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带内部输入的
Ruffus
管道
我想用Python的
Ruffus
包创建一个管道,并且我正在为它的最简单的概念而奋斗。两个任务应该一个接一个地执行。第二个任务取决于第一个任务的输出。在
Ruffus
文档中,一切都是为从外部文件导入/导出而设计的。我想处理内部数据类型,如字典。 问题是,“跟踪”不接受输入,而@transform不使用dicts。我是不是遗漏了什么?
浏览 3
修改于2017-01-30
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1
回答
如何使用子目录和
Ruffus
管道
Ruffus
管道文档似乎假定一个人的代码和数据位于同一个目录中。所有示例都有输入和输出文件说明符,没有任何相对路径。如果要转换的文件不在当前目录中,那么应该如何修改下面的语法?
浏览 2
修改于2017-01-30
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1
回答
在Python2.7中使用
Ruffus
库,just_print标志失败
我在Python2.7中有一个
ruffus
管道,但是当我用-n或--just_print调用它时,它仍然运行所有实际的任务,而不是像应该打印的那样打印管道。
浏览 1
修改于2017-09-21
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1
回答
在
Ruffus
流水线中运行函数前需要制作一组文件
我正在使用
ruffus
编写一个管道。我有一个函数,它被并行调用了很多次,它创建了几个文件。我想创建一个函数"combineFiles()“,在创建完所有这些文件之后调用它。
浏览 1
修改于2017-01-30
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2
回答
Pweave能和流氓玩得很好吗?
Pweave and
Ruffus
import time@ <<task1@files(task1_param) def first_task(no_input_f
浏览 4
修改于2017-01-30
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1
回答
python中有没有工作流工具或库?
我尝试过
ruffus
,但它是为文件转换而设计的。 python中有工作流库吗?
浏览 11
修改于2017-08-29
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3
回答
Java正则混淆
主要方法中的Java代码: 这基本上是正确的,除了那些该死的托架!
浏览 1
提问于2010-07-28
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2
回答
子进程中的多个管道
我试图在
ruffus
管道中使用将多个fastq文件作为参数的Sailfish。
浏览 5
修改于2015-03-23
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1
回答
在具有异构任务的集群环境中用于令人尴尬的并行作业的Python jug (或其他)
我一直在使用
Ruffus
,我对它很满意,但我也想尝试一下其他方法。 在python中有一个看起来很有趣的东西是jug。然而,jug似乎假设这些作业在它们的需求中是同类的。
浏览 3
提问于2012-10-06
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3
回答
KeyError:将Django应用程序部署到pythonanywhere时的“收藏品”
1.0.0restkit==4.2.2retrying==1.3.3rsa==3.4.2
ruffus
浏览 1
修改于2019-04-11
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