多次随机化矩阵

Question

我有一个用矩阵A表示的高通量基因数据。

          C1 C2 C3 C4
 Gene A   3  5  7  4
 Gene B   2  4  9  3
 Gene C   1  6  8  5

我希望继续随机化这个矩阵，比如说10次，并将每个新的随机矩阵保存为R中的一个新对象，这样我就可以将A随机化到A1，A2，. A10中，然后我可以在需要的时候保存这些检索A1，.A10。我知道，我可以通过使用A为我提供A1来随机化A1行，这可能如下所示：

         [1] [2] [3] [4] 
Gene A    5   3   4   7  
Gene B    9   4   3   2
Gene C    5   8   6   1

是否有可能自动生成更多A的逐行排列，而不是一次又一次手动输入这一行代码？谢谢!

Answer 1

我们可以使用replicate随机化matrix 'n‘时间。我们指定simplify=FALSE以获得list输出。

n <- 10
lst <- replicate(n, A[,sample(ncol(A))], simplify=FALSE)
names(lst) <- paste0('A', seq(n))
lst$A1
#       C1 C2 C4 C3
#Gene A  3  5  4  7
#Gene B  2  4  3  9
#Gene C  1  6  5  8

如果我们是独立地按行采样，正如@Frank在注释中提到的那样，我们可以使用apply与MARGIN=1一起执行sample按行执行。我们可以将输出的列名更改为原始矩阵('A')的列名。

lst <- replicate(n, t(apply(A,1,sample)) , simplify=FALSE)
names(lst) <- paste0('A', seq(n))
lst <- lapply(lst, function(x) {colnames(x) <- colnames(A); x})
lst$A1
#       C1 C2 C3 C4
#Gene A  7  4  3  5
#Gene B  2  4  9  3
#Gene C  5  8  1  6

数据

A <- structure(c(3L, 2L, 1L, 5L, 4L, 6L, 7L, 9L, 8L, 4L, 3L, 5L), 
.Dim = 3:4, .Dimnames = list(
c("Gene A", "Gene B", "Gene C"), c("C1", "C2", "C3", "C4")))