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如何从Talend中的txt文件中提取模式
生物:智人类型:通过
高通量
测序
平台进行表达谱分析: GPL24676 11样例下载: GEO (MTX,TSV) SRA Run Selector:系列加入: GSE152999 ID: 200152999
浏览 4
修改于2021-03-22
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1
回答
使用Python加快并行读取大文件的速度
这些文件在blocks中记录
高通量
的
测序
数据(我们称之为
测序
reads),而每个read包含
4
行(name、sequence、n、quality)。read记录在两个文件中的顺序相同。to-do这两个文件如下所示:@name1_1+@name1_2 TCTCCACCAA
浏览 2
修改于2018-11-06
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1
回答
在R中交叉多个数据帧
我的数据帧来自
高通量
测序
实验,如下所示: chr pos orient weight in_nucleosome in_subtelo3 NC_001133 1525 - 2 TRUE TRUE3 NC_001133 ARS 30946 31
浏览 2
修改于2015-03-31
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2
回答
利用HIdden马尔可夫模型进行预测
., 3,
4
]。我试图在Scikit中使用HMM的当前实现--学习预测这个观察序列的下一个值。关于这个我有两个问题。 从文档中我无法很好地理解这一点。我找到了一个可能的,但它没有指定如何在Scikit中使用HMM --学习预
测序
列中的下一个值。
浏览 5
修改于2017-05-23
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2
回答
RxJ的好教程
如下所示:通过合并元素的索引,将可观
测序
列的每个元素投影到新的可观
测序
列序列中,然后将可观
测序
列的可观
测序
列转换为仅从最新的可观
测序
列产生值的可观
测序
列
浏览 5
提问于2016-08-05
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1
回答
cummeRbund创建基因集
我正在使用cummeRbund,这是一个用于袖扣
高通量
测序
数据的R可视化包。 我想创建一个基因集,以便能够分析我感兴趣的差异表达的基因。
浏览 0
修改于2016-06-02
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1
回答
合并可观
测序
列,其中一些序列是异步的,并保持顺序
例如,我有两个可观
测序
列,"data1“和"data2”,我希望将它们合并成一个可观
测序
列,同时保持初始顺序。是否有可能合并可观
测序
列,传递值,如果他们的已知值和等待值还不知道,使用内置运算符?如果没有,我应该建造哪种类型的操作员?'1');eventEmitter.emit('data1', '3'); eventEmitter.emit('d
浏览 1
修改于2015-05-19
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1
回答
depmixS
4
-如何拟合HMM usgin多个观察序列
是否有支持使用多个观
测序
列拟合HMM的R包?据我所知,depmixS
4
不支持此特性。
浏览 0
提问于2018-04-08
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1
回答
是否有支持使用多个观
测序
列拟合HMM的R包?
是否有支持使用多个观
测序
列拟合HMM的R包?据我所知,depmixS
4
不支持此特性。
浏览 0
提问于2018-04-08
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2
回答
有没有一种方法可以删除数据帧中的空列,并记录每个删除列的标题?
我有一个DNA
测序
信息的dataframe aSNPst.df,有些点在
测序
过程中没有被读取。|Vol|Sex|Ethnicity|SNP1|SNP2|SNP3|SNP
4
|SNP5||002| M | European
浏览 4
提问于2021-02-07
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1
回答
嵌套泛型约束:在被约束到该泛型类型的泛型序列扩展中约束泛型项的T
Sequence where Iterator.Element : ObservableType where E : MyType { 在上述伪代码(不起作用)中,意图是: 此扩展应适用于可观
测序
列,其中可观
测序
列是MyType类型的可观
测序
列,例如,可观
测序
列
浏览 3
提问于2017-01-17
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2
回答
将现有的ERC-20转让给平衡计分卡
我们希望移动到Binance智能链或TRON区块链,因为它提供
高通量
和较低的tx费用。如何将现有的ERC20移动到另一个链,特别是平衡
浏览 0
提问于2021-05-19
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回答
在R中使用HMM包
"A","B"), c("L","R"), transProbs=matrix(c(.8,.2,.2,.8),2),这意味着状态被命名为"A“,"B”排放被命名为"L“和"R”,我们也有传输和发射概率。这种矩阵的i_j个_th元素被解释为“在时间j,已经产生了观
测序
列的前j个元素并且处于状态i”。 现在,在Baum-
浏览 1
修改于2020-06-20
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1
回答
删除大文件中的重复行
目前正在使用下一代
测序
(ngs),需要从文件
测序
(大数据)中删除重复读数。我正在尝试在java中使用和,但仍然不能成功。
浏览 19
提问于2018-08-23
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回答
隐马尔可夫模型训练中的不等长观
测序
列
观
测序
列的长度不是固定的。我尝试了一些HMM包,如Matlab的HMM工具箱和Kevin的库。它们似乎都要求用户指定转移概率矩阵和发射概率矩阵的大小。我知道,对于隐马尔可夫模型(HMM),转移概率矩阵和发射概率矩阵的大小取决于隐态数和观
测序
列的长度。如果观
测序
列的长度不是固定的呢?或者我可以通过填充零来使观
测序
列保持相同的长度吗?
浏览 0
修改于2018-07-20
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1
回答
双散列细节
对于双哈希实现的探
测序
列,下列哪一项不是正确的?两个键可以有相同的探针序列C.探
测序
列的元素是哈希表的可能键我相信A,B和D是正确的,所以我认为C是正确的答案。
浏览 1
修改于2016-11-23
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3
回答
f(++i,++i)是未知的吗?
我似乎记得在C++11中,他们对
测序
行为做了一些更改,现在i++和++i有不同的
测序
需求。 f(++i, ++i)是否仍未定义行为?f(i++, i++)和f(++i, ++i)有什么区别?
浏览 0
修改于2015-03-28
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2
回答
DNA序列数据.长而宽的实验数据表的要求
我需要建立一个数据库来保存从DNA
测序
实验中获得的数据。2)有几个数据点为空专栏: bed1,bed2...bed10000..。 行: sample1,sample2..。
浏览 0
修改于2020-05-10
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1
回答
多次随机化矩阵
我有一个用矩阵A表示的
高通量
基因数据。C1 C2 C3 C
4
Gene B 2
4
9 3我希望继续随机化这个矩阵,比如说10次,并将每个新的随机矩阵保存为我知道,我可以通过使用A为我提供A1来随机化A1行,这可能如下所示:Gene A 5 3
4
7 Ge
浏览 3
修改于2015-09-20
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回答
Biopython SeqIO错误:在赋值之前引用了局部变量'qual‘
我给一家商业机构送了一些Sanger
测序
的样本。我可以使用下面的命令读取他们发送的文件 from Bio import SeqIOrec = SeqIO.read("isolation-round
4
/3dr23_Forward.ab1",'abi-trim').seq 但最近,由于搬家,我们不得不把样本送到其他地方进行
测序
。
浏览 27
提问于2020-08-15
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