3D图像旋转的方式是错误的，使用numpy或skimage。

Question

尝试使用numpy.rot90或skimage.transform.rotate旋转我的肺CT三维扫描图像，这些图像只包含感兴趣的肺区域，意味着它包含一些背景为黑色的白点，旋转如下所示：

#skimage rotation
rot_img = skimage.transform.rotate(reg_intereset_np_arr1, angle=90, mode='reflect')
#numpy rotation
rot_img = np.rot90(reg_intereset_np_arr1, k=2)
rot_img = np.flipud(reg_intereset_np_arr1)

# reg_intereset_np_arr1 is 3d image (3d scan)

我的问题是，每一种方法都反转点和背景色，使图像白色背景与黑点。

旋转不仅是颠倒黑白的，倒转图像的内容也与原来的图像不一样，请告诉我如何解决这个问题？

Answer 1

问题是两个部分，part1是白色和黑色的倒置，由上面的答案来解决，第二部分是内容的改变，解决的是:图像是三维的，我试着像问题中看到的那样，用数字或幻灯片图像来旋转3d图像，这也改变了图像的内容，但在那之后，我意识到3d图像不能像这样旋转，所以我旋转了3d图像的2d切片，解决了改变内容的问题。

# instead of
rot_img = np.rot90(reg_intereset_np_arr1, k=2) #`reg_intereset_np_arr1` is the 3d image
# the 3d image has 194 slices (2d images)
# and I use
rot_img = np.rot90(reg_intereset_np_arr1[40], k=2) # 40 is one of the 2d images.

Answer 2

您可以使用rot_img = np.invert(rot_img)将白色转换为黑色，反之亦然。如果您的图像是1和0 (换句话说，以布尔格式)，那么您可以简单地使用rot_img = ~rot_img来反演它。