构建Docker镜像

Question

我正在尝试使用Dockerfile构建我自己的docker镜像。但是，Docker镜像有问题。这是我的dockerfile。第一次，它说成功构建了镜像；然而，一些包不工作(错误，如权限被拒绝和命令找不到)，所以我决定删除所有的镜像和容器来重建这个镜像。它一直在说使用缓存而不是重新安装所有的包。当我使用这个docker时，它一开始就失败了。

FROM ubuntu:18.04
ENV PATH="/root/miniconda3/bin:${PATH}"
ARG PATH="/root/miniconda3/bin:${PATH}"
RUN apt-get update

RUN apt-get install -y wget && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

RUN wget \
    https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh \
    && mkdir /root/.conda \
    && bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b \
    && rm -f Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
RUN conda --version

RUN conda config --add channels defaults

RUN conda config --add channels bioconda

RUN conda config --add channels conda-forge

RUN conda install -c bioconda bowtie2 fastqc samtools ucsc-bedsort ucsc-bedgraphtobigwig bedtools deeptools homer seacr

Answer 1

就像评论中的其他人所说的那样，您的Dockerfile构建正确，并且应该可以使用docker run按预期工作。我有一些使用Nextflow构建和运行Docker容器的经验，所以我想我应该分享一下我构建容器的经验，该容器包含运行您的工作流所需的所有包。

首先，考虑将所需的包移动到environment.yml文件中。这将有助于将项目的所有依赖项保存在一个位置：

name: my-awesome-project
channels:
  - bioconda
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - bowtie2
  - fastqc
  - samtools
  - ucsc-bedsort
  - ucsc-bedgraphtobigwig
  - bedtools
  - deeptools
  - homer
  - seacr

其次，考虑从continuumio/miniconda3构建Dockerfile文件

FROM continuumio/miniconda3:4.9.2

RUN apt-get update \
    && apt-get install -y procps \
    && apt-get clean -y \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

COPY environment.yml /

RUN conda env create -f /environment.yml \
    && conda clean -a

ENV PATH /opt/conda/envs/my-awesome-project/bin:$PATH

COPY install_packages.R /
COPY bed_convert.R /
COPY cut_tag_fingerprint_cmd.R /

RUN Rscript install_packages.R
CMD ["Rscript", "bed_convert.R"]
CMD ["Rscript", "cut_tag_fingerprint_cmd.R"]

最后，将Conda和Docker的配置文件添加到nextflow.config文件中。也许下面这样的内容就足够了：

process.container = 'my-awesome-project:v1.0'

profiles {
  conda { process.conda = "${baseDir}/environment.yml" }
  docker { docker.enabled = true }
  singularity { singularity.enabled = true }
}