问R:调用系统命令
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Stack Overflow用户

提问于 2014-11-06 00:12:01

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我试图使用system命令从R代码中调用一个可执行文件。如果我在终端中使用命令行调用R，然后执行system("mothur")。但是，如果在R脚本中(在RStudio上)执行相同的命令，我会得到：sh: mothur: command not found。

在这两种情况下，当前工作目录都是相同的。

我是否需要以不同的方式调用该命令？

谢谢!

发布于 2020-10-13 20:08:22

我很难在自己的系统上复制这个问题，但我认为答案是调用which并使用输出打开应用程序。如果which在系统命令行中使用时提供了正确的路径，这应该是可行的：

system("$(which mothur)")

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https://stackoverflow.com/questions/26761843

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