ITK/SimpleITK DICOM系列加载顺序错误/切片间距错误

Question

这个问题出现在许多数据集上，但我们特别注意到了Soft-tissue-Sarcoma在

STS_004/1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.5168.1900.124239320067253523699285035604/1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.5168.1900.952127023780097934747932279670

间距被读取为30而不是2.9，并且3D图像在两个肺切片之间有脑切片

Answer 1

基本上，如果您使用SimpleITK.ReadImage或VTK读取dicoms，该工具将以与列表相同的顺序加载文件(通常是按字母顺序)。切片和文件之间的映射不是按字母顺序排列的，而是按随机顺序排列的。这会导致无法正确计算切片间距(这些数据中缺少的标签)，因为它是文件0和1之间的位置差异。它还会导致脑切片在两个肺切片和其他奇怪的伪像之间出现。

解决方案是使用GetGDCMSeriesFileNames函数对文件进行预排序。

# noinspection PyPep8Naming
import SimpleITK as sitk

def safe_sitk_read(img_list, *args, **kwargs):
    dir_name = os.path.dirname(img_list[0]) 
    s_img_list = sitk.ImageSeriesReader().GetGDCMSeriesFileNames(dir_name)
    return sitk.ReadImage(s_img_list, *args, **kwargs)

Answer 2

所以这是我在我这边尝试过的：

$ gdcm2vtk --lower-left --ipp-sort STS_004/1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.5168.1900.124239320067253523699285035604/1.3.6.1.4.1.14519.5.2.1.5168.1900.952127023780097934747932279670 /tmp/kmader.mha

然后我用以下命令检查输出文件：

$ head -13 /tmp/kmader.mha 
ObjectType = Image
NDims = 3
BinaryData = True
BinaryDataByteOrderMSB = False
CompressedData = False
TransformMatrix = 1 0 0 0 1 0 0 0 1
Offset = -250 -250 -5
CenterOfRotation = 0 0 0
ElementSpacing = 0.976562 0.976562 3.3
DimSize = 512 512 311
AnatomicalOrientation = ???
ElementType = MET_SHORT
ElementDataFile = LOCAL

事实上，您是对的，GDCM计算的Z间距为3.3，而在这种情况下，它实际上应该是3.27。请上报上游的bug。

已在当前git库中修复：

• https://github.com/malaterre/GDCM/commit/36b7fbce6d2bd146cfa7541a175c8f6519da7dba