Deeptools找不到存在的文件

Question

我的一个实习生试图使用deeptools的bamCoverage函数，但它抛出了一个'/my/dir/data.bam' file does not exist错误，尽管文件在那里。

根据this thread的说法，这可能是pysam或python的问题。两者都是完全最新的。你知道我如何进一步调查pysam或python IO的问题吗？

所有这些都发生在我们团队使用的服务器上。会不会是python的用户会话路径有问题？

作为参考，下面是我在bash终端中运行的代码。这很基本：

my.name@server:/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG$ bamCoverage -p 8 -b /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam -o /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG/G0-G00.Inputs.RPGC.bw --normalizeUsing RPGC --effectiveGenomeSize 2913022398 -bs 10
The file '/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam' does not exist  
my.name@server:/mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BIGWIG$ ll /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam
-rwxr-xr-x 1 my.name bioinfo 4171366400 juin  22 10:14 /mnt/data1/my.name/PROJET_X/DATA/BAM_sort/G0-G00.Inputs.sorted.bam

在过去的一年里，我大概用了这行代码100次，但是现在它找不到这个文件了。

我也尝试过使用conda在我的主目录中安装deeptools，但也出现了同样的错误。

编辑:显然，这只是一个文件的问题。bamCoverage将处理其他数据文件。如果deeptools能告诉你“找不到文件”，那就太好了……

Answer 1

看看这里运行的是什么代码会很有帮助-请提供一个minimal reproducible example，如果可能的话，包括完整的输出/错误。

现在，对于常见问题，我可以想出4种可能的解决方案：

• 如注释中所述，提供完整路径可能是一种解决方案。你可以通过在存储文件的文件夹中使用Windows命令来获得完整的路径，然后在string.
• Another的末尾添加文件名对于相对(本地)路径有时有帮助的是以“.”开始路径，所以路径应该是这样的:我遇到的问题(主要是当在环境中运行时)是必须使用反斜杠来代替:为了完整性起见，我将在这里提到这一点，特别是对于初级程序员。经常错误地提供没有逗号的路径(使其成为字符串)，但这里似乎不是这样。

希望这能有所帮助！