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生信技巧第5课-生信人必须安装的软件
长期更新列表： 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全，含视频 不知不觉就第5讲了，本次视频没有干货，只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的，没啥事就不用看了，反正你需要安装一些软件就可以了。 生信软件安装及使用 (官网，例子，conda) 多版本软件发布：NCBI的 blast以及sratoolkit 等等 二进制软件(预编译版本)：下载即可使用 C源码软件：官网，readme，安装，解决配置文件及报错 系统软件中心：ubuntu的用apt-get，centos的用yum，macOS的App Store或者brew 成熟的软件管理中心：conda 保证一个纯粹的新手，生物学的本科生，经过3个小时的折腾 ，达到熟悉linux的命令行界面，学到软件的安装及管理的方法。
2K30发布于 2018-07-27 Day3 linux安装生信软件
[yes|no] [no] >>> yes # 4.激活并输入conda检查，如下 (base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ source ~/.bashrc (base) bio02 show\_channel\_urls yes # 6.使用conda(下面有超级多Name)，如下 (base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda list # 7.安装软件 conda install fastqc -y并输入fastqc --help检查是否安装成功，如下（出现大批文字表示成功，因为只有安装成功才会给help） (base) bio02@ecm-cefa trimmomatic -y # 3.再检查发现多了一个rna-aeq,但是还是base，如下 (base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda info --envs # 4. 三.附上简易思维导图 全部知识来自生信星球学习小组
54410编辑于 2024-03-06生信星球——生信入门DAY3：Linux环境下安装软件
linux环境下的软件安装今天这部分比较痛苦……因为我用的是自己的MacBook的terminal，第一个指令wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda /miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh提示无法识别指令，这时候我才意识到mac自带的linux比较精简，啥软件都没有，搜了一圈，最后选择用homebrew 基础工作完成了，开始下载wget：brew install wget下好了之后，去清华的conda镜像网站下载miniconda，一开始下错了，下成Linux版了，死活安装不了……最后发现应该选mac版 fastqc -y（-y）很关键最后加一个conda环境：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y搞一个python版本是3的conda环境来安装
40510编辑于 2024-01-19- 来自专栏简说基因
生信软件，就是赢家通吃：最佳生信比对软件
在生物信息学中，比对软件是解析和处理生物序列数据的核心工具。它们广泛应用于基因组学、转录组学以及蛋白质组学研究中。 今天，我将带大家了解几款常用的比对软件，分析它们的功能特点、优缺点，以及它们在不同研究场景中的适用性。 BWA 功能特点 BWA 是一种高效的短序列比对工具，主要用于基因组比对和变异检测。
89610编辑于 2024-12-23 - 来自专栏凰年的生信学习记录
生信学习day3：linux安装软件
找到最新linux的下载版本，复制最新的下载版本的下载链接 下载 wget 链接 图片 激活miniconda source~/.bashrc 图片 配置镜像网站，提高下载速度 图片 查看服务器已安装的软件 conda list 图片 安装软件 conda install 软件名 # 安装软件 图片 通过软件的帮助文档确实是否安装成功 图片 卸载软件 conda remove fastqc -y conda 环境创建 不同的分析需要的软件/软件版本不同，即环境不同，则需要不同的conda environment 查看当前conda的环境 conda info --envs 图片 创建新的conda环境 conda create -n 环境名 软件版本 软件 -y 图片 查看并激活 图片 退出环境 图片 图片
25040编辑于 2023-06-28 - 来自专栏生信入门笔记
Day3生信入门——linux如何安装软件
只不过这种安完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】4. 软件安装1）conda install 软件名称(ex.cutadapt)2）软件更新 ： conda update 软件名3）若不确定软件名称，可以先使用搜索： conda search fastqc4 ）安装特定版本软件： ex. conda install bwa=0.7.125）软件卸载： conda remove 软件名conda卸载A ：首先 rm -rf ~/miniconda3B: 环境变量中去掉 conda list安装软件 conda install fastqc -y 3.确认fastqc软件是否安装成功输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。 因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。
75400编辑于 2023-10-04 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
生信软件安装神器conda安装和虚拟环境初试
被阉割的软件包，后期有需求可以重新在装上。 Conda安装 安装其实很简单，去conda主页，下载自己系统对应的installer ，follow instruction就可以了。 Conda安装软件 Day 1提到如果想装 samtools Conda install samtools 就可以了，不光是生信类，R 语言python语言软件包，都可以 。 Conda install bedtools # 生信软件 Conda install hisat2 # RNA seq 比对软件 Conda install pandas # python packages Conda install r-data.table # R packages 所以说conda是几乎一行代码搞定常用8000个左右的生信软件和R 语言呢和Python语言的包安装，免去大家从头下载编译的烦恼 Day 2 # 100天生信/数据科学自我挑战# -- Conda 入门到精通之初识Conda 如果你还不熟悉 <<100天生信/数据科学自我挑战>> 不管你是想入门生信/数据科学的初学者，还是想进阶生信
1.1K40发布于 2021-10-13 - 来自专栏生物信息学
生信软件管理指南-轻松解决软件安装困扰
生信软件管理指南——轻松解决软件安装困扰 原文作者：Mario F. 别担心，本文带你了解如何用最简单的方式管理生信工具，让软件安装变得井然有序。 为什么生信软件安装总是如此混乱？ 原因在于生物信息学领域的依赖关系极其复杂。 Conda：得心应手的工具库 对于生信新手来说，Conda 是入门的绝佳选择。 Conda 不仅是一个强大的包管理器，同时也是环境管理器。 详情请见:生信软件管理攻略：从 Mamba 到 Docker，告别依赖地狱 之后，使用方式与 Conda 相同： mamba create -n variantcall bcftools=1.17 samtools 详情请见：生信软件管理攻略：从 Mamba 到 Docker，告别依赖地狱 怎么选用？ Conda 包管理小贴士 切勿在 base 环境中安装所有软件。 每个项目建议使用独立的命名环境。
64210编辑于 2025-09-04 生信星球——生信入门DAY4:R语言
1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面）依然mac版，适配的非常不错，没有任何的不适配。
40010编辑于 2024-01-21- 来自专栏生信菜鸟团
生信分析中linux的使用1-软件安装
生信分析中linux主要用于上游原始数据的分析。 这里我们使用的连接服务器&传输数据软件是Termius。 Termius是一个跨平台的，同时支持SSH功能和SFTP功能的软件。 Linux简介 1.发行版本 一个典型的 Linux 桌面发行版包括一个 Linux 内核，来自GNU的工具和库，和附加的软件、文档，还有一个窗口系统，窗口管理器和一个桌面环境。 大部分包括的软件是自由软件/开源软件，它们同时以二进制可执行文件和源代码形式发布，只要用户愿意，还允许修改和重新编译源代码。还有一些可能是专有软件而不提供源代码。 2.服务器 服务器本质上就是一台远程的电脑，大多数服务器安装的系统是 Linux系统。
44810编辑于 2024-07-10 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Blast (序列比对)
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1.3K20发布于 2021-01-13 - 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 Day 4 —— 橙子🍊
源自生信星球，由于有R基础，内容1、2、3跳过了基础代码1、显示文件列表（右下角窗口file直接有显示，在R中其实不那么重要）dir()list.files()图片2、显示历史命令（右上角history
32630编辑于 2023-10-24 - 来自专栏生信宝典
生信软件系列 - NCBI使用
做生物研究的对NCBI都不陌生，网站资源、软件丰富，也在不停地迭代更新，越来越容易使用。本文是较早时用于内部培训的资料，最近翻出来看下，还是有一些有意思的点在里面，故分享出来，供大家评阅。 公众号傻瓜系列也有类似的介绍文章 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列 ? NCBI Gene页可以做为整体了解一个基因的功能、表达、已有研究的初始页面。 更多基因组浏览器的介绍见 本地安装UCSC基因组浏览器 测序数据可视化 （二）- IGV 测序数据可视化 （四）- Epigenomebrowser ?
1.8K50发布于 2019-05-09 第4天生信学习笔记-微信公众号生信星球
今天的学习内容： 1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面） 2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面 3.学会外观设置和基本操作 4.完成第一个R做的图 如果已经安装或者基础较好 第一步：查看你的电脑用户名是中文还是英文 第二步：预防中文用户名引起的麻烦 如果你的用户名不幸是中文的，那就必须改为英文，否则无法安装Rstudio。 【R软件和R包安装】 https://www.bilibili.com/video/BV1J44y1R7ci/? R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。 RStudio是免费提供的开源集成开发环境（IDE）。 5.删除变量 a<-3 b <- 1 c <- 4 u <- 5+6 rm(b) rm(u,c) rm(list = ls())#清空所有变量 代码可以复制，更推荐的方式是用键盘上q前面的那个tab
57410编辑于 2024-02-25- 来自专栏我的生信入门
生信入门DAY3分野-Linux安装软件
认识Bioconda conda是软件下载器，相当于App store 日常使用mini conda即可miniconda的下载 miniconda的下载 进入清华镜像网站，选择与服务器匹配的版本，复制链接后在服务器内粘贴运行 安装失败，不需要再次下载安装包，从这里开始重新安装即可 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh该指令回车运行 很多版权信息，按回车 （切记！ ~/.bashrc命令激活miniconda 运行命令后出现满屏信息，说明成功 添加镜像网站 conda的使用 查看服务器上所有软件列表 conda list 安装列表软件 conda install fastqc -y 确认软件是否安装成功 软件名 --help 如果出现一大堆文字，即为成功 卸载软件 conda remove 软件名字 -y 查看conda有什么环境 conda info --envs fastqc\trimmomatic这两个软件。
50190编辑于 2023-09-21 - 来自专栏优雅R
「R|生信」安装 pRRophetic 包
包需要提前安装好，使用 install.packages("BiocManager") 即可。 action=download 有 500+MB，我把它存在坚果云了，可以使用 https://www.jianguoyun.com/p/DdY8HJAQ6uuVCBjljo4D （微信推文点击原文链接 安装好之后我们需要测试下包能不能正常使用，这里就跟着文档做个几步看看。 Adjusting the Data 1 of 5 iterations complete. 2 of 5 iterations complete. 3 of 5 iterations complete. 4 如果读者不会安装 R 包建议看下我在教程里写的有关 R 包安装的内容：https://shixiangwang.gitee.io/geek-r-tutorial/[3]。
7.2K40发布于 2020-07-03 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Sratools (操作SRA文件)
安装 2.1 Conda 安装 2.2 传统安装 3. 使用 3.1 下载SRA 3.2 抽取fastq文件 1. 安装 这里提供两种方法，选择一种安装即可，强烈建议使用Conda方式安装 2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件 ，重要的是可以解决软件的依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解 2.2 传统安装 下载 下载地址1：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi .2.9.6-1-centos_linux64/bin目录下 环境变量添加的详细方法：Linux 添加环境变量的五种方法 打开环境变量设置文件 sudo vim /etc/environment 添加软件
7.2K20发布于 2021-01-13 - 来自专栏生信小王子
Conda | 轻松安装生信工具
最近有很多朋友问我生信工具安装的问题，对于初学者来说，工具安装是一个非常头疼的问题。不同的工具用不同的语言编写，有的解压后直接就可以用，有的还要编译，涉及到各种依赖关系。 今天小编教大家如何使用conda安装生信工具。 ? Conda其实就是一个开源的软件包和环境管理系统，可以帮助我们解决软件安装过程中的各种问题。 在这个环境里，大家可以使用以下命令安装软件。 如，我想安装"hisat2"。 选择你要安装的软件。 ? 按照网页上的命令安装。 ? 有了conda，以后再也不用担心软件安装的问题啦！ config --set auto_activate_base true 参考资料： https://docs.anaconda.com/anaconda-cloud/user-guide/ conda管理生信软件一文就够
2.1K20发布于 2020-08-10 - 来自专栏生信菜鸟团
生信分析之conda安装
生信技能树学习笔记 Anaconda 的官网是 https://www.anaconda.com/ 官网上介绍anaconda是所有语言的包、依赖和环境管理器。 conda remove -n rna fastqc 不指定-n参数就得进入该环境之后才能进行删除操作，同样，-y能够跳过确认执行的步骤 Conda常用命令 补充 生信技能树学习笔记 前情提要：1.安装 conda 2.配置镜像 # 创建R4环境 conda create -y -n R4 python=3.8 # 激活R4环境 conda activate R4 # (可选步骤：在R4里安装mamba #激活R conda activate R4 # 输入R进入R语言的交互 R 在R语言里验证安装包： library(getopt) library(tidyverse) library(ggplot2 # mamba env create -n rna -f rna.yaml conda env create -n R4 -f R4.yaml 其他用法 卸更新软件：conda update 软件名
1.2K10编辑于 2024-07-10 生信入门Day3-4
引自生信技能树引自生信技能树DAY3三、数据结构——数据框1、数据框的来源（1）用代码新建（2）由已有数据转换或处理得到（3）读取表格文件（4）R语言内置数据注意：向量是一维的，且只存储一种数据类型；matrix #<-之间要有空格或打个括号，不然会被当成赋值符号2、R包介绍3、R包镜像引自生信技能书使用镜像，加快R包的下载，不用从大洋彼岸去下载4、R包的安装与来源（1）CRAN网站（2）Bioconductor /mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")install.packages("stringr")install.packages('BiocManager') #先安装 sdlibrary(limma)browseVignettes("limma") #不是每个包都有ls("package:limma")5、R包的安装和使用逻辑引自生信技能书引自生信技能树练习题4-1# sdlibrary(limma)browseVignettes("limma") #不是每个包都有ls("package:limma")练习题4-2# 练习4-2 安装以下所有的包if(!
49210编辑于 2025-05-15
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