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我对UBUNTU和Mothur都是新手。我正在尝试安装从https://github.com/mothur/mothur/releases (Mothur.linux_64.zip)下载的39.5 Mothur版本。我跟踪了Mothur公司提供的安装管道： cd mothur
unzip ..我进入了文件，我找不到任何制作文件(Blast，CatchAllCmdL.exe
浏览 0提问于2018-04-04得票数 2
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我用mothur构建了一棵树，它生成了一个newick格式的文件，这是树文件：当我尝试使用import_mothur我使用了不同的数据集(序列数据)，但在mothur中使用了相同的方法，这是可行的。我就是不明白这个文件哪里错了？
谢谢！
浏览 2修改于2017-09-15得票数 2
启动Mothur教程(). 但是从一开始，当我在mothur*中创建“make.file”(错误命令如下所示)时，我收到了一些错误消息。我改变了参数，但结果是阴性的。我如何解决这个问题？****mothur > make.file(inputdir=MiSeq_SOP, type=fastq, prefix=stability)
Setting input directory to:
浏览 3修改于2018-01-03得票数 0
2回答
目前正在尝试安装一个名为Mothur的程序。下面是用于linux/unix https://www.mothur.org/wiki/Installation的安装管道：mkdir mothurmakemake: *** No targets specified and no makefile found. Stop.在本教程的进一
浏览 0修改于2016-12-21得票数 0
-maxdepth 1 -not -name '$name_fasta' -not -name letsgo.sh -delete'
temp=$path_mothur'mothur #set.dir
浏览 1提问于2013-03-19得票数 3
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如果我在终端中使用命令行调用R，然后执行system("mothur")。但是，如果在R脚本中(在RStudio上)执行相同的命令，我会得到：sh: mothur: command not found。
在这两种情况下，当前工作目录都是相同的。
浏览 3修改于2017-09-15得票数 1
因为到目前为止的分析是在Mothur中进行的，所以我不能使用biom作为输入( biom版本之间的不兼容，这一点我事先就知道了)。我将我的mothur biom文件转换为tsv文件，如下所示：biom convert -i *biom -o otu_table.txt --header-key taxonomy --table-type
浏览 6修改于2017-09-15得票数 0
/basecall/demultiplex/{sample_demultiplex}/{sample_runid}.fastq" outdirectory+"/mothur
浏览 1提问于2022-04-28得票数 1
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我最近刚刚开始在win7中使用powershell，以便为程序mothur生成类似于管道的脚本。在我使用ubuntu中的bash脚本来做这件事之前。
浏览 5修改于2017-09-15得票数 0
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//小编辑：
因为我已经有了一个分类法文件和一个丰富的OTU表，所以我认为可以使用mothur命令来创建一个
浏览 0修改于2017-09-15得票数 2
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MODULESHOME="/usr/share/Modules"declare -x PATH="/usr/local/cuda-5.5/bin:/opt/mothur
浏览 0修改于2014-08-06得票数 2
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