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- 来自专栏生信修炼手册
使用deeptools查看reads分布特征
在chip_seq数据分析中，通常会对peak区域在基因组上的分布进行探究，查看其分布是否存在规律，比如是否在转录起始位点，或者转录终止位点附近存在富集，此时我们可以通过deeptools这个工具来实现
4.5K10发布于 2019-12-19 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
bam格式转bigWig
而deeptools中的bamCoverage可以方便的实现这个功能。 ? 1. 安装 conda或者pip安装： conda install -c bioconda deeptools # 或者 pip install deeptools github源代码安装： git clone https://github.com/deeptools/deepTools.git wget https://github.com/deeptools/deepTools/archive/1.5.12 .tar.gz tar -xzvf python setup.py install --prefix /User/Tools/deepTools2.0 一定要注意一下的依赖包必须满足要求： ?
7.5K30发布于 2020-07-22 - 来自专栏生信修炼手册
bigwig归一化方式详解
在deeptools中，提供了多种归一化方式 1. (per bin) = number of reads per bin / (number of mapped reads (in millions) * bin length (kb)) 用法如下 deeptools CPM CPM的公式如下 CPM (per bin) = number of reads per bin / number of mapped reads (in millions) 用法如下 deeptools BPM BPM的公式如下 BPM (per bin) = number of reads per bin / sum of all reads per bin (in millions) 用法如下 deeptools coverage scaling factor = (total number of mapped reads * fragment length) / effective genome size 用法如下 deeptools
4.5K10发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信修炼手册
chip_seq质量评估之计算样本间的相关性
deeptools是一款非常好用的工具，提供了很多有用的功能，本文主要介绍如何使用deeptools来计算样本间的相关性，并进行可视化，主要分为以下两个步骤 1. 通常通过样本的表达谱来计算样本间的相关性，对于chip-seq等没有明确定量结果的数据，通常的策略是将基因组划分为等长的区间，称之为bin, 计算每个区间内的覆盖度，然后通过比较不同样本间的覆盖度来计算样本相关性，借助deeptools 通过deepTools,可以很方便的对生物学重复的一致性进行评估。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
2K10发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信技能树
lncRNA组装流程的软件介绍之bamCoverage
下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 bamCoverage是deeptools下的一个工具，主要用于BAM转换为bigWig deeptools是基于Python开发的一套工具，用于处理诸如 工具主要用途： - BAM和bigWig文件处理 - 质量控制 - 热图和其他描述性作图 - 其他 一、软件安装 使用conda安装 conda install deeptools 二、bamCoverage filterRNAstrand {forward, reverse}: 仅统计指定正链或负链 --region/-r CHR:START:END: 选取某个区域统计 #为了其他结果进行比较，还需要进行标准化，deeptools
3.4K50发布于 2021-07-06 - 来自专栏基因组
Chip-seq上游分析流程学习(四)
deeptools可视化多样本分析使用multiBamSummary、plotCorrelation和plotPCA三个模块。 /deeptools/treat_results.npz -o . /deeptools/treat_results.npz -o . /deeptools/treat_results.npz -o . /deeptools/pca.pdfmultiBamSummary: 这是 deepTools 提供的一个工具，用于计算多个 BAM 文件的 reads 覆盖情况。
1.1K10编辑于 2024-11-21 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
比较bigwig文件的相似程度
bigwigCompare是Deeptools组件中的一个，可以（通过比对上的reads）比较两个bigWig文件的差别。 工具说明：https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/tools/bigwigCompare.html
1.5K20发布于 2020-09-08 - 来自专栏生信技能树
表观调控13张图之五chip-seq数据直接的相关性
我们可以通过使用 deeptools 将全基因组分成若干个 xx bin 长度的区间。 不合并样本，检测样本相关性 在 linux 环境下得到矩阵（也可以出图，但是我们一般是只要数据，图自己画） # https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content /tools/multiBigwigSummary.html # https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/tools/plotCorrelation.html
2.7K20发布于 2020-02-13 - 来自专栏生信技能树
【直播】我的基因组 44:比对文件画profile和heatmap图
【直播】我的基因组 35：bam格式转化为bw格式看测序深度分布 我这里会采用deeptools这个软件来探究测序数据关于各种genomic feature的profile和heatmap，安装deeptools
1.8K70发布于 2018-03-08 - 来自专栏天意云&天意科研云&天意生信云
导师：不会用ChatGPT复现SCI图表，不要进我的实验组
使用的工具包括bowtie2、samtools和deepTools。bowtie2的索引文件位于“../data/indx/bowtie2_whole_genome/”文件夹中，前缀为“hg38”。 Tools to use: bowtie2, samtools, and deepTools. The index for bowtie2 is in the folder “.. $FASTQ2 | samtools sort -@ $CPUS -o ENCFF000AVS_10m.bam # Convert BAM files to bigWig format using deepTools
18700编辑于 2025-03-06 - 来自专栏生信技能树
【直播】我的基因组 35：bam格式转化为bw格式看测序深度分布
Format ：http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/bedgraph.html 这3种文件格式都是UCSC规定的，所以它提供了系列工具进行互相转换， 我这里用deeptools bamCoverage -b P_jmzeng.filter.rmdup.realgn.bam -o P_jmzeng.filter.rmdup.realgn.bw 关于这个软件的用法及安装方法，见我博客：deeptools
8K110发布于 2018-03-08 - 来自专栏生信修炼手册
自己动手计算TSS Enrichment score
deeptools就是采用了上述策略，用法如下 ? 相比deeptools,在计算coverage的过程中进行了归一化，核心代码如下 ? 归一化之后，绘制的分布图曲线更加的平滑。
5K20发布于 2020-05-07 - 来自专栏生信修炼手册
chip_seq质量评估之查看抗体富集效果
chip_seq通过抗体来富集基因组上的部分区域，抗体富集的效果直接绝对了实验的成败, 借助deeptools中的plotFringerprint命令，可以有效评估和查看抗体富集效果。 那么一个好的抗体处理结果应该是什么样子呢，在deeptools的官网上给了示例 ?
1.3K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
CUT&Tag 数据处理和分析教程（9）
为此，将利用 deepTools 软件包中的 computeMatrix 和 plotHeatmap 函数来绘制热图。 先生成一个新的 bed 文件，把中点信息放在第六列，然后使用 deeptools 来进行热图可视化。
81110编辑于 2025-05-10 - 来自专栏简说基因
使用 ChatGPT 为生物信息学初学者赋能
Tools to use: bowtie2, samtools, and deepTools. The index for bowtie2 is in the folder “.. Tools to use: bowtie2, samtools, and deepTools. The index for bowtie2 is in the folder “..
22710编辑于 2024-12-27 - 来自专栏生信技能树
ATAC-seq实操
这个环境下面 conda install -y sra-tools conda install -y trim-galore samtools bedtools conda install -y deeptools 首先把bam文件转为bw文件，详情：http://www.bio-info-trainee.com/1815.html cd ~/project/atac/deeptools_result #source activate atac # 由于原本电脑存在deeptools所以就没必要激活了 #ls *.bam |xargs -i samtools index {} ls *last.bam |while 查看基因body的信号强度,创建07_deeptools_Body.sh #source activate atac mkdir Body cd ~/project/atac/Body computeMatrix scale-regions -p 15 \ -R ~/project/atac/mm10_Refgene/Refseq.bed \ -S ~/project/atac/deeptools_result
7.6K22发布于 2018-11-05 - 来自专栏简说基因
使用 ChatGPT 为生物信息学初学者赋能
Tools to use: bowtie2, samtools, and deepTools. The index for bowtie2 is in the folder “.. Tools to use: bowtie2, samtools, and deepTools. The index for bowtie2 is in the folder “..
30910编辑于 2024-01-29 - 来自专栏生信宝典
ChIP-seq基本分析流程
TCGA, ICGC) ICGC数据库使用 TCGA数据库在线使用 下面步入正题，这套流程从ChIP-实验、测序注意事项、测序深度，到分析整体流程，再到每一步如序列比对，富集效率评估、热图、峰图可视化，deeptools2
1.6K100发布于 2018-03-30 - 来自专栏生信修炼手册
chip_seq质量评估之coverage分析
peak calling的核心是比较input和抗体处理样本基因组区域测序深度分布的差异，所以样本的测序深度分布可以作为质控的一个标准，本文介绍如何通过deeptools来绘制样本测序深度分布图。
1.2K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏简说基因
一键分析ChIP-seq数据
可以参照如下网站： https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content/feature/effectiveGenomeSize.html 该网站上计算好了常见基因组的有效大小
76310编辑于 2024-06-25
腾讯云开发者
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