在运行Docker脚本时未找到文件，但在另一个Docker脚本中找到了该文件

Question

我正在尝试运行一个由谷歌发布的docker中的脚本。我使用的命令将一些数据文件挂载到docker的一个名为'/input‘的文件中(在docker内部)。当我运行脚本时，它告诉我它找不到输入文件。但是，我使用了-v标志，并且我运行了一个脚本来确保输入文件在那里(在docker中)。所以总而言之-当我运行

find /input -name "*.fasta"

它输出：

/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta

，但当我运行脚本时，它会显示

./dv-quick-start: 19: ./dv-quick-start: --ref=/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta: not found

完整的脚本：

#!/bin/sh
BIN_VERSION="1.0.0"
INPUT_DIR="${PWD}/quickstart-testdata"
DATA_HTTP_DIR="https://storage.googleapis.com/deepvariant/quickstart-testdata"
OUTPUT_DIR="${PWD}/quickstart-output"

sudo docker run \
  -v "${INPUT_DIR}":"/input" \
  -v "${OUTPUT_DIR}":"/output" \
  google/deepvariant:"${BIN_VERSION}" \
  find /input -name "*.fasta"

sudo docker run \
  -v "${INPUT_DIR}":"/input" \
  -v "${OUTPUT_DIR}":"/output" \
  google/deepvariant:"${BIN_VERSION}" \
  /opt/deepvariant/bin/run_deepvariant \
  --model_type=WGS \ **Replace this string with exactly one of the following [WGS,WES,PACBIO,HYBRID_PACBIO_ILLUMINA]**
  --ref=/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta \
  --reads=/input/NA12878_S1.chr20.10_10p1mb.bam \
  --regions "chr20:10,000,000-10,010,000" \
  --output_vcf=/output/output.vcf.gz \
  --output_gvcf=/output/output.g.vcf.gz \
  --intermediate_results_dir /output/intermediate_results_dir \ **This flag is optional. Set to keep the intermediate results.

完整输出：

/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta
--ref is required.
Pass --helpshort or --helpfull to see help on flags.
./dv-quick-start: 19: ./dv-quick-start: --ref=/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta: not found

我觉得有一些误会，我非常感谢任何人的帮助。如果需要更多信息来回答这个问题，请让我知道。

Answer 1

您的shell脚本中有一些无关紧要的文本，这会导致问题。删除"replace this string“和"this flag is optional”文本以及它们前面的所有空格，使\成为这些行的最后一个字符。

在shell脚本中，您可以使用\将命令分成多行。但是，\必须是该行中的最后一个字符；如果不是，它将转义它后面的字符。

# one line: ls -al $HOME
ls -al \
  $HOME

# two lines: ls -al " " more text here; $HOME
ls -al \    more text here
  $HOME

在您的示例中，您将一些解释性文本留在

sudo docker run \
  ...\
  --model_type=WGS \ **Replace this string with exactly one of the following [WGS,WES,PACBIO,HYBRID_PACBIO_ILLUMINA]**

# This is seen as a separate command
  --ref=/input/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta \
  ...

因为“替换这个字符串...”文本使\不是该行的绝对最后一个字符，它会导致shell中断命令。然后，您将获得两个命令，一个不带--ref选项的docker run命令，以及一个尝试将--ref=...作为单独命令运行的命令；这与您得到的两个错误相对应。