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：其中meta_data = 'DF.classifications_0.25_0.03_252'和是一个字符类。但是，当我尝试执行以下任何一项操作时：
seurat_object <- subset(seur
浏览 7修改于2022-03-20得票数 0
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我用Seurat软件包分析了六个单细胞RNA-seq数据集。这6个数据集是通过每一个不同的10倍运行获得的，然后结合批处理效应-通过Seurat函数"FindIntegrationAnchors“进行校正。
浏览 15修改于2020-07-16得票数 0
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我正在使用一个名为"Seurat“的R包进行单细胞RNA-Seq分析。我正在尝试将有关单个细胞样本的元数据信息添加到Seurat对象中。但下游绘图命令不起作用。我想知道是否有人知道我如何检查修改后的Seurat对象，以确认元数据已添加到正确的槽和列中。> Cells <- WhichCells(seurat_object)
然后，我使用数字1-3创建了一个从形态上确定的细胞类型的列表。MorphCell
浏览 6修改于2021-03-04得票数 4
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我是R的新手，并试图安装Seurat来分析我的基因组单细胞数据。但是，我想使用Seurat ()，但是在安装软件包时遇到了困难。从Hadley Wickham安装"devtools“软件包(成功)
install.packages("devtools")
install_github("satijalab/seurat&qu
浏览 3修改于2019-11-29得票数 1
我在试着分析Seurat的单细胞RNAseq数据。这是一个Dockerfile。/Dockerfile hostname: seurat - '0.0.0.0:8787:8787'
environment然后我试着安装Seurat软件包
浏览 29提问于2022-02-13得票数 0
我有许多从GEO下载的计数矩阵创建的seurat对象。我希望对每个函数使用PercentageFeatureSet()函数来计算%MT。
浏览 11提问于2020-06-03得票数 0
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我正在使用Seurat执行单个单元分析，并且对导出每个集群中所有单元的数据很感兴趣。我尝试使用下面的代码，但没有成功。
我的Seurat对象名为Patients。我还附上了我的Seurat对象的截图。
浏览 8修改于2021-03-21得票数 0
当未加载Seurat库时，它会生成像这样的好图输出：
然后，当导入Seurat库时，图形会恢复到这种丑陋状态：
Imports: methods, ROCR已尝试的解决办法：
尝试过的"detach("package:Seurat"，unload = TRUE)“//在关闭和重新加载RStudio时没有恢复绘图，也不允许上游代码块提供ggplot2正常图形
浏览 2修改于2019-12-02得票数 2
我一直在尝试随机地对我的seurat物体进行次采样。我对基于2列的次抽样感兴趣:条件和单元类型。我有5种情况和5种细胞类型。主要目标是在每种情况下为每种细胞类型设置1000个单元。到目前为止我已经尝试过： my.list <- list(hipo.c1.neurons = hipo %>%
subset
浏览 2修改于2021-11-30得票数 1
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尊敬的世界各国专家： 您好，我正在使用Seurat分析集成的单细胞RNA-seq数据。我确认了Dimplot的默认配色方案，如下所述。 show_col(hue_pal()(16)) ? DimPlot(object = Integrateddata, reduction = 'umap',
group.by = 'seurat_clusters', pt.size = 1, label
浏览 3233修改于2020-09-13得票数 0
假设我有一个名为seur的Seurat对象，它的元数据包含一个名为"count“(doubles列表)的列，该列显示某个单元格出现的次数。
浏览 4提问于2021-03-03得票数 0
我正在尝试从Seurat的聚类功能产生的聚类中创建一个层次聚类树。我正在尝试找出如何使用其他函数来绘制已由Seurat生成的聚类，但我不知道如何或哪个R包最有效。有人对我有什么建议吗？
浏览 2提问于2020-06-05得票数 0
我正在尝试合并包含转录计数数据(稀疏矩阵)的Seurat类对象。我对R比较陌生，所以任何帮助/解决方案我都很感激。我已经添加了我正在处理的数据的屏幕截图。grDevices utils [1] RSQLite_2.2.3 Seuratlist.files("C:/Users/Amara/OneDrive - Virginia Tech/XieLab/ZebraFi
浏览 1035修改于2021-02-07得票数 1
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我正在尝试下载R中的包"Seurat“，该包已安装，现在它在我的包列表中。packages are inError: package or namespace load failed for ‘Seurat’:
object ‘wrap_plots
浏览 1487修改于2020-05-04得票数 0
矩阵(包括barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz和matrix.mtx.gz文件)通过Read10X函数导入到R环境中，并通过CreateSeuratObject函数将数据转换为Seurat因此，我试图通过以下命令将counts.csv.gz文件转换为Seurat对象；
countsData <- read.delm(file=“~path/ Tumor2 1_COUNT.csv.gz
浏览 20修改于2020-10-23得票数 0
我做了，QC，规范化和PCA我的数据，并使用了下面的代码。gc1.1 <- FindClusters(gc1.1, resolution = 0)DimPlot(gc1.1, reduction = "umap", label = TRUE, repel = TRUE)我需要一些帮助才能知道这是怎么发生的
浏览 1修改于2022-06-06得票数 1
求助，运行sc.metabolism.Seurat的时候弹出报错：但是在sc.metabolism.Seurat
浏览 409提问于2024-03-09
我正在尝试使用Seurat中的DoHeatmap函数来显示一些定义的簇中的一些基因的表达。B_cells是我的Seurat对象。group = sort(x = group.use), x = x.divs) :
arguments imply differing number of rows: 10411, 0 当我查看Seurat
浏览 151修改于2020-03-29得票数 2
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我试图遵循从Seurat网站的教程。 install.packages("BiocManager")
library(Seurat
浏览 3修改于2020-06-20得票数 0
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