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我正在尝试使用nextflow管道从deeptool中进行条纹打印(BamCoverage)。当我输入bam文件并运行脚本时。它说我没有索引文件。错误: E::idx_find_and_load无法检索'Kasumi_NCOR1.genome.sorted.bam‘的索引文件E::idx_find_and_load无法检索'Kasumi_NCOR1.genome.sorted.bam’的索引文件'Kasumi_NCOR1.genome.sorted.bam‘似乎没有索引。您必须先对文件进行索引！ process fingerprint_cov {
publi
浏览 43修改于2021-01-03得票数 1
我的一个实习生试图使用deeptools的bamCoverage函数，但它抛出了一个'/my/dir/data.bam' file does not exist错误，尽管文件在那里。我也尝试过使用conda在我的主目录中安装deeptools，但也出现了同样的错误。
编辑:显然，这只是一个文件的问题。bamCoverage将处理其他数据文件。如果deeptools能告诉你“找不到文件”，那就太好了……
浏览 15修改于2020-06-22得票数 4
这里只是冲突的例子：
Examining conflict for bedtools deeptools seacr python bowtie2 samtools ucsc-bedgraphtobigwigucsc-bedsort homerExamining conflict for bedtools deeptools samtools seacr: 15%|█▌ | 2/13 [00:06<00:17, 1.60s/it] Examining conflict for bedtools <em
浏览 10修改于2021-03-04得票数 0
linux-gnu-python2.7-config我在python3.9下安装了深度工具$ cd deepTools
$ python3.9 setup.py install
浏览 0修改于2021-03-09得票数 0
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我试图在Python3.7和2.7的deeptools提示符下安装。2.7 $ conda config --add channels bioconda
$ conda install -c bioconda deeptools='>=2.1.1|>=3.0.0'] Package pybigwig conflicts for: deeptools -> pybigwig[version='>=0.2.3'] Packa
浏览 7修改于2019-10-30得票数 2
"C"LC_ADDRESS="C"LC_MEASUREMENT="C"LC_ALL=C<class 'str'> File "/share/apps
浏览 1提问于2018-04-25得票数 1
1回答
RUN conda install -c bioconda bowtie2 fastqc samtools ucsc-bedsort ucsc-bedgraphtobigwig bedtools deeptools
浏览 63提问于2021-03-24得票数 1
下面是一个示例(这两条规则在结尾处使用相同的命令)：def bamcov_cmd():
return( (deepTools_path+"bamCoverage " +
浏览 6提问于2017-07-21得票数 1
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1.11.5conda==4.5.11cycler==0.10.0decorator==4.3.0
deepTools
浏览 2修改于2018-09-26得票数 1
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