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生信技巧第5课-生信人必须安装的软件
长期更新列表： 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全，含视频 不知不觉就第5讲了，本次视频没有干货，只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的，没啥事就不用看了，反正你需要安装一些软件就可以了。 生信软件安装及使用 (官网，例子，conda) 多版本软件发布：NCBI的 blast以及sratoolkit 等等 二进制软件(预编译版本)：下载即可使用 C源码软件：官网，readme，安装，解决配置文件及报错 系统软件中心：ubuntu的用apt-get，centos的用yum，macOS的App Store或者brew 成熟的软件管理中心：conda 保证一个纯粹的新手，生物学的本科生，经过3个小时的折腾 ，达到熟悉linux的命令行界面，学到软件的安装及管理的方法。
2K30发布于 2018-07-27 Day3 linux安装生信软件
set show\_channel\_urls yes # 6.使用conda(下面有超级多Name)，如下 (base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda list # 7. 安装软件 conda install fastqc -y并输入fastqc --help检查是否安装成功，如下（出现大批文字表示成功，因为只有安装成功才会给help） (base) bio02@ecm-cefa 三.附上简易思维导图 全部知识来自生信星球学习小组
54410编辑于 2024-03-06生信星球——生信入门DAY3：Linux环境下安装软件
linux环境下的软件安装今天这部分比较痛苦……因为我用的是自己的MacBook的terminal，第一个指令wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda /miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh提示无法识别指令，这时候我才意识到mac自带的linux比较精简，啥软件都没有，搜了一圈，最后选择用homebrew 基础工作完成了，开始下载wget：brew install wget下好了之后，去清华的conda镜像网站下载miniconda，一开始下错了，下成Linux版了，死活安装不了……最后发现应该选mac版 fastqc -y（-y）很关键最后加一个conda环境：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y搞一个python版本是3的conda环境来安装
40510编辑于 2024-01-19- 来自专栏简说基因
生信软件，就是赢家通吃：最佳生信比对软件
在生物信息学中，比对软件是解析和处理生物序列数据的核心工具。它们广泛应用于基因组学、转录组学以及蛋白质组学研究中。 今天，我将带大家了解几款常用的比对软件，分析它们的功能特点、优缺点，以及它们在不同研究场景中的适用性。 BWA 功能特点 BWA 是一种高效的短序列比对工具，主要用于基因组比对和变异检测。
89610编辑于 2024-12-23 - 来自专栏凰年的生信学习记录
生信学习day3：linux安装软件
找到最新linux的下载版本，复制最新的下载版本的下载链接 下载 wget 链接 图片 激活miniconda source~/.bashrc 图片 配置镜像网站，提高下载速度 图片 查看服务器已安装的软件 conda list 图片 安装软件 conda install 软件名 # 安装软件 图片 通过软件的帮助文档确实是否安装成功 图片 卸载软件 conda remove fastqc -y conda 环境创建 不同的分析需要的软件/软件版本不同，即环境不同，则需要不同的conda environment 查看当前conda的环境 conda info --envs 图片 创建新的conda环境 conda create -n 环境名 软件版本 软件 -y 图片 查看并激活 图片 退出环境 图片 图片
25040编辑于 2023-06-28 生信星球——生信入门DAY7:测序
分析软件可以选择fastqc，linux中可以直接用wget安装`unzip fastqc_v0.11.7.zip`-->`cd FastQC`-- >`chmod755 fastqc`chmod 用3 个数字来表达对 用户（文件或目录的所有者），用户组（同组用户），其他用户 的权限： 如：chmod 755 fastqc 数字7是表达同时具有读，写，执行权限：(7 = 4 + 2+ 1) 读取- 文件夹导入环境变量echo 'export PATH=/YOUR/FASTQC PATH/:$PATH' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc最后依然是fastqc --help查看软件是否可用
21210编辑于 2024-01-24- 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 —— day 7
生信星球1. 一二三代测序每一代测序都是为了解决上一代的问题，但又不完美一代测序准确度高，但通量低二代测序即高通量测序，但读长短三代测序读长长，但准确度低2.
25220编辑于 2023-10-27 - 来自专栏生信学习记录
生信DAY7
作用获得物种或者组织的转录本信息得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等发现新的基因基因结构优化发现可变剪切发现基因融合基因表达差异分析蛋白质组学蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用蛋白质结构功能预测蛋白质连锁图代谢组学代谢物指纹分析代谢轮廓分析常用的数据格式
36700编辑于 2023-08-13 - 来自专栏生信入门笔记
Day3生信入门——linux如何安装软件
激活conda source ~/.bashrc 命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了 conda list检查已安装软件5. 软件安装1）conda install 软件名称(ex.cutadapt)2）软件更新 ： conda update 软件名3）若不确定软件名称，可以先使用搜索： conda search fastqc4 ）安装特定版本软件： ex. conda install bwa=0.7.125）软件卸载： conda remove 软件名conda卸载A ：首先 rm -rf ~/miniconda3B: 环境变量中去掉 conda list安装软件 conda install fastqc -y 3.确认fastqc软件是否安装成功输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。 因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。
75400编辑于 2023-10-04 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
生信软件安装神器conda安装和虚拟环境初试
被阉割的软件包，后期有需求可以重新在装上。 Conda安装 安装其实很简单，去conda主页，下载自己系统对应的installer ，follow instruction就可以了。 Conda安装软件 Day 1提到如果想装 samtools Conda install samtools 就可以了，不光是生信类，R 语言python语言软件包，都可以 。 Conda install bedtools # 生信软件 Conda install hisat2 # RNA seq 比对软件 Conda install pandas # python packages Conda install r-data.table # R packages 所以说conda是几乎一行代码搞定常用8000个左右的生信软件和R 语言呢和Python语言的包安装，免去大家从头下载编译的烦恼 Day 2 # 100天生信/数据科学自我挑战# -- Conda 入门到精通之初识Conda 如果你还不熟悉 <<100天生信/数据科学自我挑战>> 不管你是想入门生信/数据科学的初学者，还是想进阶生信
1.1K40发布于 2021-10-13 - 来自专栏生物信息学
生信软件管理指南-轻松解决软件安装困扰
生信软件管理指南——轻松解决软件安装困扰 原文作者：Mario F. 别担心，本文带你了解如何用最简单的方式管理生信工具，让软件安装变得井然有序。 为什么生信软件安装总是如此混乱？ 原因在于生物信息学领域的依赖关系极其复杂。 Conda：得心应手的工具库 对于生信新手来说，Conda 是入门的绝佳选择。 Conda 不仅是一个强大的包管理器，同时也是环境管理器。 详情请见:生信软件管理攻略：从 Mamba 到 Docker，告别依赖地狱 之后，使用方式与 Conda 相同： mamba create -n variantcall bcftools=1.17 samtools 详情请见：生信软件管理攻略：从 Mamba 到 Docker，告别依赖地狱 怎么选用？ Conda 包管理小贴士 切勿在 base 环境中安装所有软件。 每个项目建议使用独立的命名环境。
64210编辑于 2025-09-04 - 来自专栏生信菜鸟团
生信分析中linux的使用1-软件安装
生信分析中linux主要用于上游原始数据的分析。 这里我们使用的连接服务器&传输数据软件是Termius。 Termius是一个跨平台的，同时支持SSH功能和SFTP功能的软件。 Linux简介 1.发行版本 一个典型的 Linux 桌面发行版包括一个 Linux 内核，来自GNU的工具和库，和附加的软件、文档，还有一个窗口系统，窗口管理器和一个桌面环境。 大部分包括的软件是自由软件/开源软件，它们同时以二进制可执行文件和源代码形式发布，只要用户愿意，还允许修改和重新编译源代码。还有一些可能是专有软件而不提供源代码。 2.服务器 服务器本质上就是一台远程的电脑，大多数服务器安装的系统是 Linux系统。
44810编辑于 2024-07-10 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Blast (序列比对)
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1.3K20发布于 2021-01-13 - 来自专栏生信宝典
生信软件系列 - NCBI使用
做生物研究的对NCBI都不陌生，网站资源、软件丰富，也在不停地迭代更新，越来越容易使用。本文是较早时用于内部培训的资料，最近翻出来看下，还是有一些有意思的点在里面，故分享出来，供大家评阅。 公众号傻瓜系列也有类似的介绍文章 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列 ? NCBI Gene页可以做为整体了解一个基因的功能、表达、已有研究的初始页面。 更多基因组浏览器的介绍见 本地安装UCSC基因组浏览器 测序数据可视化 （二）- IGV 测序数据可视化 （四）- Epigenomebrowser ?
1.8K50发布于 2019-05-09 - 来自专栏我的生信入门
生信入门DAY3分野-Linux安装软件
认识Bioconda conda是软件下载器，相当于App store 日常使用mini conda即可miniconda的下载 miniconda的下载 进入清华镜像网站，选择与服务器匹配的版本，复制链接后在服务器内粘贴运行 安装失败，不需要再次下载安装包，从这里开始重新安装即可 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh该指令回车运行 很多版权信息，按回车 （切记！ ~/.bashrc命令激活miniconda 运行命令后出现满屏信息，说明成功 添加镜像网站 conda的使用 查看服务器上所有软件列表 conda list 安装列表软件 conda install fastqc -y 确认软件是否安装成功 软件名 --help 如果出现一大堆文字，即为成功 卸载软件 conda remove 软件名字 -y 查看conda有什么环境 conda info --envs fastqc\trimmomatic这两个软件。
50190编辑于 2023-09-21 - 来自专栏笔记生信
生信提升day7--婷
一二三代测序以及二代大体流程NGS组学分类生信星球生信星球原理视频b站up-一只小蛮腰呀，还有字数限制呀，那我写写心得，二代原理还是不太清楚，下来继续查阅文章，实验室得测序机子是BD的，看了公众号和视频都没有涉及
18130编辑于 2023-11-20 - 来自专栏学
生信星球-生信自学小组 DAY7 测序基本知识
Sanger法是基于DNA合成反应的测序技术，又称为SBS法、末端终止法。1975年由Sanger提出，并于1977发表第一个完整的生物体基因组序列。
61850编辑于 2023-07-02 - 来自专栏生信星球每日学习
生信星球day7-毽子
测序原理 我感觉这个讲得挺好的： 【中英双语】Illumina测序原理详解 | 边合成边测序 素材来源：YouTube官方 https://www.youtube.com/watch?v=fCd6B5
34140编辑于 2023-01-16 生信入门DAY7-9
本篇内容引自生信技能树 DAY7-9 课前提问： 1、为什么要做数据挖掘？ 即用别人的数据用在自己的文章里面，多半是从别人的数据里筛选自己想要的基因。 las=2) #boxplot(exp[,seq(1,ncol(exp),4)],las=2) #随机取样的方式画图，样本数量很多的时候 #boxplot(exp[,sample(1:ncol(exp),7) not "text") col.ind = Group, # color by groups palette = c("#00AFBB", "#E7B800 是表达量最离散的1000个基因，包括了组间的---- #因为整个表达矩阵画不了热图，我们挑出一部分来画 g = names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),1000)) #day7- pheatmap::pheatmap #library(RColorBrewer) #colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name = #
52310编辑于 2025-05-22- 来自专栏优雅R
「R|生信」安装 pRRophetic 包
我们先安装它的依赖包： BiocManager::install(c('sva', 'car', 'genefilter', 'preprocessCore', 'ridge')) 这里 BiocManager 包需要提前安装好，使用 install.packages("BiocManager") 即可。 action=download 有 500+MB，我把它存在坚果云了，可以使用 https://www.jianguoyun.com/p/DdY8HJAQ6uuVCBjljo4D （微信推文点击原文链接 安装好之后我们需要测试下包能不能正常使用，这里就跟着文档做个几步看看。 如果读者不会安装 R 包建议看下我在教程里写的有关 R 包安装的内容：https://shixiangwang.gitee.io/geek-r-tutorial/[3]。
7.2K40发布于 2020-07-03
腾讯云开发者
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