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Day3 linux安装生信软件
:~/biosoft$ bash Miniconda3-py39\_24.1.2-0-Linux-x86\_64.sh # 3.接下来按q跳过，以及yes回车，查看是否成功，如下 Please, press show\_channel\_urls yes # 6.使用conda(下面有超级多Name)，如下 (base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda list # 7.安装软件 conda install fastqc -y并输入fastqc --help检查是否安装成功，如下（出现大批文字表示成功，因为只有安装成功才会给help） (base) bio02@ecm-cefa 如下 (base) bio02@ecm-cefa:~/biosoft$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y # 3.再检查发现多了一个 三.附上简易思维导图 全部知识来自生信星球学习小组
54410编辑于 2024-03-06- 来自专栏凰年的生信学习记录
生信学习day3：linux安装软件
找到最新linux的下载版本，复制最新的下载版本的下载链接 下载 wget 链接 图片 激活miniconda source~/.bashrc 图片 配置镜像网站，提高下载速度 图片 查看服务器已安装的软件 conda list 图片 安装软件 conda install 软件名 # 安装软件 图片 通过软件的帮助文档确实是否安装成功 图片 卸载软件 conda remove fastqc -y conda 环境创建 不同的分析需要的软件/软件版本不同，即环境不同，则需要不同的conda environment 查看当前conda的环境 conda info --envs 图片 创建新的conda环境 conda create -n 环境名 软件版本 软件 -y 图片 查看并激活 图片 退出环境 图片 图片
25040编辑于 2023-06-28 生信星球——生信入门DAY3：Linux环境下安装软件
linux环境下的软件安装今天这部分比较痛苦……因为我用的是自己的MacBook的terminal，第一个指令wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda /miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh提示无法识别指令，这时候我才意识到mac自带的linux比较精简，啥软件都没有，搜了一圈，最后选择用homebrew 基础工作完成了，开始下载wget：brew install wget下好了之后，去清华的conda镜像网站下载miniconda，一开始下错了，下成Linux版了，死活安装不了……最后发现应该选mac版 ：wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.11.0-2-MacOSX-x86_64 fastqc trimmomatic -y搞一个python版本是3的conda环境来安装fastqc、trimmomatic。
40510编辑于 2024-01-19- 来自专栏生信入门笔记
Day3生信入门——linux如何安装软件
安装miniconda：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh3. 输入自己的安装路径【友情提示：可以放到家目录的bashrc下，方便以后修改。 软件安装1）conda install 软件名称(ex.cutadapt)2）软件更新 ： conda update 软件名3）若不确定软件名称，可以先使用搜索： conda search fastqc4 ）安装特定版本软件： ex. conda install bwa=0.7.125）软件卸载： conda remove 软件名conda卸载A ：首先 rm -rf ~/miniconda3B: 环境变量中去掉 conda list安装软件 conda install fastqc -y 3.确认fastqc软件是否安装成功输入fastqc --help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档。 好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python
75400编辑于 2023-10-04 - 来自专栏生信技能树
生信技巧第5课-生信人必须安装的软件
长期更新列表： 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图 生信技巧第二课-使用markdown记录和分享笔记 生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的 必须神器 IGV 资料大全，含视频 不知不觉就第5讲了，本次视频没有干货，只是为了保证入门系列视频的完整性而录制的，没啥事就不用看了，反正你需要安装一些软件就可以了。 生信软件安装及使用 (官网，例子，conda) 多版本软件发布：NCBI的 blast以及sratoolkit 等等 二进制软件(预编译版本)：下载即可使用 C源码软件：官网，readme，安装，解决配置文件及报错 系统软件中心：ubuntu的用apt-get，centos的用yum，macOS的App Store或者brew 成熟的软件管理中心：conda 保证一个纯粹的新手，生物学的本科生，经过3个小时的折腾 ，达到熟悉linux的命令行界面，学到软件的安装及管理的方法。
2K30发布于 2018-07-27 - 来自专栏我的生信入门
生信入门DAY3分野-Linux安装软件
uname -a 可以查看服务器是多少位 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86 _64.sh (这是最新版64位miniconda的win链接) minnicoda的安装 安装失败，不需要再次下载安装包，从这里开始重新安装即可 bash Miniconda3-latest-Linux-x86 ~/.bashrc命令激活miniconda 运行命令后出现满屏信息，说明成功 添加镜像网站 conda的使用 查看服务器上所有软件列表 conda list 安装列表软件 conda install fastqc -y 确认软件是否安装成功 软件名 --help 如果出现一大堆文字，即为成功 卸载软件 conda remove 软件名字 -y 查看conda有什么环境 conda info --envs 3，安装fastqc\trimmomatic这两个软件。
50190编辑于 2023-09-21 - 来自专栏生信学习小组（L）
生信学习小组Day 3-Linux环境下的软件安装
1.了解condaconda是一款方便快捷的软件下载器。作用就相当于App store，能搜到90%以上的软件，一键安装。而日常生信我们使用Miniconda即可。 ---微信公众号 生信星球2.下载miniconda百度/谷歌搜索“miniconda 清华”（conda的镜像网站） 查看自身Linux位数（输入命令uname -a）安装最新版本复制下载链接地址wegt 链接地址即可下载 3.安装和配制miniconda命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh按“Enter”或“yes”跳过看到下图示意安装成功图片4.激活conda 图片4.使用miniconda（以fastqc为例）查看安装的所有软件列表（输入命令conda list）安装软件fastqc（输入命令conda install fastqc -y）用命令fastqc --help确认软件是否安装成功卸载软件（输入命令conda remove fastqc -y）
82320编辑于 2023-01-11 - 来自专栏简说基因
生信软件，就是赢家通吃：最佳生信比对软件
在生物信息学中，比对软件是解析和处理生物序列数据的核心工具。它们广泛应用于基因组学、转录组学以及蛋白质组学研究中。 今天，我将带大家了解几款常用的比对软件，分析它们的功能特点、优缺点，以及它们在不同研究场景中的适用性。 BWA 功能特点 BWA 是一种高效的短序列比对工具，主要用于基因组比对和变异检测。
89610编辑于 2024-12-23 - 来自专栏生信重要笔记
生信学习day3——linux安装
先讲安装遇到的问题一定要找对miniconda的版本（linux而不是其他的）uname -a 查看服务器位数找相应版本服务器记录安装步骤（图片没不记得截屏了cp生息星球的）“wget”加安装的miniconda 链接图片ash miniconda-latest-Linux-86_64.sh 进入安装过程（过程需要连续enter直达出现yes or no ）图片然后先打source ~/.bashrc 然后输入 conda接着添加镜像图片用conda list 查看安装的软件列表conda install fastpc=0.11.7-y安装软件fastqc --help检测是否安装成功图片
19200编辑于 2023-06-28 - 来自专栏jerry的学习笔记
生信星球学习小组Day3-linux环境下的软件安装 Jerry
今天是学习小组学习的第3天，主要是学习了解linux如何安装软件1. conda--“linux的应用商店”Miniconda是最方便快捷的软件下载和管理器，相当于应用商店，大多软件都能搜到，一键安装。 日常生信使用小而精的Miniconda即可。学习linux要丢弃之前的图形界面思维图片来自微信公众号生信星球2. bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 安装 enter和yes继续source ~/.bashrc来激活conda 输入conda出现满屏信息则成功添加镜像3 -y，这个命令不一定能成功，是因为练习服务器比较弱4.conda中的环境生信实战中不用项目需要不同软件，软件之间结合也需要版本要求；此时就需要不同的环境处理工作安装不同软件conda info --envs 版本是3，安装软件fastqc、trimmomaticconda info --envs #查看当前新增环境，发现还是默认baseconda activate rna-seq #激活环境，这时默认的
36330编辑于 2023-08-09 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
生信软件安装神器conda安装和虚拟环境初试
Day3 100天生信/数据科学自我挑战 不断有新的小伙伴加入100天生信/数据科学自我挑战，所以有些小伙伴是挑战的第三天，也有些可能还没开始。 被阉割的软件包，后期有需求可以重新在装上。 Conda安装 安装其实很简单，去conda主页，下载自己系统对应的installer ，follow instruction就可以了。 Conda安装软件 Day 1提到如果想装 samtools Conda install samtools 就可以了，不光是生信类，R 语言python语言软件包，都可以 。 Conda install bedtools # 生信软件 Conda install hisat2 # RNA seq 比对软件 Conda install pandas # python packages Conda install r-data.table # R packages 所以说conda是几乎一行代码搞定常用8000个左右的生信软件和R 语言呢和Python语言的包安装，免去大家从头下载编译的烦恼
1.1K40发布于 2021-10-13 - 来自专栏生物信息学
生信软件管理指南-轻松解决软件安装困扰
生信软件管理指南——轻松解决软件安装困扰 原文作者：Mario F. 别担心，本文带你了解如何用最简单的方式管理生信工具，让软件安装变得井然有序。 为什么生信软件安装总是如此混乱？ 原因在于生物信息学领域的依赖关系极其复杂。 Conda：得心应手的工具库 对于生信新手来说，Conda 是入门的绝佳选择。 Conda 不仅是一个强大的包管理器，同时也是环境管理器。 详情请见:生信软件管理攻略：从 Mamba 到 Docker，告别依赖地狱 之后，使用方式与 Conda 相同： mamba create -n variantcall bcftools=1.17 samtools 详情请见：生信软件管理攻略：从 Mamba 到 Docker，告别依赖地狱 怎么选用？ Conda 包管理小贴士 切勿在 base 环境中安装所有软件。 每个项目建议使用独立的命名环境。
64210编辑于 2025-09-04 岩酱的生信学习DAY 3( Minicoda安装）
Minicoda下载安装Minicoda 相当于APP store，是软件下载器。 latest-Linux-x86_64.sh鼠标进行复制粘贴操作3.安装Minicodabash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh按Q跳过安装步骤，跳不过就回答YES回车 1.查看当前服务器上安装的所有软件列表conda list2 安装软件fastaqcconda install fastqc -y-y意思是yes，当在安装过程中遇到所有情况都默认YES3.确认是否安装成功 fastaqc --help 出现大段文字说明安装成功Conda 环境为避免不同项目出现不同软件版本的冲突，通过设置不同的环境来进行不同的项目处理。 的环境，指定版本为python，安装fastqc trimmomatic 软件2.查看新创建环境，并激活conda info --envsconda activate rna-seq默认*会转移到rna-seq
78710编辑于 2024-04-15- 来自专栏生信菜鸟团
生信分析中linux的使用1-软件安装
生信分析中linux主要用于上游原始数据的分析。 这里我们使用的连接服务器&传输数据软件是Termius。 Termius是一个跨平台的，同时支持SSH功能和SFTP功能的软件。 Linux简介 1.发行版本 一个典型的 Linux 桌面发行版包括一个 Linux 内核，来自GNU的工具和库，和附加的软件、文档，还有一个窗口系统，窗口管理器和一个桌面环境。 大部分包括的软件是自由软件/开源软件，它们同时以二进制可执行文件和源代码形式发布，只要用户愿意，还允许修改和重新编译源代码。还有一些可能是专有软件而不提供源代码。 2.服务器 服务器本质上就是一台远程的电脑，大多数服务器安装的系统是 Linux系统。 登录服务器的三种方法 1.命令行法 2.第二种命令行法 3.填表法 如何判断自己是否登录成功 网络异常则重新登陆 退出登录——exit 重新登陆——按键盘上的 键 命令行修改配色 echo 'export
44810编辑于 2024-07-10 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Blast (序列比对)
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1.3K20发布于 2021-01-13 - 来自专栏生信宝典
生信软件系列 - NCBI使用
做生物研究的对NCBI都不陌生，网站资源、软件丰富，也在不停地迭代更新，越来越容易使用。本文是较早时用于内部培训的资料，最近翻出来看下，还是有一些有意思的点在里面，故分享出来，供大家评阅。 公众号傻瓜系列也有类似的介绍文章 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列 ? NCBI Gene页可以做为整体了解一个基因的功能、表达、已有研究的初始页面。 更多基因组浏览器的介绍见 本地安装UCSC基因组浏览器 测序数据可视化 （二）- IGV 测序数据可视化 （四）- Epigenomebrowser ?
1.8K50发布于 2019-05-09 - 来自专栏生信小白的成才路
生信星球 学习小组Day3笔记--Linux的软件安装 高小能
py39_23.3.1-0-Linux-x86_64.sh图片图片安装 miniconda,ll命令能看到刚才下载的文件输入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh conda list图片2 安装软件，以fastqc软件为例， conda install fastqc -y （-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes）默认安装最新版本，但是有的软件新版本 bug比较多，可能需要用到老版本 如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y图片图片3 确认fastqc软件是否安装成功输入fastqc --help,出现大片文字 )，可以看到，我们目前就一个conda环境图片比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成 ，也祝大家在今后安装软件的时候大吉大利，BUG 全无！
46300编辑于 2023-06-29 - 来自专栏优雅R
「R|生信」安装 pRRophetic 包
包需要提前安装好，使用 install.packages("BiocManager") 即可。 action=download 有 500+MB，我把它存在坚果云了，可以使用 https://www.jianguoyun.com/p/DdY8HJAQ6uuVCBjljo4D （微信推文点击原文链接 安装好之后我们需要测试下包能不能正常使用，这里就跟着文档做个几步看看。 parametric adjustments Adjusting the Data 1 of 5 iterations complete. 2 of 5 iterations complete. 3 如果读者不会安装 R 包建议看下我在教程里写的有关 R 包安装的内容：https://shixiangwang.gitee.io/geek-r-tutorial/[3]。
7.2K40发布于 2020-07-03 - 来自专栏生信学习小组
生信学习day3
anaconda是总管，职务比conda低，但干的活不少，也是个有内涵的家伙miniconda是区域经理，说白了就是干事的，而且比较专一，主要负责生信领域二、如何下载软件1.创建biosoft（mkdir /Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh生信星球：sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本。 然后出现这个界面：3.下载完成后，运行 ：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,然后开始安装过程4.激活：source ~/.bashrc（注意空格）生信星球：激活不成功就将 、开始使用conda1.查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list2.安装软件 conda install fastqc -y或conda install fastqc=0.11.7 -y3 .确认fastqc软件是否安装成功 fastqc --help注意：在安装软件的时候一定等彻底安装好再下一步，要不然会出现乱码！！！
35310编辑于 2024-01-18 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Sratools (操作SRA文件)
安装 2.1 Conda 安装 2.2 传统安装 3. 使用 3.1 下载SRA 3.2 抽取fastq文件 1. 安装 这里提供两种方法，选择一种安装即可，强烈建议使用Conda方式安装 2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件 ，重要的是可以解决软件的依赖问题) ： Conda 安装使用图文详解 2.2 传统安装 下载 下载地址1：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi bin 目录的路径，并用 : 隔开 执行source命令，使配置立即生效 sudo source /etc/enviroment 3. 这个fasterq-dump与fastq-dump相比，就像动车碾压绿皮火车，用法如下： fasterq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq 详情查看：https://
7.2K20发布于 2021-01-13
腾讯云开发者
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