在Python2.7中使用Ruffus库，just_print标志失败

Question

我在Python2.7中有一个ruffus管道，但是当我用-n或--just_print调用它时，它仍然运行所有实际的任务，而不是像应该打印的那样打印管道。我：

*不要使用取代内置的-n参数(尽管我有其他命令行参数)。

*使用@transform()或@merge()装饰器具有一系列功能

*用run_pipeline()调用结束管道

还有其他人经历过这个问题吗？非常感谢！

Answer 1

在ruffus2.4版中，您可以使用内置ruffus.cmdline，它通过使用argparse的cmdline.py模块存储适当的标志，例如：

from ruffus import *
parser = cmdline.get_argparse(description='Example pipeline')
options = parser.parse_args()

@originate("test_out.txt")
def run_testFunction(output):
        with open(output,"w") as f:
            f.write("it's working!\n")

cmdline.run(options)

然后使用如下命令从终端运行管道：

python script.py --verbose 6 --target_tasks run_testFunction --just_print

如果您想手动执行此操作(对于旧版本的ruffus来说这是必需的)，您可以调用pipeline_printout()而不是pipeline_run()，使用argparse，以便--just_print标志导致适当的调用，例如：

from ruffus import *
import argparse
import sys

parser = argparse.ArgumentParser(description='Example pipeline')
parser.add_argument('--just_print', dest='feature', action='store_true')
parser.set_defaults(feature=False)
args = parser.parse_args()

@originate("test_out.txt")
def run_testFunction(output):
        with open(output,"w") as f:
            f.write("it's working!\n")

if args.feature:
    pipeline_printout(sys.stdout, run_testFunction, verbose = 6)
else:
    pipeline_run(run_testFunction, verbose = 6)

然后运行以下命令：

python script.py --just_print