如何使用子目录和Ruffus管道

Question

Ruffus管道文档似乎假定一个人的代码和数据位于同一个目录中。所有示例都有输入和输出文件说明符，没有任何相对路径。如果要转换的文件不在当前目录中，那么应该如何修改下面的语法？

@transform(map_dna_sequence,                   # Input = previous stage
        suffix(".sam"),                    #         suffix = .sam
        ".bam")  

Answer 1

Ruffus的最新版本允许您输出到一个新目录：

@transform(map_dna_sequence,           # Input = previous stage
    suffix(".sam"),                    #         suffix = .sam
    ".bam",
    output_dir = "/path/to/a/new_directory")  

否则，您可以使用格式化程序()或regex而不是suffix更改目录。这两种方法都非常强大，但语法却更加复杂.

顺便说一句，这也是一个好主意，张贴在巴菲新闻组。