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我正在尝试用生物科学文本进行序列到序列的翻译，里面有很多专有名词，变成了一种结构化的生物学语言。我可以很容易地用它们的实体类型来标记术语(蛋白质、化合物等)。我想知道是否有一种方法可以用它们的实体类型替换名词(以一种方式让我在翻译后匹配并添加它们)，或者以一种可以增强翻译过程的方式对它们进行注释。例如，将“辛伐他汀诱导的细胞凋亡伴随着小窝蛋白-1表达的特异性诱导”转换为“辛伐他汀增加小窝蛋白-1的rna表达”-辛伐他汀==化合物，小窝蛋白-1 == R
浏览 0提问于2019-08-27得票数 1
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当将DNA翻译成蛋白质时，核糖体读取DNA核苷酸3×3的序列。每组3个核苷酸被称为密码子，每个密码子编码一个氨基酸，存在一些冗余。这意味着任何编码蛋白质的DNA序列都是从ATG开始的，ATG将被翻译机器识别。因此，可能发生的最危险的突变之一是会导致蛋白质翻译的早期终止。ATGGCCTTCATATCGGCG
浏览 0修改于2020-06-17得票数 31
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我有序列翻译器，和一个可以读取dna和蛋白质序列的python代码。代码读取dna序列并将其翻译为蛋白质序列，读取蛋白质序列，将其与翻译的蛋白质序列进行比较，并打印出存在于读取的蛋白质序列中的蛋白质序列的列表。我如何打印它们中都存在的蛋白质的列表？ACCCCTGTGACATACCTTTATGTTGCCTCGGCGGATCAGCCCGCGCCCC"
print
浏览 2修改于2019-03-25得票数 0
我有一个包含肽(氨基酸)序列的数据帧，其中包含额外的化学修饰信息。这些发生在M或C位置。我希望能够将这些字符串与原始文件进行匹配，该文件包含使用光谱匹配算法匹配的所有蛋白质序列，并输出该蛋白质的氨基酸和位置。表示的序列前后的氨基酸，而修饰包含在括号[478.99]中，修饰可以包含不同的数字。理想情况下，我希望输出包含一个肽列表列，该列显示氨基酸的一个字母代码，后跟蛋白质中的数字位置：C32哪些包/函数可以让我做到这一点？我可以尝试按原样匹
浏览 14提问于2018-09-08得票数 0
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我有两个数据框架，一个(df_protein)包含来自携带修改的蛋白质片段的实验测量数据，在另一个(df_modificaton)中，我有一个所有修改后的“名称”数据库。两者都有一个带有修饰序列的列(被修饰的氨基酸有星号)。但是在df_protein中，整个片段的序列(!)存储(开始和结束为"")，而在df_modification中，只有在修饰前后的7个氨基酸被给予(如果它是在蛋白质的开始或结束时，其余的地方被标记为"")
为了更好地说明这一点，
浏览 1提问于2021-01-21得票数 1
char aminoAcid3, char aminoAcid5给定一个由5个氨基酸符号组成的蛋白质片段作为输入，在屏幕上打印出翻译成该蛋白质片段的所有不同的密码子序列(每行一个序列)。这里有一个例子:蛋白质片段MWQWH可以由这四个密码子序列翻译，因此对于输入：‘M’，‘W’，‘Q’，‘W’，‘H’(或‘m’，‘W’，‘Q’，‘W’，‘H’)，函数应该打印以下内容：
ATGTGGCAATGGCAT在这个项目中，<
浏览 2修改于2017-11-22得票数 3
具体来说，我需要代表一些关于蛋白质的信息，我需要包含的信息是与它们的功能相关的术语。例如，这些值包含在相同的属性“Function”上：而这些术语的多样化程度也很大。
浏览 2提问于2013-05-20得票数 2
我想通过bioservices从Uniprot检索翻译后修改(PTM)数据，我使用以下脚本：我想要的是“修饰残基(2)”的细节，即这些修饰是什么类型的，位置是什么，(可选的)参考。
浏览 5修改于2020-06-27得票数 1
RNA可以被分解成三个核苷酸序列，称为密码子，然后翻译成一个类似于这样的多肽: RNA："AUGUUUUCU" =>翻译成密码子："AUG", "UUU", "UCU" =>，它是一个具有以下序列=>蛋白的多肽也有三个终止密码子(也称为“停止”密码子)；如果遇到这些密码子中的任何一个(由核糖体)，所有翻译结束和蛋白质终止。之后的所有密码子都被忽略了，例如: RNA："AUGUUUUCUUAAAUG&
浏览 0修改于2020-05-20得票数 1
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问题是这些序列可能是蛋白质，也可能是dna。我正在将大的fasta文件分成许多小的fasta文件，一旦我有了序列，我需要它们都是蛋白质。所以我想测试每一个，看看它是否是蛋白质。如果它们都是蛋白质，我很好，如果它们都是dna，我有一个优雅的方法来翻译它们，但我需要找到一种方法来测试每个新的fasta文件，翻译它，并让翻译取代dna文件from Bio
浏览 2修改于2012-11-01得票数 0
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我在一个将dna链翻译成蛋白质的网站上工作。事情是这样的，dna链必须能被3整除，所以如果用户输入一个不能被3整除的值，就会引发算术错误。基本上，我想要的是错误出现在翻译后的按钮下面。比如一个字符串或者写着"DNA链必须被3整除“的东西。
我怎么能做到这一点。
这是模板的html代码，以防您需要进行更改。
浏览 3修改于2020-11-30得票数 1
我正在做一个叫做“蛋白质翻译”的练习。你可以在这里看到的说明。我创建了一个数组(codonArr)，它接受一个rna序列并将值拆分为3个字符(使用for循环)。即(AUGUCC)将是"AUG"，"UCC“
我创建了第二个数组(proteinArr)来存储匹配的密码子，并将它们转换为它们的蛋白质名称(使用for循环遍历codonArr，然后使用if else将密码子与蛋白质进行匹配
浏览 3提问于2020-04-17得票数 1
我需要用biopython翻译对齐的DNA序列。有没有办法把'tt-‘翻译成X，这样整个翻译后的序列就是'XKM’了？ 这将在翻译比对序列时非常有用。tt-aaaatg") C Seq("tt-aaaatg") 如果'tt-‘可以翻译为t, g) (F, K, M)
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浏览 70修改于2019-05-09得票数 0
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我目前正在开发一个从rna到蛋白质的翻译器。为此，我创建了一个做两件事的类。 首先，你输入一条dna链，它会被翻译成rna (这部分工作得很好) 其次，你将rna链翻译成蛋白质(这部分不起作用)。self.template_name, {'translation': self.translate(phrase), 'protein': self.translate_amino(protein)}) 如果有人需要蛋白质应该被翻译的模
浏览 15提问于2020-11-28得票数 0
我有一个数据集，其中包含血液百分比(血红蛋白水平)，我感兴趣的是计算一个回顾(即。(无中心)每次病人血红蛋白水平低于7时重新启动的移动平均线。Pt_id代表病人id，hemoglobin_level代表给定的血红蛋白，anemia_start是指示给定患者血红蛋白第一次低于7的列。当anemia_start = 1)时。更多信息：
我的教授用一堆if语句在SAS中做了这件事，但是我很难把它翻译成R。为了理解预期的输出，这是我的教授的输出(用SAS制造)的图片，我想在R中复制，我很难复制的一列是hb_gen
浏览 1修改于2022-08-26得票数 0
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我在使用QTranslator加载翻译文件时遇到了问题，因为其中包含一个区域设置修饰符。translator.load('/usr/share/my_application/tr/qt_%s.qm' % locale[0])除了包含修饰符的代码在这种情况下，不管名称是什么，它都不会加载翻译文件。
我似乎不知道如何命名翻译文件，或者需要实现什么新代码才能使代码正常工作。
浏览 4修改于2016-10-25得票数 2
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假设我有一个用于翻译文本的简单接口(C#中的示例代码)：{为了改进这一点，我想添加以下行为：
一收到对一种语言的请求，就从这种语言中获取所有的翻译并缓存它们。所有翻译请求都从缓存中处理。我考虑将这个新行为作为装饰器来实现，因为由装饰者实现的接口的所有其他方法都将简单地委托给修饰的实例。但是，GetTransl
浏览 0提问于2013-06-25得票数 1
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我目前正在开发我的第一个网站，这是一个dna翻译器，你可以将你的dna翻译成某种蛋白质。onclick="window.history.back()" ></button>
</div>
{% endblock content%} 如果我输入一个像atc这样的链，蛋白质就不会出现，因为翻译蛋白质中的for循环可能是错误的。如你所见，rna密码子出现了，但蛋白质没有。 如果有人知道
浏览 33提问于2020-11-28得票数 1
，而内置的ApplicationCommands键修饰符被翻译成德语(显示为“Strg+.”)。我如何本地化自己的命令(最好不用硬编码已翻译的修饰符)？
浏览 0修改于2018-02-19得票数 0
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