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背景:我有七个样本的蛋白质组学数据(pvalue/ log-折叠率变化得分)，我想通过网络(交互组)分析这些数据。问:我喜欢从数据中创建所有蛋白质的相互作用组，并将具有显着p值的蛋白质映射到这个网络(与对照相比)，然后我喜欢创建子网络；也喜欢将路径丰富添加到子网络中。
浏览 16提问于2016-09-07得票数 0
我正在使用python来分析和编辑来自蛋白质数据库的一些信息。5, 'CAS-III-D 0.61')其中键显示一个蛋白质id，值的第一列显示dna字符串中的开始，第二列显示结束，第三列显示蛋白质的数目，最后一列显示一种免疫系统类型。1653054, 4, 'CAS-II-C 0.64')
NC_018142 (2171205, 217
浏览 1提问于2020-06-05得票数 1
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这个代码计算的是一些微生物蛋白质组的平均蛋白质长度(氨基酸数)。
从目前的情况来看，代码需要很长时间才能运行，我认为我在某个地方效率很低，但不能100%确定在哪里运行。
浏览 0提问于2018-10-29得票数 2
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我在fasta中有5000条蛋白质序列，其中有假想的蛋白质和功能蛋白，我怎样才能把假想的蛋白质和推测的蛋白质区分开来。假设的蛋白质在标题中有假设这个词，所以我希望我能用一些命令来区分它们。像这样的事情
( PSPTOA )的假想蛋
浏览 0修改于2017-07-22得票数 1
基本上我有两个大的fasta序列文件，第一个是蛋白质组fasta序列(所有的蛋白质序列)，第二个是同一生物体的转录因子序列fasta文件，我想知道是否有任何方法可以用这两个文件将非转录序列提取为fasta
浏览 0提问于2016-04-16得票数 0
我想创建一个MSset文件(蛋白质组数据，数据对应光谱计数)，但我得到错误信息，我被困(在阅读手册，帮助，论坛等)。
浏览 0修改于2018-06-03得票数 0
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蛋白质组学数据的表$Description有许多行，如下所示：如果将此表$Description拆分为5个单独的列，
浏览 2提问于2020-01-15得票数 2
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我想使用msmsTest包来统计我的蛋白质组学数据(这是光谱计数类型)。我读过一些关于基因组数据的类似exprs()问题的帖子，但对我来说，这听起来像是“胡言乱语”。显然，可能是我的data.frame的eSet类结构有问题，但我不明白这意味着什么，也不知道如何解决它。
浏览 6修改于2020-06-20得票数 0
我有一个类似于上面的数据库，其中spot number =蛋白质的"name“，grupo =I和II组和APF =荧光读数。我想通过比较I组和II组，但在一个循环中，对每种蛋白质做一次学生测试。在上面的数据库中，只有一个蛋白质(147)，但在我真正的数据库中，我有444个蛋白质。
浏览 9修改于2015-07-18得票数 0
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我有JSON格式和csv格式的蛋白质-蛋白质相互作用数据。我想利用这些数据进行网络可视化。数据属性:蛋白质名称、蛋白质组、蛋白质类型、蛋白质来源节点、蛋白质目标节点
有人能为这样的数据建议良好的网络可视化吗？它是如何处理蜂巢情节的？
浏览 0提问于2014-11-15得票数 2
我正在使用正则化回归来选择几种最能区分健康状况的蛋白质(二元:要么有病，要么没有病)。使用它的目的是降低维度(变量选择)，以便我们可以拥有更小的蛋白质集，最好地区分两个组。结果，有16种蛋白质(在近500种蛋白质中)具有非零系数，我假设这些蛋白质是最好地“区分”两种情况的蛋白质:要么有病，要么没有病。为了可视化，我使用这些选定的蛋白质制作了框图。然而，我注意到有一种蛋白质(图中底部的TRAP1)在两组之间没有显示出任
浏览 19提问于2020-12-02得票数 0
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我必须为一个巨大的蛋白质组文件计算很多东西，因为我在数据集中有大约30000个蛋白质组。我有一个脚本，其中有许多需要单个蛋白质文件的子脚本my output = `somescript -do_something -with_this_single_protein_file`
我想问，有什么方法可以避免将数据集分割成30000个文件，每个文件包含一个蛋白质？
浏览 2提问于2015-03-04得票数 0
我很难找到关于Tecan系统中高级GWL命令示例的好文档。我的孵化器是Liconic的Storex型号，但由Tecan随我们的机器人一起出售。我对使用GWL在Tecans中进行开发
浏览 0修改于2017-12-27得票数 0
我有一个数据集，其中有三组不同的个体，我们称它们为绿色、红色和蓝色。然后我有了他们血液中92种蛋白质的数据，从这些数据中我可以读出每组每个人的读数。我该怎么做呢？我目前正在使用一个数据框，其中组按行划分，每列中有不同的蛋白质读数。我听说你可以在res
浏览 1提问于2014-11-13得票数 0
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我试图使用生物巨蟒下载由特定机构排序的生物体列表中的所有蛋白质。我有有机体的名称和与每个有机体相关的生物项目；具体来说，我希望分析在最近的基因组序列中发现的蛋白质。我想大量下载蛋白质文件，用efetch尽可能友好的方式下载。，所以使用研究和尝试一次提取每一种蛋白质是不现实的。对于我感兴趣的所有生物体，我不能简单地在它们的核苷酸数据库中找到它们的基因组序列，并下载“蛋白质编码序列”。
如何才能以一种不会使NCBI服务器超载的方式获得我想要的这些蛋白质序列
浏览 3修改于2014-07-14得票数 4
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我的数据库中有两个表，protein_complex表示一组蛋白质 ? 这是代表一组非蛋白质的nonprotein_complex。 ? 蛋白质和非蛋白质通过它们的密码来表示。我写的python程序，目的是从用户那里获取代码，它应该搜索两个数据库表，并判断是否属于蛋白质，非蛋白质或两者都不属于蛋白质。print("Non protein") print(&
浏览 59提问于2021-04-25得票数 1
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我正在使用HMMER 3.0 (具体地说是hmmalign)将整个人类蛋白质组与Pfam文件进行比对。我获得了蛋白质组和Pfam文件，并使用以下命令下载了文件Pfam-A.hmm.gz：
hmmalign -o human.out Pfam-A.hmm Homo_sapiens.GRCh38.pep.all.fa
浏览 2修改于2018-02-01得票数 0
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我的数据是一个蛋白质-蛋白质相互作用数据集与源蛋白节点，目标蛋白节点，蛋白质类型，蛋白质名称和蛋白质组。我想用蜂巢图来做一个网络可视化。
帮帮忙吧。我对编程很陌生。
浏览 2提问于2014-11-15得票数 1
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我有一个蛋白质组数据集，所有的蛋白质都在集合A中，其中一些属于集合B、C和D。使用r包，我能够构造一个维恩图来可视化这些集合的交集。然而，在我看来，用于生成集B、C和D的“滤波器”可能优先过滤出低强度的蛋白质。为了可视化这一点，我想构建一个，其中每个点代表一个蛋白质的颜色，它的强度。这样的阴谋在R中有可能吗？
浏览 15提问于2022-10-15得票数 4
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