回答情况：
提问时间：
问题标签：
如何转换TCGA RNA normalized_count为GTEx计算的TPM值。现在，GTEx上的TPM值比TCGA值小得多。我在BigQuery上看到的表是： `isb-cgc.TCGA_hg19_data_v0.RNAseq_Gene_Expression_UNC_RSEM` 和 `isb-cgc.GTEx_v7.gene_tpm
浏览 42提问于2019-02-02得票数 1
1回答
我在处理TCGA数据时遇到了很多麻烦，如何制作一个热图？a <- c(1,2,2)c <- c(881,5,5)colnames(wd) <- c("TCGA-55-8615-01A","TCGA-97-8177-01A","TCGA-86-8674-01A")
rownames(wd) <- c("UPK3B",&quo
浏览 2提问于2022-08-08得票数 0
回答已采纳
1回答
我正在尝试下载TCGA数据，但我得到了以下错误：library("TCGAbiolinks")library(maftools)#maf <
浏览 6修改于2020-01-28得票数 1
我的tcga数据的条形码，行名，看起来像这样。我想使用for循环将其更改为此表单。-> TCGA.4P.AA8J.01Afor (x in rownames(df)) {
r <-c(substr(gsub("-","."
浏览 4提问于2022-10-02得票数 0
我有一个以TCGA患者ID作为列名的数据集。我想要做的是去掉名字的后半部分，但保留名字的前部份。我的数据：我想保留的列名如下：
GeneID | TCGA-3
浏览 0修改于2018-08-08得票数 0
回答已采纳
标题或列名是TCGA示例代码。示例代码如下所示：
TCGA.3L.AA1B.01A.11R.A37K.071 ?|100134869 15.764
浏览 0修改于2019-01-29得票数 2
正如标题中提到的，TCGA2STAT R package在windows中不起作用。(用于从broad服务器下载压缩的TCGA数据)错误:系统中未安装TAR。数据解压缩失败。
浏览 30修改于2018-06-09得票数 0
回答已采纳
这两个数据集通过TCGA in关联，每个数据集都包含匹配的in，但是原始计数数据有几个与元数据中不匹配/不存在的“额外”TCGA in。counts length = 552，meta length = 501我需要以相同的顺序获取元数据和原始计数数据，并使数据集包含匹配的TCGA ID，并删除不匹配的ID/样本。我一直在尝试使用，match和% in %的不同方法来完成这项工作，我可以确定原始计数数据与元数据不具有相同TCGA ID的位置，但无法理解如何获取原始计数并删除与元数据中的样本不匹配的ID&
浏览 7提问于2021-01-27得票数 0
"TCGA.02.0026.01", "TCGA", "TCGA.02.0104.01", "TCGA.02.0114.01",
&quo
浏览 9修改于2022-06-20得票数 0
回答已采纳
类似以下单基因高表达的生存曲线，我想获得双基因高表达的生存曲线，请你百忙之中指教一下，感谢
浏览 413提问于2019-08-29
, 'TCGA-2Z-A9J3-01A': 0.553849599144766, 'TCGA-2Z-A9JE-01A': 0.0734337852294042, 'TCGA-
浏览 7修改于2022-07-22得票数 0
", "TCGA.02.0084.01", "TCGA.02.0087.01", "TCGA.02.0104.01",
"TCGA.02.0114.01", "TCGA.02.0281.01", "TCGA", "TCGA.08.0359.01", "TCGA.08.0385.01"
浏览 6修改于2022-07-05得票数 1
回答已采纳
TCGA.G2.A2EF.01 <dbl>, TCGA.BT.A42C.01 <dbl>, TCGA.FD.A62O.01 <dbl>,# TCGA</
浏览 1修改于2019-04-09得票数 1
", "TCGA.02.0014.01", "TCGA.02.0016.01", "TCGA.02.0021.01",
"TCGA.02.0023.01", "TCGA.02.0024.01", "TCGA", "TCGA.02.0089.01", "TCGA.02.0099.01"
浏览 1提问于2022-06-18得票数 -1
回答已采纳
1回答
", "TCGA.02.0084.01", "TCGA.02.0087.01", "TCGA.02.0104.01",
"TCGA.02.0114.01", "TCGA.02.0281.01", "TCGA", "TCGA.08.0359.01", "TCGA.08.0385.01"
浏览 3提问于2022-06-21得票数 0
回答已采纳
2回答
-6487" "TCGA-BA-5153" "TCGA-CR-6481" "TCGA-BB-4223" [9] "TCGA-CR-7385" &quo
浏览 2修改于2014-06-09得票数 0
.11A=698.5818,TCGA.DD.A1EB.01A=1625.094,TCGA.DD.A1EG.11A=409.9332,"TCGA.DD.A1EB.01A","TC
浏览 2修改于2017-09-24得票数 0
回答已采纳
我试图使用以下形式的数据完成一项任务(生物信息学，TCGA数据)：
df = pd.DataFrame({'ID':['TCGA-AB-0001','TCGA-AB-0001','TCGA-AB-0001','TCGA-AB-0001','TCGA-AB-0002','TCGA-AB-0002','TCGA</em
浏览 2提问于2016-06-01得票数 2
回答已采纳
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号