNA损伤可诱导MRN复合物中的关键组分MRE11蛋白发生特异位点的犹素化修饰。 此外，重要的肿瘤抑制蛋白p53也作为犹素化修饰的底物，其修饰有助于稳定p53蛋白，使其免于被泛素化降解，从而确保细胞在DNA损伤后能够有效地启动细胞周期阻滞或凋亡程序。 研究表明，犹素化修饰同样延伸至端粒稳定性的调控网络中。在端粒区域，被犹素化修饰的MRE11蛋白能够作为支架，促进蛋白磷酸酶PP1-α的募集。 内质网是分泌蛋白和膜蛋白合成与折叠的主要场所。在这一过程中，核糖体停滞或错误翻译会产生异常多肽，威胁细胞稳态。研究发现，当与内质网结合的核糖体发生停滞时，会触发一种特异性的质量控制机制。 综上所述，从细胞核内的DNA修复到内质网的蛋白质质量控制，再到特异性细胞功能的实现，犹素化作为一种动态、可逆的翻译后修饰，通过精准修饰关键底物蛋白，广泛而深刻地参与维持细胞在不同层面的稳态，其功能异常与基因组不稳定
17211编辑于 2026-01-30- 来自专栏DrugOne
. | 戴上启动帽，MIT王潇团队提出LEGO增强翻译能力
基于mRNA的蛋白质和疫苗疗法可以通过增加翻译能力获益。在此，作者报道了一种名为连接促使mRNA-寡核苷酸组装（LEGO）的方法来增强翻译。 现有的关于帽子依赖的翻译启动机制表明，eIF4E与m7G帽子的结合会通过蛋白质-蛋白质相互作用招募其他eIFs（图2a）。 这些合成寡核苷酸底物包含一个经典的单m7G-rG帽子或一个优化的5′端化学修饰组合，通过同位素比率定量质谱（qMS）测量修饰特异性蛋白质的富集（图3a）。 图 3 令人满意的是，与单m7G-rG寡核苷酸相比，优化后的5′修饰显著富集了参与eIF4–eIF3依赖翻译起始途径的主要蛋白质，包括eIF4E1（富集15.2倍）、eIF4G1（42.1倍）、eIF4G3 通过Ingenuity通路分析（IPA）对优化5′修饰组的富集蛋白质进行预测，表明eIF复合物通过5′RNA修饰的稳定结合总体上促进了翻译起始，支持了作者在实验中观察到的修饰RNA翻译效率的提高（图3c
40310编辑于 2024-11-23 - 来自专栏生信技能树
蛋白质组学第1期-认识基础概念
初识蛋白质组学基础概念 2.蛋白质组学的三大元素 3.蛋白质组学三大元素之搜库软件的工作原理及操作（一） 4.蛋白质组学三大元素之搜库软件的工作原理及操作（二） 5. 蛋白质组学之翻译后修饰 6.蛋白质组学的定量方法 7. Perseus 的使用 8. R语言处理蛋白质组学数据 9.蛋白质相互作用网络构建 10.文章方法再次梳理和总结 ? mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应 翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现 3.蛋白质组学工作流 样品上质谱，获得Raw data(质荷比+强度） 使用MaxQuant等搜库 ，获得初始结果（肽段、蛋白信息） 质控得到可信结果（包括修饰等） 定性分析和定量分析 数据注释、数据挖掘、关联功能 4.蛋白质组学的两大策略 参考文献：Protein Analysis by Shotgun Top-down 直接对完整的蛋白——包括翻译后修饰蛋白以及其它一些大片段蛋白测序 提取蛋白---分离蛋白，排除样本复杂性---质谱分析蛋白片段---得到蛋白ID ?
4.8K1312发布于 2019-07-18 - 来自专栏生信情报站
一文极速读懂UniProt数据库
这些预测包括翻译后修饰，跨膜结构域和拓扑，信号肽，结构域识别和蛋白质家族分类。 来自相同基因和相同物种的序列合并到相同的数据库条目中。 ，RNA编辑，替代剪接，蛋白水解加工和翻译后修饰产生的蛋白质变异形式 使用： UniProtKB/Swiss-Prot 高质量的、手工注释的、非冗余的数据集 Swiss-Prot旨在提供与高水平注释（例如 ，蛋白质功能，其域结构，翻译后修饰，变体等的描述）相关的可靠蛋白质序列，最小程度的冗余和高水平与其他数据库的集成级别。 这些预测包括翻译后修饰，跨膜结构域和拓扑，信号肽，结构域识别和蛋白质家族分类。 来自相同基因和相同物种的序列合并到相同的数据库条目中。 离子，底物和辅因子结合位点 通过自然遗传变异，RNA编辑，替代剪接，蛋白水解加工和翻译后修饰产生的蛋白质变异形式 常用的操作 <1>：这里输入基因名，UniProt ID，或者感兴趣的关键字
3.7K32发布于 2021-01-13 Methods | DeepMVP：深度学习精准预测蛋白质修饰位点及变异效应
DRUGONE 翻译后修饰（PTMs）是蛋白质功能的重要调控因子，其受扰动是错义变异导致疾病的重要机制。深度学习能够帮助预测PTM位点并识别受变异影响的PTM，但受限于缺乏大规模、高质量的训练数据。 PTMs在蛋白质活性、稳定性、定位和相互作用中发挥关键作用，对信号转导、代谢和环境响应至关重要。错义变异通过影响PTM位点或其邻近区域，可能破坏原有修饰或引入新的修饰，从而导致疾病。 讨论 错义变异通过改变PTM进而影响蛋白质功能，是疾病发生的重要途径。现有预测方法受限于单一修饰类型和数据不足，无法实现全面评估。 DeepMVP结合高质量的PTMAtlas数据库和先进的深度学习设计，实现了跨六类修饰的高精度预测，不仅在蛋白质组范围内扩展了PTM位点覆盖，也可靠地识别了变异导致的修饰改变。 未来，随着更多实验数据的积累，DeepMVP有望进一步提升性能，并推广至更广泛的蛋白质修饰研究与临床应用。
33810编辑于 2026-01-08- 来自专栏DrugOne
. | 用于提升翻译效率与治疗效能的 mRNA 密码子序列深度生成优化
在体外实验中，优化序列的蛋白表达量远超以往方法；在小鼠实验中，优化后的流感血凝素（HA）mRNA 可诱导 10 倍更强的中和抗体反应，而神经生长因子（NGF）mRNA 则在剂量降低五分之一的情况下仍实现同等神经保护效果 mRNA 疗法通过体内翻译机制实现目标蛋白表达，已在疫苗与蛋白替代治疗中展现出巨大潜力。然而，mRNA 的生物不稳定性与复杂的翻译调控机制常导致蛋白表达水平不足。 研究人员据此开发了 RiboDecode，该模型整合了翻译预测网络、最低自由能（MFE）预测模块与基于梯度上升的生成优化器，实现对不同 mRNA 形式（包括未修饰、m¹Ψ 修饰及环状 mRNA）的通用优化 相较传统 CAI 指标，模型预测结果与实验蛋白水平的相关性更高（r=0.71）。在 m¹Ψ 修饰和环状 mRNA 形式中，优化序列依然保持高水平表达（最高提升 4.6 倍），证明其跨结构通用性。 ——通过提升翻译效率，实现药效增强与剂量降低，为疫苗与蛋白替代疗法提供新的设计思路。
39210编辑于 2025-11-17
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