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生信技巧第5课-生信人必须安装的软件
长期更新列表： 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全，含视频 不知不觉就第5讲了，本次视频没有干货，只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的，没啥事就不用看了，反正你需要安装一些软件就可以了。 生信软件安装及使用 (官网，例子，conda) 多版本软件发布：NCBI的 blast以及sratoolkit 等等 二进制软件(预编译版本)：下载即可使用 C源码软件：官网，readme，安装，解决配置文件及报错 系统软件中心：ubuntu的用apt-get，centos的用yum，macOS的App Store或者brew 成熟的软件管理中心：conda 保证一个纯粹的新手，生物学的本科生，经过3个小时的折腾 ，达到熟悉linux的命令行界面，学到软件的安装及管理的方法。
2K30发布于 2018-07-27 Day3 linux安装生信软件
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39\_24.1.2-0-Linux-x86\_64.sh # 2. show\_channel\_urls yes # 6.使用conda(下面有超级多Name)，如下 (base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda list # 7.安装软件 conda install fastqc -y并输入fastqc --help检查是否安装成功，如下（出现大批文字表示成功，因为只有安装成功才会给help） (base) bio02@ecm-cefa conda info --envs (前面带\*的就是当前激活的)可以看到当前的还是base，如下 (base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda info --envs #2. 三.附上简易思维导图 全部知识来自生信星球学习小组
54410编辑于 2024-03-06生信星球——生信入门DAY3：Linux环境下安装软件
linux环境下的软件安装今天这部分比较痛苦……因为我用的是自己的MacBook的terminal，第一个指令wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda /miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh提示无法识别指令，这时候我才意识到mac自带的linux比较精简，啥软件都没有，搜了一圈，最后选择用homebrew 基础工作完成了，开始下载wget：brew install wget下好了之后，去清华的conda镜像网站下载miniconda，一开始下错了，下成Linux版了，死活安装不了……最后发现应该选mac版 ：wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.11.0-2-MacOSX-x86_64 fastqc -y（-y）很关键最后加一个conda环境：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y搞一个python版本是3的conda环境来安装
40510编辑于 2024-01-19- 来自专栏简说基因
生信软件，就是赢家通吃：最佳生信比对软件
在生物信息学中，比对软件是解析和处理生物序列数据的核心工具。它们广泛应用于基因组学、转录组学以及蛋白质组学研究中。 今天，我将带大家了解几款常用的比对软件，分析它们的功能特点、优缺点，以及它们在不同研究场景中的适用性。 BWA 功能特点 BWA 是一种高效的短序列比对工具，主要用于基因组比对和变异检测。 HISAT2 功能特点 HISAT2 专为 RNA-seq 数据开发，能够快速且准确地识别剪接事件。它使用基于 FM-index 的算法进行快速比对。 适用场景 HISAT2 是转录组测序数据比对的理想选择，尤其是在需要识别剪接变异的研究中。 Minimap2 功能特点 Minimap2 是专为长读长序列设计的比对工具，适用于第三代测序数据。
89510编辑于 2024-12-23 - 来自专栏凰年的生信学习记录
生信学习day3：linux安装软件
找到最新linux的下载版本，复制最新的下载版本的下载链接 下载 wget 链接 图片 激活miniconda source~/.bashrc 图片 配置镜像网站，提高下载速度 图片 查看服务器已安装的软件 conda list 图片 安装软件 conda install 软件名 # 安装软件 图片 通过软件的帮助文档确实是否安装成功 图片 卸载软件 conda remove fastqc -y conda 环境创建 不同的分析需要的软件/软件版本不同，即环境不同，则需要不同的conda environment 查看当前conda的环境 conda info --envs 图片 创建新的conda环境 conda create -n 环境名 软件版本 软件 -y 图片 查看并激活 图片 退出环境 图片 图片
25040编辑于 2023-06-28 - 来自专栏生信入门笔记
Day3生信入门——linux如何安装软件
python2 + xx.py; 想用3就python3 + xx.py2. 软件安装1）conda install 软件名称(ex.cutadapt)2）软件更新 ： conda update 软件名3）若不确定软件名称，可以先使用搜索： conda search fastqc4 ）安装特定版本软件： ex. conda install bwa=0.7.125）软件卸载： conda remove 软件名conda卸载A ：首先 rm -rf ~/miniconda3B: 环境变量中去掉 conda list安装软件 conda install fastqc -y 3.确认fastqc软件是否安装成功输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。 因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功。
75400编辑于 2023-10-04 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
生信软件安装神器conda安装和虚拟环境初试
Conda安装软件 Day 1提到如果想装 samtools Conda install samtools 就可以了，不光是生信类，R 语言python语言软件包，都可以 。 Conda install bedtools # 生信软件 Conda install hisat2 # RNA seq 比对软件 Conda install pandas # python packages Conda install r-data.table # R packages 所以说conda是几乎一行代码搞定常用8000个左右的生信软件和R 语言呢和Python语言的包安装，免去大家从头下载编译的烦恼 成为更好的自己之 << 100天生信/数据科学自我挑战>> 1. Day 1-100天生信/数据科学自我挑战（如何制定一个强有力的入门进阶计划） 2. Day 2 # 100天生信/数据科学自我挑战# -- Conda 入门到精通之初识Conda 如果你还不熟悉 <<100天生信/数据科学自我挑战>> 不管你是想入门生信/数据科学的初学者，还是想进阶生信
1.1K40发布于 2021-10-13 - 来自专栏生物信息学
生信软件管理指南-轻松解决软件安装困扰
生信软件管理指南——轻松解决软件安装困扰 原文作者：Mario F. 别担心，本文带你了解如何用最简单的方式管理生信工具，让软件安装变得井然有序。 为什么生信软件安装总是如此混乱？ 原因在于生物信息学领域的依赖关系极其复杂。 Conda：得心应手的工具库 对于生信新手来说，Conda 是入门的绝佳选择。 Conda 不仅是一个强大的包管理器，同时也是环境管理器。 详情请见:生信软件管理攻略：从 Mamba 到 Docker，告别依赖地狱 之后，使用方式与 Conda 相同： mamba create -n variantcall bcftools=1.17 samtools 详情请见：生信软件管理攻略：从 Mamba 到 Docker，告别依赖地狱 怎么选用？ Conda 包管理小贴士 切勿在 base 环境中安装所有软件。 每个项目建议使用独立的命名环境。
64210编辑于 2025-09-04 - 来自专栏生信菜鸟团
生信分析中linux的使用1-软件安装
生信分析中linux主要用于上游原始数据的分析。 这里我们使用的连接服务器&传输数据软件是Termius。 Termius是一个跨平台的，同时支持SSH功能和SFTP功能的软件。 大部分包括的软件是自由软件/开源软件，它们同时以二进制可执行文件和源代码形式发布，只要用户愿意，还允许修改和重新编译源代码。还有一些可能是专有软件而不提供源代码。 2.服务器 服务器本质上就是一台远程的电脑，大多数服务器安装的系统是 Linux系统。 登录服务器的三种方法 1.命令行法 2.第二种命令行法 3.填表法 如何判断自己是否登录成功 网络异常则重新登陆 退出登录——exit 重新登陆——按键盘上的 键 命令行修改配色 echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m
44810编辑于 2024-07-10 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Blast (序列比对)
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1.3K20发布于 2021-01-13 - 来自专栏生信宝典
生信软件系列 - NCBI使用
做生物研究的对NCBI都不陌生，网站资源、软件丰富，也在不停地迭代更新，越来越容易使用。本文是较早时用于内部培训的资料，最近翻出来看下，还是有一些有意思的点在里面，故分享出来，供大家评阅。 公众号傻瓜系列也有类似的介绍文章 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列 ? NCBI Gene页可以做为整体了解一个基因的功能、表达、已有研究的初始页面。 更多基因组浏览器的介绍见 本地安装UCSC基因组浏览器 测序数据可视化 （二）- IGV 测序数据可视化 （四）- Epigenomebrowser ? GEO和SRA是NCBI上存储芯片和测序数据的2个中药版块，下面展示了如何在这些地方下载数据。 ? ? ? ? NCBI map viewer对于不编程获得基因的有用信息提供了较大便利。 ? ? ?
1.8K50发布于 2019-05-09 生信星球--生信学习DAY2：适应Linux
权限控制多用户的权限控制命令行模式linux的操作靠命令行来实现目录结构文件系统呈树状，宿主目录放在home目录下2.为什么学生信要用linux？ 生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源.3.怎样召唤linux--阿里云服务器1 单纯linux2 Windows10上的linux3 Windows7 上的linux4 : cannot remove 'test2': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~$ rm test2.txtrm: cannot remove 'test2 : cannot remove 'test2': No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ cd test2-bash: cd: test2: No such file or directorybio09@ecm-cefa:~/lidahuang/test$ rm test2.txtrm: cannot remove 'test2
46300编辑于 2024-01-19- 来自专栏我的生信入门
生信入门DAY3分野-Linux安装软件
认识Bioconda conda是软件下载器，相当于App store 日常使用mini conda即可miniconda的下载 miniconda的下载 进入清华镜像网站，选择与服务器匹配的版本，复制链接后在服务器内粘贴运行 安装失败，不需要再次下载安装包，从这里开始重新安装即可 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh该指令回车运行 很多版权信息，按回车 （切记！ ~/.bashrc命令激活miniconda 运行命令后出现满屏信息，说明成功 添加镜像网站 conda的使用 查看服务器上所有软件列表 conda list 安装列表软件 conda install fastqc -y 确认软件是否安装成功 软件名 --help 如果出现一大堆文字，即为成功 卸载软件 conda remove 软件名字 -y 查看conda有什么环境 conda info --envs fastqc\trimmomatic这两个软件。
50190编辑于 2023-09-21 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）
文章目录 一、介绍 二、安装 1. Conda 安装 2. 传统安装 三、使用 1、参考基因组比对 必需参数 可选参数（常用） 2、构建索引 官方索引 自建索引 3、一个完整例子 一、介绍 Bowtie2 是将测序后的 reads 与长参考组的比对工具 ( 二、安装 这里提供两种方法，选择一种安装即可，强烈建议使用Conda方式安装 1. Conda 安装 conda install -y bowtie2 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件，重要的是可以解决软件的依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解 bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip 设置环境变量 打开环境变量设置文件 sudo vim /etc/environment 添加软件 bin 目录的路径，并用 : 隔开
12.8K31发布于 2021-01-13 - 来自专栏优雅R
「R|生信」安装 pRRophetic 包
包需要提前安装好，使用 install.packages("BiocManager") 即可。 action=download 有 500+MB，我把它存在坚果云了，可以使用 https://www.jianguoyun.com/p/DdY8HJAQ6uuVCBjljo4D （微信推文点击原文链接 安装好之后我们需要测试下包能不能正常使用，这里就跟着文档做个几步看看。 如果读者不会安装 R 包建议看下我在教程里写的有关 R 包安装的内容：https://shixiangwang.gitee.io/geek-r-tutorial/[3]。 参考资料 [1] https://github.com/paulgeeleher/pRRophetic2: https://github.com/paulgeeleher/pRRophetic2 [2]
7.2K40发布于 2020-07-03 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Sratools (操作SRA文件)
介绍 2. 安装 2.1 Conda 安装 2.2 传统安装 3. 使用 3.1 下载SRA 3.2 抽取fastq文件 1. NCBI官方提供，用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合 一般常用于下载SRA文件，从SRA文件中提取fastq，sam文件，查看SRA文件信息等 2. 安装 这里提供两种方法，选择一种安装即可，强烈建议使用Conda方式安装 2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件 ，重要的是可以解决软件的依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解 2.2 传统安装 下载 下载地址1：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi cmd=show&f=software&m=software&s=software 下载地址2：https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloads 在
7.2K20发布于 2021-01-13 - 来自专栏生信课程note＋实验知识
生信课程note-2
seq(from = 2,to = 15,by = 2) ## [1] 2 4 6 8 10 12 14 # 2.生成向量，内容为："student2" "student4" "student6 seq(2,100,2) ## [1] 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34 36 38 40 "AC104581.1" "MPP2" "ATP2A2" "SNRPE" ## [19] "PRSS8" "ZNF461" "CECR5" "LCP1" ## [43] "OR2D3" "LIPE" "LIPE" "CANX" "ATP6V1B2" "MARC2" z = rnorm(n=10,mean=0,sd=18) z[z<(-2)] ## [1] -4.657298 -8.565170 -18.576409 -2.250447 引自生信技能树 This
52120编辑于 2023-02-06 - 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 day 2 —— 橙子🍊
① 服务于supercomputer的OS② 开源，能方便运行大量数据2、常用linux代码pwd #显示当前路径mkdir … #创建空目录ls #显示列表rm … #删除文件rmdir head … #显示前10行tail … #显示后10行head -n3 … #显示前3行|3可替换tail -n3 … #显示后3行cp file1 file2 #复制file1，命名file2mv #移动或重命名图片生信星球学习小组
25380编辑于 2023-10-22 - 来自专栏生信小王子
Conda | 轻松安装生信工具
最近有很多朋友问我生信工具安装的问题，对于初学者来说，工具安装是一个非常头疼的问题。不同的工具用不同的语言编写，有的解压后直接就可以用，有的还要编译，涉及到各种依赖关系。 今天小编教大家如何使用conda安装生信工具。 ? Conda其实就是一个开源的软件包和环境管理系统，可以帮助我们解决软件安装过程中的各种问题。 在这个环境里，大家可以使用以下命令安装软件。 如，我想安装"hisat2"。 ## 安装软件 conda install hisat2 ## 更新软件 conda update hisat2 ## 卸载软件 conda uninstall hisat2 ## 查看已装软件列表 conda config --set auto_activate_base true 参考资料： https://docs.anaconda.com/anaconda-cloud/user-guide/ conda管理生信软件一文就够
2.1K20发布于 2020-08-10 - 来自专栏生信学习小组
生信学习day2
图片——来源：生信星球2.为什么学生信要用linux？（1）生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源。（2）命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。 3.怎样召唤linux--阿里云服务器（1）单纯linux，用U盘安装一下纯linux系统，推荐CentOS或者Ubuntu整个过程大概只需要20分钟；（2）Windows10上的linux（3）本地服务器上的 Xftp 是一款基于 Windows 的文件传输软件，用于通过网络安全地传输文件。 （5）本地服务器上的linux（6）云服务器上的linux4.怎样登录服务器--xshell和terminalterminal—苹果用户针对wins需要安装Xshell，安装在默认文件夹最好，不安装在默认文件夹安装不上 同时安装Xftp如何登录生信星球https://www.jianshu.com/p/8a340b103a411.ip地址。ip是代表服务器的一个“编号”。2.用户名。bio开头的那个3.密码。
33710编辑于 2024-01-17
腾讯云开发者
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