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生信技巧第5课-生信人必须安装的软件
长期更新列表： 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全，含视频 不知不觉就第5讲了，本次视频没有干货，只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的，没啥事就不用看了，反正你需要安装一些软件就可以了。 生信软件安装及使用 (官网，例子，conda) 多版本软件发布：NCBI的 blast以及sratoolkit 等等 二进制软件(预编译版本)：下载即可使用 C源码软件：官网，readme，安装，解决配置文件及报错 系统软件中心：ubuntu的用apt-get，centos的用yum，macOS的App Store或者brew 成熟的软件管理中心：conda 保证一个纯粹的新手，生物学的本科生，经过3个小时的折腾 ，达到熟悉linux的命令行界面，学到软件的安装及管理的方法。
2K30发布于 2018-07-27 Day3 linux安装生信软件
show\_channel\_urls yes # 6.使用conda(下面有超级多Name)，如下 (base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda list # 7.安装软件 conda install fastqc -y并输入fastqc --help检查是否安装成功，如下（出现大批文字表示成功，因为只有安装成功才会给help） (base) bio02@ecm-cefa 三.附上简易思维导图 全部知识来自生信星球学习小组
53510编辑于 2024-03-06生信星球——生信入门DAY3：Linux环境下安装软件
linux环境下的软件安装今天这部分比较痛苦……因为我用的是自己的MacBook的terminal，第一个指令wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda /miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh提示无法识别指令，这时候我才意识到mac自带的linux比较精简，啥软件都没有，搜了一圈，最后选择用homebrew 基础工作完成了，开始下载wget：brew install wget下好了之后，去清华的conda镜像网站下载miniconda，一开始下错了，下成Linux版了，死活安装不了……最后发现应该选mac版 fastqc -y（-y）很关键最后加一个conda环境：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y搞一个python版本是3的conda环境来安装
40210编辑于 2024-01-19- 来自专栏简说基因
生信软件，就是赢家通吃：最佳生信比对软件
在生物信息学中，比对软件是解析和处理生物序列数据的核心工具。它们广泛应用于基因组学、转录组学以及蛋白质组学研究中。 今天，我将带大家了解几款常用的比对软件，分析它们的功能特点、优缺点，以及它们在不同研究场景中的适用性。 BWA 功能特点 BWA 是一种高效的短序列比对工具，主要用于基因组比对和变异检测。
86710编辑于 2024-12-23 - 来自专栏凰年的生信学习记录
生信学习day3：linux安装软件
找到最新linux的下载版本，复制最新的下载版本的下载链接 下载 wget 链接 图片 激活miniconda source~/.bashrc 图片 配置镜像网站，提高下载速度 图片 查看服务器已安装的软件 conda list 图片 安装软件 conda install 软件名 # 安装软件 图片 通过软件的帮助文档确实是否安装成功 图片 卸载软件 conda remove fastqc -y conda 环境创建 不同的分析需要的软件/软件版本不同，即环境不同，则需要不同的conda environment 查看当前conda的环境 conda info --envs 图片 创建新的conda环境 conda create -n 环境名 软件版本 软件 -y 图片 查看并激活 图片 退出环境 图片 图片
24940编辑于 2023-06-28 - 来自专栏生信入门笔记
Day3生信入门——linux如何安装软件
激活conda source ~/.bashrc 命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了 conda list检查已安装软件5. 软件安装1）conda install 软件名称(ex.cutadapt)2）软件更新 ： conda update 软件名3）若不确定软件名称，可以先使用搜索： conda search fastqc4 ）安装特定版本软件： ex. conda install bwa=0.7.125）软件卸载： conda remove 软件名conda卸载A ：首先 rm -rf ~/miniconda3B: 环境变量中去掉 conda list安装软件 conda install fastqc -y 3.确认fastqc软件是否安装成功输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。 因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。
74000编辑于 2023-10-04 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
生信软件安装神器conda安装和虚拟环境初试
被阉割的软件包，后期有需求可以重新在装上。 Conda安装 安装其实很简单，去conda主页，下载自己系统对应的installer ，follow instruction就可以了。 Conda安装软件 Day 1提到如果想装 samtools Conda install samtools 就可以了，不光是生信类，R 语言python语言软件包，都可以 。 Conda install bedtools # 生信软件 Conda install hisat2 # RNA seq 比对软件 Conda install pandas # python packages Conda install r-data.table # R packages 所以说conda是几乎一行代码搞定常用8000个左右的生信软件和R 语言呢和Python语言的包安装，免去大家从头下载编译的烦恼 Day 2 # 100天生信/数据科学自我挑战# -- Conda 入门到精通之初识Conda 如果你还不熟悉 <<100天生信/数据科学自我挑战>> 不管你是想入门生信/数据科学的初学者，还是想进阶生信
1.1K40发布于 2021-10-13 - 来自专栏生物信息学
生信软件管理指南-轻松解决软件安装困扰
生信软件管理指南——轻松解决软件安装困扰 原文作者：Mario F. 别担心，本文带你了解如何用最简单的方式管理生信工具，让软件安装变得井然有序。 为什么生信软件安装总是如此混乱？ 原因在于生物信息学领域的依赖关系极其复杂。 Conda：得心应手的工具库 对于生信新手来说，Conda 是入门的绝佳选择。 Conda 不仅是一个强大的包管理器，同时也是环境管理器。 详情请见:生信软件管理攻略：从 Mamba 到 Docker，告别依赖地狱 之后，使用方式与 Conda 相同： mamba create -n variantcall bcftools=1.17 samtools 详情请见：生信软件管理攻略：从 Mamba 到 Docker，告别依赖地狱 怎么选用？ Conda 包管理小贴士 切勿在 base 环境中安装所有软件。 每个项目建议使用独立的命名环境。
60810编辑于 2025-09-04 - 来自专栏生信菜鸟团
生信分析中linux的使用1-软件安装
生信分析中linux主要用于上游原始数据的分析。 这里我们使用的连接服务器&传输数据软件是Termius。 Termius是一个跨平台的，同时支持SSH功能和SFTP功能的软件。 Linux简介 1.发行版本 一个典型的 Linux 桌面发行版包括一个 Linux 内核，来自GNU的工具和库，和附加的软件、文档，还有一个窗口系统，窗口管理器和一个桌面环境。 大部分包括的软件是自由软件/开源软件，它们同时以二进制可执行文件和源代码形式发布，只要用户愿意，还允许修改和重新编译源代码。还有一些可能是专有软件而不提供源代码。 2.服务器 服务器本质上就是一台远程的电脑，大多数服务器安装的系统是 Linux系统。
43910编辑于 2024-07-10 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Blast (序列比对)
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1.3K20发布于 2021-01-13 - 来自专栏生信宝典
生信软件系列 - NCBI使用
做生物研究的对NCBI都不陌生，网站资源、软件丰富，也在不停地迭代更新，越来越容易使用。本文是较早时用于内部培训的资料，最近翻出来看下，还是有一些有意思的点在里面，故分享出来，供大家评阅。 公众号傻瓜系列也有类似的介绍文章 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列 ? NCBI Gene页可以做为整体了解一个基因的功能、表达、已有研究的初始页面。 更多基因组浏览器的介绍见 本地安装UCSC基因组浏览器 测序数据可视化 （二）- IGV 测序数据可视化 （四）- Epigenomebrowser ?
1.8K50发布于 2019-05-09 - 来自专栏我的生信入门
生信入门DAY3分野-Linux安装软件
认识Bioconda conda是软件下载器，相当于App store 日常使用mini conda即可miniconda的下载 miniconda的下载 进入清华镜像网站，选择与服务器匹配的版本，复制链接后在服务器内粘贴运行 安装失败，不需要再次下载安装包，从这里开始重新安装即可 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh该指令回车运行 很多版权信息，按回车 （切记！ ~/.bashrc命令激活miniconda 运行命令后出现满屏信息，说明成功 添加镜像网站 conda的使用 查看服务器上所有软件列表 conda list 安装列表软件 conda install fastqc -y 确认软件是否安装成功 软件名 --help 如果出现一大堆文字，即为成功 卸载软件 conda remove 软件名字 -y 查看conda有什么环境 conda info --envs fastqc\trimmomatic这两个软件。
49390编辑于 2023-09-21 - 来自专栏优雅R
「R|生信」安装 pRRophetic 包
我们先安装它的依赖包： BiocManager::install(c('sva', 'car', 'genefilter', 'preprocessCore', 'ridge')) 这里 BiocManager 包需要提前安装好，使用 install.packages("BiocManager") 即可。 action=download 有 500+MB，我把它存在坚果云了，可以使用 https://www.jianguoyun.com/p/DdY8HJAQ6uuVCBjljo4D （微信推文点击原文链接 安装好之后我们需要测试下包能不能正常使用，这里就跟着文档做个几步看看。 如果读者不会安装 R 包建议看下我在教程里写的有关 R 包安装的内容：https://shixiangwang.gitee.io/geek-r-tutorial/[3]。
7.2K40发布于 2020-07-03 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Sratools (操作SRA文件)
安装 2.1 Conda 安装 2.2 传统安装 3. 使用 3.1 下载SRA 3.2 抽取fastq文件 1. 安装 这里提供两种方法，选择一种安装即可，强烈建议使用Conda方式安装 2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件 ，重要的是可以解决软件的依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解 2.2 传统安装 下载 下载地址1：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi .2.9.6-1-centos_linux64/bin目录下 环境变量添加的详细方法：Linux 添加环境变量的五种方法 打开环境变量设置文件 sudo vim /etc/environment 添加软件
7.2K20发布于 2021-01-13 - 来自专栏生信小王子
Conda | 轻松安装生信工具
最近有很多朋友问我生信工具安装的问题，对于初学者来说，工具安装是一个非常头疼的问题。不同的工具用不同的语言编写，有的解压后直接就可以用，有的还要编译，涉及到各种依赖关系。 今天小编教大家如何使用conda安装生信工具。 ? Conda其实就是一个开源的软件包和环境管理系统，可以帮助我们解决软件安装过程中的各种问题。 在这个环境里，大家可以使用以下命令安装软件。 如，我想安装"hisat2"。 选择你要安装的软件。 ? 按照网页上的命令安装。 ? 有了conda，以后再也不用担心软件安装的问题啦！ config --set auto_activate_base true 参考资料： https://docs.anaconda.com/anaconda-cloud/user-guide/ conda管理生信软件一文就够
2.1K20发布于 2020-08-10 - 来自专栏生信菜鸟团
生信分析之conda安装
生信技能树学习笔记 Anaconda 的官网是 https://www.anaconda.com/ 官网上介绍anaconda是所有语言的包、依赖和环境管理器。 因为在数据分析过程中我们要使用很多种软件，软件安装中会遇到各种问题。 第四步——软件安装。 方法2：conda search xxx 方法3：关键词搜索 安装软件 注：软件都要安装在小环境中，不要安装在 base # 激活环境 conda activate rna # 安装 fastqc 软件 conda remove -n rna fastqc 不指定-n参数就得进入该环境之后才能进行删除操作，同样，-y能够跳过确认执行的步骤 Conda常用命令 补充 生信技能树学习笔记 前情提要：1.安装
1.1K10编辑于 2024-07-10 - 来自专栏生信学习小组（L）
生信学习小组Day 3-Linux环境下的软件安装
1.了解condaconda是一款方便快捷的软件下载器。作用就相当于App store，能搜到90%以上的软件，一键安装。而日常生信我们使用Miniconda即可。 ---微信公众号 生信星球2.下载miniconda百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（conda的镜像网站） 查看自身Linux位数（输入命令uname -a）安装最新版本复制下载链接地址wegt 链接地址即可下载 3.安装和配制miniconda命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh按“Enter”或“yes”跳过看到下图示意安装成功图片4.激活conda 图片4.使用miniconda（以fastqc为例）查看安装的所有软件列表（输入命令conda list）安装软件fastqc（输入命令conda install fastqc -y）用命令fastqc --help确认软件是否安装成功卸载软件（输入命令conda remove fastqc -y）
82120编辑于 2023-01-11 - 来自专栏Chris生命科学小站五年归档
“站长，有没有丝滑般感受的生信软件安装教程？”
安装软件 linux上很多软件安装的时候需要配置环境还要安装一堆依赖的软件什么的，对于负基础的人来说一下子就蒙了，不过站长有个好方法可以帮助大家解决一下燃眉之急~ Talk Less，Show Dry-Goods 安装miniconda miniconda相对于是R中的bioconductor，相对于ISO App Store，相当于应用商店。 你只要用一个命令，搭建环境和依赖软件什么的，这类对于负基础人群来说讨厌的操作，conda通通一次性解决如果你按照下面的教程已经获得了一台云服务器，那么按照如下操作进行。 上面那条运行之后那个提示不用管conda config --add channels conda-forgeconda config --add channels bioconda bioconda如何安装应用程序 只需要一个命令conda install xxxxxxxx就是你要安装的软件比如:star fastqc cutadapt R samtools bedtools 等等想知道还有那些软件请浏览下面的网址
49620编辑于 2023-03-02 - 来自专栏优雅R
「生信」通过 docker 安装 GISTIC 2.0
安装： docker pull shixiangwang/gistic 使用： sudo docker run -it gistic /bin/bash 安装好的 GISTIC 2 在 /opt/GISTIC 如果你在这方面有经验，同时想要增加该软件在 docker 中的使用，欢迎对 https://github.com/ShixiangWang/install_GISTIC 提交 pull requests
98620发布于 2020-07-03 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | needleall (多对多序列比对)
测试是否编译成功 EMBOSS软件包下的needleall软件 进入安装目录下的emboss文件夹，将测试输入文件复制到一个目录(这步随意，找到文件即可) 执行命令.
1.3K10发布于 2021-01-13
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