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从三维数组中获取和保存二维切片的问题
我试图保存用以下代码切片的
3D
数组的2D切片:import numpy as np from nibabel.testing import data_path我需要2D数组才能将我的图像插入到一个自动的
肺
血管分割
模型
中,但我只有
3D
图像,有没有办法从上述
3D
图像中获取所有的切片而不是手工切片(就像我试图做的那样?)
浏览 4
提问于2022-01-13
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回答
3D
图像旋转的方式是错误的,使用numpy或skimage。
尝试使用numpy.rot90或skimage.transform.rotate旋转我的
肺
CT三维扫描图像,这些图像只包含感兴趣的
肺
区域,意味着它包含一些背景为黑色的白点,旋转如下所示:rot_img = np.flipud(reg_intereset_np_arr1) 我的问题是,每一种方法都反转点和背景色,使图像白色背景与黑点。
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修改于2018-11-14
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回答
ITK/SimpleITK DICOM系列加载顺序错误/切片间距错误
1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.5168.1900.124239320067253523699285035604/1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.5168.1900.952127023780097934747932279670 间距被读取为30而不是2.9,并且
3D
图像在两个
肺
切片之间有脑切片
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修改于2016-12-09
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回答
Hounsfield单位可以转移吗?
我引用 % Convert into <
浏览 1
修改于2019-06-19
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回答
CNN
模型
中使用多层时的内存错误
在我的戴尔核心i7 -16 4gb内存-4GB 960兆GPU笔记本电脑上,我正在进行一个使用
3d
CNN对
肺
CT图像进行分类的项目。我在使用CPU版本的tensorflow。我的CNN
模型
有两个conv层,两个最大池层,一个FC层和输出层。使用这种架构,我可以使用大约(5000到6000)个样本来训练
模型
。在增加了更多的层后,我的
模型
现在有6层,3层最大池层,FC层和输出层.我的问题是,在用1000多个样本更改了体系结构之后,我的内存就被填满了,我得到了内存错误。我有两个问题: 为什么通过增加更多的层,
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修改于2018-10-01
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回答
仅获取肺部的二值图像
我遇到了一个问题,我正在努力制作
肺
的纯二进制掩模,其中像素值在
肺
内是1,在
肺
外是1。我使用了kmeans和otsu以及其他一些方法来分割肺部。我会附上一些例子图片。这是一个
3d
numpy数组的链接。它是所有切片中的一个,所以您可能只想尝试一个切片。 如你所见,
肺
被分割得很好。(图片中间是白色的)。有没有办法让我识别中间的白色斑点(
肺
),并使其外部的每个像素都变黑(0?)如果有人能给我指路,我将非常感激。
浏览 2
修改于2021-02-27
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回答
在ITK中有一个表面构建函数,它返回一个VesselTubeSpatialObject吗?
我想提取
肺
血管和支气管树,我更喜欢更好地代表这些器官几何形状的数据结构,而不仅仅是
3D
点的列表。
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修改于2017-02-09
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2
回答
如何使重叠的图像可悬停和单击?
我正在制作一个人体
模型
,它有特定的器官需要突出显示,并在悬停时到达顶部并可点击。困难的部分,例如:
肺
与心脏重叠,我如何才能使心脏可点击而不把它放在
肺
的上面?
浏览 1
提问于2014-12-26
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回答
前7个不变的Hu矩能扩展到三维吗?
(候选面罩是CT图像中特定
肺
结节/假阳性候选物的
3d
掩模。) 我周围的每个人都在说,胡的时刻只是为2D图像定义的。对文学作品的快速搜索似乎支持了他们。那么,谁能猜到作者们可能在这里做什么呢?(或者胡的时刻实际上可以扩展到
3D
?)
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提问于2016-03-16
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回答
基于matlab的三维数据椭球拟合
我正在做一个
3D
容积 of CT肺部图像,为了检测结节,我需要为每一个疑似结节拟合一个椭球体
模型
,我如何为它做一个代码?这里一片容积CT
肺
图像在这里,另一个体积相同的切片,但它包含一个结节(黄色圆圈,有一个结节),所以我需要我的代码来检查每个形状,以确定它是否是一个结节。
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修改于2018-03-23
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回答
如何保存深度学习模式,并在培训后进行测试?
我用tensorflow编写了一个用于python的CNN
模型
,该
模型
用于对
肺
CT图像(癌症/非癌症)进行分类,经过训练和验证数据训练
模型
并获得合理的准确性,毕竟,我需要用测试数据来测试
模型
,但我不知道如何做到这一点如何保存
模型
并将其用于测试?
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提问于2018-08-14
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回答
计算机视觉:改进兴趣区域分割
我在x射线上运行了一个unet
模型
,用于
肺
区域分割,这个
模型
看起来很好,但是我的数据集不太好看,我正在获得一些缺少部分的结果,如下所示:我的问题是:是否有任何cv操作符,我可以预先准备,使它更平滑一点
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提问于2021-05-14
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1
回答
用于肺癌检测的初始
模型
其主要思想是使用非常深的神经网络,例如使用Inception
模型
。我正在考虑使用Inception
模型
,但似乎这不是一件容易的事情。Image 0 (128, 512, 512)Image 2 (110, 512, 512)128是患者的
肺
切片数这是一个
3D
数组。 但是我发现了一个为MNIST数据集生成Inception
模型
的代码,它的输入图像形状类似于仅用于60000张图像的28*28像素数据的(60000,2
浏览 4
修改于2017-12-26
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回答
如何在Matlab中嵌入传输点?
0.0141 1.1685 0在Matlab2013中,可以轻松地使用imwarp:new_img= imwarp(old_img, Rfixed, tform, 'OutputView', Rfixed); if(~isempty(ii))
浏览 1
修改于2017-05-23
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回答
基于Keras的转移学习用于医学图像分类
我正在尝试从imagenet上的预训练
模型
进行迁移学习,以解决
肺
CT切片的分类任务。 这些切片存储在dicom文件中,因此它们的值在Hounsfield标度中以12位表示。还是强制使用
模型
的preprocess_input?如果preprocess_input是必需的,我如何映射0,255范围内的12位值
浏览 1
修改于2020-06-20
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回答
Rails:在验证过程中(除了例外),抓狂是否不恰当?
你有一个Lung
模型
。在里面,你说:应用程序的用户无法控制是否设置了human_id;应用程序应该是自动的。如果:human_id从来没有出现过,它不会帮助您的用户告诉他们“这个
肺
不依附于人类”,因为您的用户将无法对它做任何事情。是时候让你的
模型
抓狂并抛出一个异常了吗?您的
模型
应该关心给定验证错误的严重程度吗?这是业务逻辑的一部分吗?
模型
应该在验证期间抛出异常,还是应该由控制器负责从
模型
中解释“哑”验证并为视图生成有用的数
浏览 1
修改于2011-01-18
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1
回答
Survminer -在图中包含变量子集
假设我想用
肺
数据
模型
来绘制存活曲线,这个
模型
控制性别和年龄变量的中间分裂(我也可以线性控制年龄,这会使我的问题更糟)。 我想在这个
模型
中画一个图,只显示性别因素之间的分层关系。
浏览 2
修改于2022-08-02
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回答
在Delphi Xe6中用动画键制作DAE三维
模型
我的
3D
模型
中有一个带有动画键的DAE
3D
模型
(collada)。我试图在以下步骤中导入Delphi Xe6: 如何使FireMonkey显示从我的DAE
3D
模型</e
浏览 3
提问于2014-07-28
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1
回答
从零开始训练Resnet深层神经网络
对于一个“ResNet”非常深的神经网络,我们可以使用转移学习来训练一个
模型
。但是Resnet已经在ImageNet数据集上接受了培训。因此,它们经过预先训练的权重可以用来训练另一个数据集的
模型
。(例如,用CT
肺
图像训练肺癌检测
模型
)是否有可能从零开始培训resnet,而不是转移学习?
浏览 2
修改于2018-01-01
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1
回答
从2个numpy数组构造2d列表时内存不足的错误
我正在处理来自luna16数据集的
肺
CT图像,数据集有一个三维
肺
图像和一个来自CSV文件的标签,我有一个从
3d
数组25x25x25 (
3d
图像)构造2d列表的代码,以及从CSV文件创建一个标签0,1或process_bar.close() x
浏览 0
修改于2018-08-30
得票数 2
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