几个seurat对象上的PercentageFeatureSet()

Question

我有许多从GEO下载的计数矩阵创建的seurat对象。我希望对每个函数使用PercentageFeatureSet()函数来计算%MT。

我试过：

for (i in seu.list) {
  get(i)[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(get(i), pattern = "^MT-") 

但是得到了以下错误: get(i) <- vtmp :未能找到函数"get<-“中的错误

如何在循环中使用PercentageFeatureSet()？

Answer 1

使用lapply可能会更好。试试这个：

seu.list <- lapply(seu.list, function(seuset) {
  seuset[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(seuset, pattern = "^MT-")
  seuset
})

或者，如果您真的想使用for循环：

for (i in seq_len(length(seu.list))) {
  seu.list[[i]][["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(seu.list[[i]], pattern = "^MT-") 
}