如何在dataframe中裁剪部分列名(TCGA患者ID)

Question

我有一个以TCGA患者ID作为列名的数据集。我想要做的是去掉名字的后半部分，但保留名字的前部份。我的数据：

GeneID        | TCGA-3L-AA1B-01A-11R-A37K-07   | TCGA-4N-A93T-01A-11R-A37K-07 | TCGA-4T-AA8H-01A-11R-A41B-07
------------- | -------------------------------| -----------------------------|------------------------------
100130426     | 0.5174                         | 0.0000                       |0.0000
100133144     | 18.0851                        | 4.4315                       |9.8995

我想保留的列名如下：

GeneID        | TCGA-3L-AA1B-01A               | TCGA-4N-A93T-01A             | TCGA-4T-AA8H-01A
------------- | -------------------------------| -----------------------------|------------------------------
100130426     | 0.5174                         | 0.0000                       |0.0000
100133144     | 18.0851                        | 4.4315                       |9.8995

非常感谢!

Answer 1

您也可以使用strsplit

names(df)[-1] <- sapply(strsplit(names(df)[-1], "-"), function(x) paste0(x[1:4], collapse = "-"))
df
#     GeneID TCGA-3L-AA1B-01A TCGA-4N-A93T-01A TCGA-4T-AA8H-01A
#1 100130426           0.5174           0.0000           0.0000
#2 100133144          18.0851           4.4315           9.8995

样本数据

df <- read.table(text =
    "100130426      0.5174                          0.0000                       0.0000
100133144      18.0851                         4.4315                       9.8995", header = F)
names(df) <- c("GeneID", "TCGA-3L-AA1B-01A-11R-A37K-07", "TCGA-4N-A93T-01A-11R-A37K-07", "TCGA-4T-AA8H-01A-11R-A41B-07")

Answer 2

你可以：

names(df) <- substr(names(df),1,16)

或

names(df) <- sub("-[^-]+-[^-]+-[^-]+$","",names(df))