Seurat : resolution=0但有2个簇

Question

我做了，QC，规范化和PCA我的数据，并使用了下面的代码。

gc1.1 <- FindNeighbors(gc1.1, dims = 1:40)
gc1.1 <- FindClusters(gc1.1, resolution = 0)
gc1.1 <- RunUMAP(gc1.1, dims = 1:40)
DimPlot(gc1.1, reduction = "umap", label = TRUE, repel = TRUE)

然而，使用resolution=0，我得到了两个集群

​

我需要一些帮助才能知道这是怎么发生的

Answer 1

您能否尝试在k.param调用中增加FindNeighbors()，并重新运行其他所有内容？

即

gc1.1 <- FindNeighbors(gc1.1, dims = 1:40, k.param = 30)
gc1.1 <- FindClusters(gc1.1, resolution = 0)
gc1.1 <- RunUMAP(gc1.1, dims = 1:40)
DimPlot(gc1.1, reduction = "umap", label = TRUE, repel = TRUE)