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Seurat元数据的FeaturePlot
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Stack Overflow用户
提问于 2021-03-03 11:02:55
回答 1查看 143关注 0票数 0

假设我有一个名为seur的Seurat对象,它的元数据包含一个名为"count“(doubles列表)的列,该列显示某个单元格出现的次数。我想使用FeaturePlot工具在我的UMAP上绘制计数,这样我就可以通过颜色渐变看到最高计数的位置。

然而,当我这样做的时候:

代码语言:javascript
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FeaturePlot(seur, features = "count")

我得到了错误:

代码语言:javascript
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count.Error in if (unique.feature.exp == 0) { : 
 missing value where TRUE/FALSE needed

如何解决此错误和/或正确使用FeaturePlot?

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回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2021-03-13 16:49:02

它应该可以工作,检查你的seurat3或seurat4,我正在使用下面的Seurat_3.2.2:

代码语言:javascript
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library(Seurat)
seur = pbmc_small
eur$count = rpois(ncol(seur),5)
FeaturePlot(seur,features="count")

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页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/66450172

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