TCGA和GTEX RNA的TPM

Question

如何转换TCGA RNA normalized_count为GTEx计算的TPM值。现在，GTEx上的TPM值比TCGA值小得多。

我在BigQuery上看到的表是：

`isb-cgc.TCGA_hg19_data_v0.RNAseq_Gene_Expression_UNC_RSEM`

和

`isb-cgc.GTEx_v7.gene_tpm`

谢谢，伊拉兰

Answer 1

要在两个刻度之间进行转换，您需要原始读取计数。对于TCGA数据，表isb-cgc:TCGA_hg38_data_v0.RNAseq_Gene_Expression中的hg38数据集提供了原始读取计数。ISB-CGC目前正在更新TCGA hg19 RNAseq表，以包含原始读取计数。ISB-CGC还将向v8提供更新后的GTEx表。