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('gs://deepvariant/models/DeepVariant/0.7.0/DeepVariant-inception_v3-0.7.0+data-wes_standard')
2-使用哪个MODEL=gs://deepvariant/models/DeepVariant/0.7.0/DeepVariant-inception_v3-0.
浏览 4修改于2020-10-05得票数 0
我有一个HG19对齐的BAM，我希望为它生成一个DeepVariant VCF。我使用samtools来提取报头，并确保hg19引用的FASTA索引包含相同的重叠群和位置。我最初的目标是使用以下模型和区域在此WGS BAM上仅运行一个exome模型： MODEL=gs://deepvariant/models/DeepVariant/0.7.2/DeepVariant-inception_v3MODEL=gs://deepvariant
浏览 36修改于2021-01-03得票数 0
导致错误的规则使用奇点来调用带有DeepVariant的变量：rule deepvariant_call:
input:'singularity exec --bind /srv/gsfs0 --bind /labs/jandr/walter/ /home/kwalter/.singularity/shub/deepvariant-
浏览 7提问于2020-02-04得票数 0
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我想从deepvariant运行call_variants.py。我花了好几个小时安装cuda，tensorflow等等。不幸的是，我遇到了一个问题，我不知道该怎么办。__version__)'
浏览 584修改于2020-12-09得票数 0
BIN_VERSION="1.0.0"DATA_HTTP_DIR="https://storage.googleapis.com/deepvariantquickstart-output"
-v "${INPUT_DIR}":"/input" \
-v "${OUTPUT_DIR}":
浏览 1提问于2020-09-23得票数 0
OUTPUT_DIR="${PWD}/quickstart-output"BIN_VERSION="1.4.0"
singularity run \ /opt/deepvariant<
浏览 18提问于2022-08-26得票数 0
我对snakemake相对来说是个新手，而且我很难适应分散收集的DeepVariant工作流到snakemake规则。
在最初的Snakefile中，我想将第一步分散到集群中。DeepVariant使用*.00001-of-00256.这很好，它恰好解决了我原来的问题，但这只是因为DeepVariant容忍在命令行传递的shard参数的零填充。是否有允许我将格式应用于通配符的解决方案？
浏览 3修改于2020-07-11得票数 4
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@instance:~/bucket-name/subfolder$ docker run -it -v /home/user/bucket-name:/mnt/bucket-name gcr.io/deepvariant-docker/deepvariant
docker: Error response from daemon: error while creating mount source path '/home/user/
浏览 0修改于2020-06-20得票数 3
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