cummeRbund创建基因集

Question

我正在使用cummeRbund，这是一个用于袖扣高通量测序数据的R可视化包。

我想创建一个基因集，以便能够分析我感兴趣的差异表达的基因。这就是手册所建议的：

> data(sampleData)
> myGeneIds<-sampleIDs
> myGeneIds

 [1] "XLOC_001363" "XLOC_001297" "XLOC_001339" "XLOC_000132"
 [5] "XLOC_001265" "XLOC_000151" "XLOC_001359" "XLOC_000069"
 [9] "XLOC_000170" "XLOC_000105" "XLOC_001262" "XLOC_001348"
[13] "XLOC_001411" "XLOC_001369" "XLOC_000158" "XLOC_001370"
[17] "XLOC_001263" "XLOC_000115" "XLOC_000089" "XLOC_001240"

> myGenes<-getGenes(cuff,myGeneIds)

其中sampleIDs是'gene_id‘或'gene_short_name’值的向量，用于标识我希望选择的基因。

我用我的基因做了一个普通的.txt文件，看起来像这样：

"XLOC_000012"
"XLOC_000033"
"XLOC_000071"
"XLOC_000080"
"XLOC_000081"
"XLOC_000102"
"XLOC_000105"
"XLOC_000113"
"XLOC_000156"
"XLOC_000191"
"XLOC_000212"
"XLOC_000229"
"XLOC_000230"
"XLOC_000241"
"XLOC_000242"
"XLOC_000293"
"XLOC_000294"
"XLOC_000328"
"XLOC_000356"
"XLOC_000398"
"XLOC_000417"
"XLOC_000434"
"XLOC_000442"
etc...

然后，在R中，我运行以下命令：

myGeneIds<-read.table("my txt file")
myGenes<-getGenes(cuff,myGeneIds)
> myGenes
CuffGeneSet instance for  1  genes

我得到的只是对txt文件中第一个基因的分析。但我在txt文件里有577个基因。

为了让cummeRbund正常工作，我怎样才能用我的gene_id生成向量呢？

Answer 1

getGenes需要一个向量，但是即使你的文本文件只有一个data.frame，read.table也会返回一个column.This，这应该可以解决这个问题：

myGeneIds<-read.table("my txt file") 
myGenes<-getGenes(cuff,myGeneIds[ ,1])