TCGA2STAT R包在windows中无法工作:如何解决？

Question

正如标题中提到的，TCGA2STAT R package在windows中不起作用。(用于从broad服务器下载压缩的TCGA数据)

当我运行getTCGA函数时，出现以下错误：

错误:系统中未安装TAR。数据解压缩失败。

我试图安装cygwin，Rtools，7zip等基于互联网搜索结果，但他们都没有工作。

我不知道Windows本身是否有问题。

除了在Linux上运行之外，还有其他解决方案吗？

提前谢谢你。

BH Kim

Answer 1

如果安装了Rtools，则可能只需要显式设置Rtools安装的路径，例如

Sys.setenv(R_GZIPCMD ="C:\\Rtools\\bin\\gzip")
Sys.setenv(TAR ="C:\\Rtools\\bin\\tar")

这也可能有助于检查

Sys.which("tar")

查看是否有其他版本的tar可能存在冲突