将奇点-which目录中的文件夹挂载

Question

我的奇点程序输入文件没有被识别(没有找到)，我认为这是因为目录没有在奇点内挂载。

我知道这个命令可以设置挂载，但是我不确定要挂载哪些文件夹。

export SINGULARITY_BIND="/somefolder:/somefolder"

我如何知道哪些文件夹应该在SINGULARITY_BIND中的":“签名之前和之后？

我已经确定：

  SINGULARITY_CACHEDIR=/mnt/scratch/username/software

我的奇点被储存在那里。

我的完整剧本：

export SINGULARITY_CACHEDIR=/mnt/scratch/username/software
export SINGULARITY_BIND="/home/username:/mnt/scratch/username"
OUTPUT_DIR="${PWD}/quickstart-output"
INPUT_DIR="${PWD}/quickstart-testdata"
BIN_VERSION="1.4.0"

# Run DeepVariant.
singularity run \
  docker://google/deepvariant:"${BIN_VERSION}" \
  /opt/deepvariant/bin/run_deepvariant \
--model_type=WGS \ **Replace this string with exactly one of the following [WGS,WES,PACBIO,HYBRID_PACBIO_ILLUMINA]**
  --ref="${INPUT_DIR}"/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta \
  --reads="${INPUT_DIR}"/NA12878_S1.chr20.10_10p1mb.bam \
  --regions "chr20:10,000,000-10,010,000" \
  --output_vcf="${OUTPUT_DIR}"/output.vcf.gz \
  --output_gvcf="${OUTPUT_DIR}"/output.g.vcf.gz \
  --intermediate_results_dir "${OUTPUT_DIR}/intermediate_results_dir" \ **Optional.
  --num_shards=1 \ **How many cores the `make_examples` step uses. Change it to the number of CPU cores you have.**

我的错误：

singularity.clean.sh: line 23: --ref=/home/username/scratch/username/software/quickstart-testdata/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta: No such file or directory

Answer 1

如果要绑定挂载当前工作目录，可以使用--bind $(pwd)。如果要绑定挂载主目录，可以使用--bind $HOME (注意，奇点默认挂载主目录)。有关更多信息，请参见奇点文档。

基于您的INPUT_DIR和OUTPUT_DIR，您似乎可以绑定当前工作目录。要做到这一点，请使用--bind $(pwd)。注意，这个参数位于奇异容器的名称之前。

为了安全起见，还可以使用--pwd $(pwd)将容器中的工作目录设置为主机上的当前工作目录。

OUTPUT_DIR="${PWD}/quickstart-output"
INPUT_DIR="${PWD}/quickstart-testdata"
BIN_VERSION="1.4.0"

singularity run --bind $(pwd) --pwd $(pwd) \
  docker://google/deepvariant:"${BIN_VERSION}" \
  /opt/deepvariant/bin/run_deepvariant \
    --model_type=WGS \
    --ref="${INPUT_DIR}/ucsc.hg19.chr20.unittest.fasta" \
    --reads="${INPUT_DIR}/NA12878_S1.chr20.10_10p1mb.bam" \
    --regions "chr20:10,000,000-10,010,000" \
    --output_vcf="${OUTPUT_DIR}/output.vcf.gz" \
    --output_gvcf="${OUTPUT_DIR}/output.g.vcf.gz" \
    --intermediate_results_dir "${OUTPUT_DIR}/intermediate_results_dir" \
    --num_shards=1

--bind参数的语法是path-on-host:path-in-container。使用--bind path是--bind path:path的缩写，这意味着源路径作为容器中的相同路径挂载。这可能非常有用，因为不需要重写路径并考虑容器的目录。