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PhosphoSitePlus | 蛋白翻译后修饰综合性预测数据库
之前在 [[翻译后修饰]] 基本内容介绍当中提到了翻译后修饰的几个形式。 当中提供了蛋白磷酸化，乙酰化等翻译后修饰的内容。 PhosphoSitePlus 最后总共包括了 57664 个蛋白的 599017 个翻译后修饰位点。其中包括了包括磷酸化、乙酰化等多个翻译后修饰种类。 检索 PhosphoSitePlus 在检索当中提供了 1）基于蛋白或者序列检索；2）基于蛋白位点检索以及 3）比较位点检索。 比如我们要查看TP53相关的翻译后修饰的话。 图中可以看到关于 P53 的蛋白的线性结构，在线性结构上，线性结构上一个点代表一种类型的翻译后修饰信息。同时如果点越高代表这个修饰参考文献个数。 再往下可以看到关于 P53 蛋白的具体基本信息。
17.5K11编辑于 2022-04-01 - 来自专栏医学数据库百科
翻译后修饰类型介绍
之前在 [[翻译过程介绍]]。其中在一个 mRNA 翻译成一个蛋白之后，会进行翻译后修饰。在上面的视频当中对于翻译后修饰的介绍内容挺少。所以这次就找了另外一个视频来了解一下翻译后修饰的具体类型。 简单的理解翻译后修饰就是在翻译好的氨基酸序列上添加一些不同的化学基团，以此来调控蛋白的功能。 如果有兴趣的话，可以了解一下下面这个视频。 具体时间轴： 00: 07 翻译后修饰前言 01: 18 蛋白修饰的类型 02 :12: 翻译后修饰的作用 02: 12 氨基末端修饰 03: 00 蛋白活性的修饰 04: 18 翻译后修饰的种类 04 : 18 翻译后修饰概述 05: 26 具体翻译后修饰类型介绍 http://mpvideo.qpic.cn/0bc3s4abkaaavmafysa7jjrfbf6dcwlqafia.f10002.mp4
48040编辑于 2022-04-01 - 来自专栏生物信息云
CysModDB：半胱氨酸翻译后修饰分析平台
1.背景知识 半胱氨酸（Cys）上的硫醇基团可以经历多种翻译后修饰（PTM）， 作为分子开关维持氧化还原稳态并调节一系列生物 活性，包括改变酶促反应、蛋白质-蛋白质相互作用和蛋白质 稳定性。 修饰类型根据其特性可分为三类：氧化翻译后修饰（PTM）[1]，脂质PTM [2，3]和代谢物PTM [4]。氧化PTM是指半胱氨酸被活性氧、活性氮、活性硫或谷胱甘肽（GSH）氧化[1]。 代谢物PTM涵盖了由反应性代谢物[6]引起的一系列非酶修饰，例如s-斜锥化，s-琥珀酸和S-羰基化。半胱氨酸残基起多种功能作用，如金属结合、酶活化和结构稳定，半胱氨酸修饰可调节蛋白质结构和功能[7]。 第三，很少提供可视化浏览器来显示蛋白质序列上的CysPTM位点，或者它们不能用于估计修饰位点对蛋白质功能的潜在影响。 浏览器使用图表来表示具有不同CysPTM类型的修饰位点在蛋白质序列上的分布，CysPTM共现以及这些位点与蛋白质结构和功能区域的映射，这有助于探索修饰位点之间的串扰以及这些位点对蛋白质功能的潜在影响。
2.3K30编辑于 2022-11-24 - 来自专栏生命科学
探索翻译后修饰(PTMs) 的新工具 | MedChemExpress
翻译后修饰 (PTMs) 是指蛋白质在翻译后的化学修饰过程，比较常见的有磷酸化、乙酰化、甲基化等等类型，大部分蛋白质只有经过了该过程才可以发挥其生理功能。 2016年，Yang等人通过将光交联剂（二氮嗪）并入天然赖氨酸的侧链，合成了一种名为Photo-lysine的新型光反应性赖氨酸，它可以标记结合赖氨酸翻译后修饰的蛋白质。 该新分子经紫外线照射可诱导蛋白质分子之间的强烈交联，以此固定细胞中的蛋白质-蛋白质相互作用。 作为哺乳动物的必需氨基酸之一，赖氨酸参与合成了绝大部分重要生理活动所需的蛋白质（如酶、激素、信号受体等）选取赖氨酸作为标记物，有助于跟踪这些蛋白质是如何进行翻译后修饰的，从而进一步了解蛋白质的构象及作用方式 >>>>相关产品Photo-lysine一种新的基于赖氨酸光反应性的氨基酸，它捕获结合赖氨酸翻译后修饰的蛋白质。
59520编辑于 2023-01-12 - 来自专栏生信菜鸟团
Peaks 根据组蛋白修饰模式进行分类
这里涉及一个基本知识点： 组蛋白修饰是染色质结构和基因表达调控的重要机制之一。不同的组蛋白修饰在基因组的不同区域具有特定的功能和作用。 以下是一些常见的组蛋白修饰及其功能： H3K4me1（组蛋白 H3 第 4 位赖氨酸单甲基化）： 功能：通常与增强子区域相关联，是活性增强子标志之一。 这些组蛋白修饰通过改变染色质结构、影响转录因子和聚合酶的招募，来调控基因表达。它们在细胞分化、发育、疾病发生等过程中发挥关键作用。不同的修饰组合和定位形成了复杂的染色质状态，精细调控基因组功能。 因此我们在相同的实验条件下，转录因子结合区域有这些修饰，就代表着这些区域是什么功能，除了传统意义上根据参考基因组来分类，根据这些组蛋白修饰位点进行分类不失是一种合理的方式。 我们简单的复刻这张图。 得到每个组蛋白修饰的bed 文件。
41100编辑于 2025-03-27 - 来自专栏生信菜鸟团
图解表观遗传学 | 组蛋白修饰
什么是组蛋白修饰 1 组蛋白结构 在了解组蛋白修饰前，先复习一下幼儿园学过的组蛋白结构。 我们都知道在细胞核中的染色体是高度压缩的，而折叠时DNA缠绕的就是组蛋白。 ? 我们今天的主角，组蛋白修饰就是在这个尾巴上进行的。 2 组蛋白修饰的描述规则 组蛋白修饰是一种以共价方式进行的蛋白质翻译后修饰（PTM），包括：甲基化（M），磷酸化（P），乙酰化（A）等等。 由于组蛋白修饰的类型众多，所以我们需要在称呼组蛋白修饰时，有一个规则： 组蛋白结构 + 氨基酸名称 + 氨基酸位置 + 修饰类型 在实际的应用中，我们一般这样写： H3K4me3：代表H3组蛋白的第4位赖氨酸的三甲基化 这些修饰都会影响基因的转录活性。而组蛋白H3是修饰最多的组蛋白。下面我们来详细看看： 3 组蛋白修饰类型 ? 组蛋白甲基化 甲基化取决于其位置和状态，与抑制或激活有关。 4 怎么检测组蛋白修饰 一般我们使用 ChIPseq 来对样本测序，以此来拿到全基因组上的组蛋白修饰图谱。
2.1K20发布于 2021-01-05 - 来自专栏生信菜鸟团
初探转录因子与组蛋白修饰互作（1）
ChIP-seq鉴定ZBED6的结合位点与组蛋白修饰的富集 通过ChIP-seq 实验鉴定了 ZBED6的 结合位点，并与过滤后的DEGs列表进行比较，结果发现大多数DEGs未被鉴定为ZBED6的直接靶点 因此，作者继续通过ChIP-seq探究干扰ZBED6对组蛋白修饰的影响。 这些结果暗示了组蛋白修饰与转录因子ZBED6之间可能存在着高度相关。 图2. C2C12成肌细胞中与ZBED6结合位点相关的组蛋白修饰。 3. 在ZBED6沉默后，组蛋白修饰在编码肌肉蛋白的基因上差异富集 为了研究Zbed6沉默是否会导致组蛋白标记的变化，作者对沉默ZBED6和对照细胞进行了组蛋白标记H3K4me3、H3K36me3、H3K4me2 上述这篇文章，不仅看了组蛋白修饰在转录因子结合位点上是否存在富集，也检测了干扰转录因子后各组蛋白修饰在差异表达基因上的富集情况，将转录因子、组蛋白修饰和靶基因筛选进行了整合分析，具有一定的参考价值。
1K10编辑于 2024-03-06 - 来自专栏Puppeteer学习
MongoDB学习（翻译6）
BsonClassMap.RegisterClassMap<MyClass>(cm => { cm.MapProperty(c => c.SomeProperty); }); 注意： 当只读属性被序列化后，
39410编辑于 2022-05-09 - 来自专栏Devops专栏
6. Vue v-on 事件修饰符
前言 上一章节，讲解了v-on监听事件的基本用法，那么本章节来介绍一下事件修饰符，主要用来解决「阻止冒泡」、「阻止默认事件」等等情况。 事件修饰符： .stop 阻止冒泡 .prevent 阻止默认事件 .capture 添加事件侦听器时使用事件捕获模式 .self 只当事件在该元素本身（比如不是子元素 ）触发时触发回调 .once 事件只触发一次 事件修饰符的串联使用，例如：@click.prevent.once，只会执行一次阻止默认行为，第二次则不会阻止。 另外，两个事件修饰符的先后效果一致。 下面对于每个修饰符编写逐个示例。 另外，两个事件修饰符的先后效果一致。 在浏览器点击a标签，查看触发事件，如下：
95430编辑于 2022-01-17 - 来自专栏用户7627119的专栏
NAR | 上交医学院余健秀课题组发表m6A最新研究成果
该研究揭示SUMO化修饰是m6A修饰阅读蛋白YTHDF2功能调控的一个新分子机制，并阐明了其在肿瘤发生中的重要作用。 该修饰发生过程由一系列蛋白复合物参与，研究人员将这些蛋白定义为Writer、Eraser和Reader，分别对应m6A修饰RNA的甲基转移催化酶、去甲基化酶和阅读蛋白。 YTHDF2作为RNA上m6A修饰的一个重要阅读蛋白，其含有的YTH结构域，可以特异性地识别结合m6A修饰的RNA，并介导后者降解。 m6A修饰普遍存在于各种RNA中，尤其在哺乳动物细胞中mRNA和lncRNA上最为丰富。m6A修饰在RNA代谢各方面包括稳定性、定位、剪接和翻译等均起关键的调节作用，进而参与细胞各种生命活动进程。 该研究立足于YTHDF2的蛋白质翻译后修饰，充分证实YTHDF2能够发生SUMO化修饰并影响其功能，揭示了蛋白质翻译后修饰与RNA化学修饰之间的紧密关联的动态调控网䋞。
54310编辑于 2022-09-21 - 来自专栏用户7627119的专栏
RNA m6A修饰发文套路大揭秘
作为近年来CNS期刊的热点和国自然的热门，RNA的表观遗传学研究受到很高的重视，其中最具代表的是N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine，m6A)，即发生在RNA分子腺嘌呤第6位氮原子上发生甲基化修饰 图1.m6A文献发表数(Pubmed数据库) 研究发现，作为基因转录及转录后调控的重要作用方式，m6A修饰参与调节生物体中多种生物学过程，与多种疾病发生、发育具有显著相关。 m6A在细胞加速mRNA代谢和翻译，以及在细胞分化、胚胎发育和压力应答等过程中起重要作用。m6A除了分布在mRNA中，也出现在很多非编码RNA中，如：环状RNA、LncRNA等。 图3.m6A与肿瘤相关国自然课题学科分类(科学网数据库) RNA 甲基化m6A修饰作为2019年国自然申请中的黑马，2019年m6A RNA甲基化项目共计179项，总金额1.1亿元左右，单项目最高获批金额有 为了方便大家在RNA m6A修饰领域的研究，这里小编特地为大家整理了RNA m6A修饰研究发文套路大揭秘！接下来让我们一起来康康，有了这个宝典，就不愁怎么做RNA m6A研究啦。 ? ? ? ? ?
1.5K10发布于 2020-08-06 - 来自专栏用户7627119的专栏
m6A RNA甲基化修饰特征
前面给大家简单的介绍过RNA甲基化以及RNA m6A修饰发文套路大揭秘，今天我们就来看看，m6A RNA甲基化修饰有哪些典型的特征。 01 m6A的peak在基因的 3’UTR附近有明显富集。 ? 02 实验IP的信号值在翻译终止位点附近要高于input。 ? 03 motif分析结果中，m6A的motif GGAC或者GGACU的排名一般比较靠前。 ? Understanding m6A FunctionThrough Uncovering the Diversity Roles of YTH Domain-Containing Proteins[J]
1.1K30发布于 2020-08-05 - 来自专栏DrugOne
DeepSearch能零样本分析翻译后修饰
DeepSearch还能以零样本方式分析可变翻译后修饰。作者表明，DeepSearch的评分方案表现出较少的偏差，不需要任何统计估计。 然而，大多数现有的从头测序方法在蛋白质组成差异很大的数据集上表现出明显的性能下降。这些方法也缺乏肽段级别的准确性，无法识别可变翻译后修饰（PTM），而这些修饰在蛋白质功能和结构分析中至关重要。 零样本可变PTM分析 图 6 基于深度学习的肽段鉴定方法在识别可变PTM时常遇到困难，因为需要显著扩展token空间来编码这些修饰。一些之前的方法仅编码甲硫氨酸氧化，这是最常见的PTM之一。 图6a显示了DeepSearch根据肽段修饰数量报告的分数分布。作者观察到，随着修饰数量的增加，高置信度鉴定的分数倾向于降低，而诱饵和低置信度鉴定的分数分布保持不变。 与使用统计估计的MSFragger和MS-GF+相比，DeepSearch报告的带修饰PSM较少，这突显了PTM相关概率评估的必要性（图6b）。
75410编辑于 2025-02-03 做科研，蛋白磷酸化修饰是研究的重点之一
蛋白修饰是蛋白质功能调控的重要机制，对于生物学研究和药物开发具有重要意义。 以下是一些与蛋白修饰相关的数据库资源：以下是21个与蛋白修饰相关的数据库的详细介绍：灯塔索引（dotaindex）类型：磷酸化、泛素化和乙酰化等蛋白修饰的综合性数据库。 dbPTM类型：全面的蛋白质修饰数据库。特点：收录了多种蛋白质修饰类型，包括磷酸化、糖基化、泛素化等，并提供修饰位点的详细信息。UniProt类型：蛋白质序列和功能数据库。 特点：提供蛋白质修饰残基的详细化学结构和相关的生物学信息。MODbase类型：蛋白质修饰位点数据库。特点：专注于蛋白质修饰位点的收集和分类，包括实验验证的数据。 特点：整合了多种蛋白质修饰类型的数据，提供全面的PTM信息。MIMP类型：人类蛋白质甲基化修饰数据库。特点：专注于人类蛋白质的甲基化修饰，提供位点信息和生物学功能。
49510编辑于 2024-12-15- 来自专栏cwl_Java
快速学习ES6新特性-修饰器(Decorator)
1.11、修饰器(Decorator) 修饰器(Decorator)是一个函数， 用来修改类的行为。 ES2017 引入了这项功能， 目前 Babel 转码器己经支持。 使用： ? 原因是，在ES6中，并没有支持该用法，在ES2017中才有，所以我们不能直接运行了，需要进行编码后再运行。转码的意思是：将ES6或ES2017转为ES5执行。类似这样： ?
59210发布于 2020-02-14 - 来自专栏作图丫
6分+的m6A修饰+ceRNA分析，用在线工具就能完成！
为了验证数据分析的准确性，作者还使用qRT-PCR和IHC检测了ESCA细胞中GLUT1 mRNA和蛋白的表达。 IHC结果显示，肿瘤组织中GLUT1蛋白水平明显高于癌旁正常组织(图1G、H)。这些结果表明，GLUT1对ESCA的进展有潜在的致癌作用。 图3 04 GLUT1的表达与ESCA中m6A调控因子相关 m6A修饰在ESCA的发生发展中起重要作用。 分析不同GLUT1表达组之间20个m6A相关基因的表达差异，以确定ESCA中高GLUT1高表达水平和低GLUT1表达水平之间的m6A修饰是否存在差异(图4C)。 以上结果表明，GLUT1与ESCA中m6a的修饰密切相关。
1K20编辑于 2022-04-28 - 来自专栏DrugOne
. | 戴上启动帽，MIT王潇团队提出LEGO增强翻译能力
2′-O-甲基（2′OMe）和N6-甲基腺苷（m6A）修饰影响eIFs的结合及mRNA的稳定性。 作者将帽子、5′UTR和3′poly(A)尾部的化学修饰和拓扑结构集成到一个mRNA转录本中，并发现最佳组合（双LNAm7G帽子，LNA + 5×OMe_6×PS/2MOE_ddC）使得蛋白质表达在8到 图 3 令人满意的是，与单m7G-rG寡核苷酸相比，优化后的5′修饰显著富集了参与eIF4–eIF3依赖翻译起始途径的主要蛋白质，包括eIF4E1（富集15.2倍）、eIF4G1（42.1倍）、eIF4G3 通过Ingenuity通路分析（IPA）对优化5′修饰组的富集蛋白质进行预测，表明eIF复合物通过5′RNA修饰的稳定结合总体上促进了翻译起始，支持了作者在实验中观察到的修饰RNA翻译效率的提高（图3c 与传统的m1Ψ修饰线性mRNA相比，QRNA的翻译在24小时达到峰值，而传统线性mRNA在6小时达到峰值。
41710编辑于 2024-11-23 - 来自专栏生命科学
MCE | 表观遗传：YTHDF蛋白调节 m6A-RNA
mRNA” 的研究，揭示了 YTHDF 蛋白调节 m6A 修饰的 mRNA 的功能统一模型。 与“不同的 m6A 位点结合不同的 DF 蛋白”的主流观点不同，该研究人员发现，所有 m6A 位点与三个 DF 蛋白都以基本相似的方式结合，它们以冗余的作用方式诱导同一子集的 mRNA 降解，没有证据表明它们能直接促进翻译 m6A 是真核 mRNA 最普遍的内部修饰，在功能上调节真核转录组，影响 mRNA 的剪接、输出、定位、翻译和稳定性。 再对 DF 进行不同组合的双重敲降和三重敲降，并利用 Actinomycin D 抑制转录后 m6A-mRNA 的水平证明了：DF 蛋白的联合活性导致 m6A 修饰的 mRNA 降解，DF 旁系同源物在功能上可以互相补偿 ，其中仅 DF2 的敲降使其略微升高，在三重敲降后却显著上调。
54220编辑于 2023-03-15 乙酰化修饰在肿瘤相关巨噬细胞极化调控中的新机制
转录因子信号转导与转录激活因子6（STAT6）是介导IL-4/IL-13信号、驱动巨噬细胞M2极化的核心分子。然而，对其活性的精细转录后调控，特别是翻译后修饰如何影响其功能，仍需进一步阐明。 二、STAT6His&StrepTag蛋白在研究中的工具价值为深入探究STAT6蛋白的修饰与功能，获得高纯度、便于多维度操作的重组蛋白是关键。 3.体外修饰与活性研究：纯化的STAT6His&StrepTag蛋白可直接用于体外激酶/乙酰转移酶反应，研究其特定位点（如本研究中涉及的K383位点）的磷酸化、乙酰化等修饰过程，并检测这些修饰对其DNA 三、核心发现：TRIM24介导的STAT6乙酰化抑制M2极化该研究揭示了调控STAT6活性和巨噬细胞M2极化的一条精密的翻译后修饰通路。 1.发现STAT6乙酰化修饰：研究首次发现，在巨噬细胞M2极化过程中，关键转录因子STAT6在K383位点会发生由CREB结合蛋白介导的乙酰化修饰。
19510编辑于 2026-01-30- 来自专栏Web技术布道师
推荐6-Go maps in action 翻译
hash table 可能是计算机科学领域最重要的一种数据结构，不同的实现方式会有不同的特性，但通常来说都会提供快速查找、增加和删除的操作。Go 内置了一个名为 map 的 hash table 。
96320发布于 2019-09-06
腾讯云开发者
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